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物流代行の料金はどこで差がつく?保管料と出荷作業費の見方

物流代行の料金はどこで差がつく?保管料と出荷作業費の見方

物流代行の料金は、毎月決まってかかる固定費と、商品の入庫や出荷のたびにかかる変動費に分かれます。同じ出荷件数でも、保管料の課金方法や商品のサイズ、返品処理などの付帯作業によって総額に差が出るため、料金表の単価だけでは比べられません。この記事では、物流代行の料金の内訳と、委託先によって差がつきやすいポイント、自社の出荷データを使った試算の進め方を解説します。

この記事は2026年10月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

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    ■出荷先・販路別
    ■料金の見積もり方別
    ■委託できる範囲別

    物流代行の料金は固定費と変動費に分かれる

    物流代行の料金を理解するには、毎月の出荷量に関係なく発生する固定費と、作業量に応じて増減する変動費を分けて考えるのが基本です。料金体系の違いも押さえておくと、見積もりを比較しやすくなります。

    毎月かかる固定費

    固定費の代表は、在庫や出荷状況を確認するシステムの利用料と、倉庫で商品を預かる保管料です。委託先によっては、業務管理や問い合わせ対応にかかる費用を月額管理費として設定している場合もあります。

    固定費は出荷が少ない月にも発生するため、季節による売上変動が大きい事業では負担が重く感じられる場合があります。最低利用料金の有無や、出荷件数が一定以下の月の扱いを確認し、閑散期の費用も見込んでおきましょう。

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    出荷のたびにかかる変動費

    変動費は、商品の受け入れや検品、注文に応じて商品を棚から取り出すピッキング、梱包、配送などの作業ごとに発生する費用です。出荷件数や商品点数が増えるほど、変動費の総額も増加します。

    変動費の単価は、1件単位で計算するものと、商品1点単位で計算するものがあります。1回の注文で複数の商品をまとめて送る事業では、点数ごとの料金が総額に大きく影響するため、課金単位を事前に確認しましょう。

    項目ごとの積み上げ型と定額型

    物流代行の料金体系には、作業項目ごとの単価を合計する積み上げ型と、出荷1件あたりの金額に複数の作業を含めた定額型があります。積み上げ型は作業別の費用を把握しやすく、定額型は1件あたりの費用を予測しやすい点が特徴です。

    定額型でも、商品のサイズや同梱点数が条件を超えると追加料金が発生する場合があります。定額料金に含まれる作業範囲と追加料金の条件を確認し、積み上げ型の見積もりと同じ出荷条件で比較しましょう。

    保管料の課金方法で変わる物流代行の費用

    保管料は物流代行の固定費の中心で、課金方法は委託先によって異なります。同じ在庫量でも、面積・個数・容積のどれを基準にするかで金額が変わるため、自社の商品に適した方法を見極めましょう。

    坪や棚、パレット単位の課金

    倉庫の面積を坪で区切る、棚の段数で数える、荷物を載せる台であるパレットの枚数で数えるなど、保管場所の広さに応じた課金方法があります。大きな商品や、まとまった量を保管する場合に計算しやすい方法です。

    一方、確保した場所に空きがあっても料金は変わりません。在庫が少ない時期にも同じ費用が発生するため、在庫量の変動が大きい事業では、契約する面積や棚数を見直す頻度を確認しておくと安心です。

    商品の個数や容積による課金

    商品1点ごとや、商品の体積に応じて保管料を計算する方法もあります。実際に預けている在庫量をもとに費用が決まるため、小さな商品を多品種で扱う事業や、月ごとに在庫量が変わる事業に適しています。

    計算のタイミングは、月末の在庫量を基準にする方法や、一定期間ごとの在庫量を平均する方法など、委託先によって異なります。売れ残った在庫を長期間預けると費用が積み重なるため、在庫の回転状況を把握する習慣も大切です。

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    入庫から配送までの物流代行の作業費

    物流代行の作業費は、商品が倉庫に届いてから購入者へ配送されるまでの各工程で発生します。工程ごとの費用と金額が変わる条件を把握しておけば、見積もりの差が生じる要因を判断しやすくなります。

    入庫と検品の費用

    入庫料は、仕入れた商品を倉庫で受け取り、棚に収める作業の費用です。あわせて、数量や傷の有無を確かめる検品費用も発生します。入庫の課金単位は段ボール1箱ごと、商品1点ごとなど、委託先によって異なります。

    商品にバーコードが付いていない場合は、倉庫でのラベル貼りが追加作業となるケースもあります。仕入れ先からの納品形態が毎回異なると作業時間が増える場合もあるため、納品ルールを委託先とすり合わせておきましょう。

    ピッキングと梱包、資材の費用

    ピッキング料は、注文に応じて棚から商品を取り出す作業の費用で、商品点数に応じた課金が一般的です。梱包料は、商品を箱や袋に詰め、送り状を貼る作業にかかります。

    段ボールや緩衝材などの資材費は、梱包料に含まれる場合と、別途請求される場合があります。ギフト包装やブランドのロゴ入りの箱を使用する際は、資材の調達・保管方法や追加作業費の有無を確認しましょう。

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    配送料とサイズ、地域の関係

    配送料は、荷物のサイズや重さ、届け先の地域によって決まるのが一般的です。物流代行の委託先が配送会社と契約している料金を適用するケースもあり、自社で直接契約する場合とは条件が異なる場合があります。

    企業向けのBtoB出荷では、届け先の指定日時や納品書の同封、複数箱の一括配送などが必要になる場合もあり、EC向け出荷とは料金条件が異なるケースがあります。主な配送地域と商品のサイズを伝え、配送料を含めた見積もりを依頼しましょう。

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    見積もりに出にくい付帯作業の費用

    物流代行の見積もりは、通常の入庫・出荷作業を中心に作成されるケースが多く、例外的な作業の費用を見落としがちです。運用開始後に想定外の費用が発生しないよう、付帯作業の料金も事前に確認しましょう。

    返品や交換の処理

    通販では、購入者から返品や交換の依頼が入る場合があります。返品商品の受け取り、状態確認、再販売する在庫への戻し入れなどは、通常の出荷とは別料金になるケースもあります。

    返品件数が多い商品を扱う場合は、1件あたりの処理費用と、再販売が難しい商品の扱いを確認しておきましょう。返品理由の記録や共有に対応しているかも、商品改善に役立つため、あわせて確かめておくと安心です。

    流通加工やチラシの同梱

    商品へのラベル貼り、複数商品のセット組み、チラシやサンプルの同梱などの作業は、流通加工と呼ばれます。販促キャンペーンにあわせて一時的に実施するケースも多く、その都度費用が発生する場合があります。

    同梱物の種類が増えると、入れ間違いを防ぐための確認作業も増加します。作業内容と単価、依頼の締め切りを事前に決め、キャンペーンの予定がある場合は早めに委託先へ相談しましょう。

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    棚卸しと在庫の調整

    帳簿上の在庫と倉庫の実在庫を照らし合わせる棚卸しは、委託先によって定期作業の料金に含まれる場合と、別料金になる場合があります。決算期にあわせて全数を数える際は、まとまった作業費が発生するケースもあります。

    在庫数に差異が見つかった際の調査手順や、紛失・破損時の補償範囲も確認しておきましょう。棚卸し結果を自社の在庫データと照合する担当者を決め、差異の原因を委託先と共同で調査する体制を整えるのが重要です。

    自社の出荷データで物流代行の料金を試算する

    物流代行の料金を比較するには、自社の出荷実績にあてはめた試算が欠かせません。料金表の単価だけで判断せず、過去の出荷データをもとに委託先へ見積もりを依頼し、複数の条件で総額を算出しましょう。

    月間の出荷件数と商品サイズの整理

    見積もりを依頼する前に、月ごとの出荷件数、1件あたりの平均商品点数、商品のサイズと重さ、在庫として保管する量、主な配送地域を整理します。これらの情報をそろえておけば、委託先も実態に近い見積もりを出しやすくなります。

    商品の種類が多い場合は、出荷頻度の高い商品と低い商品に分けて整理しましょう。保管料と作業費のどちらが総額に影響しているかを把握しやすくなります。整理した資料は各委託先に同じ内容で提示し、条件をそろえて比較してください。

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    繁忙期と閑散期の両方での試算

    セールや年末などの繁忙期には、出荷件数だけでなく在庫量も一時的に増え、保管料が上がる場合があります。平均的な月だけで試算すると、繁忙期の費用を見落とすおそれがあります。

    繁忙期と閑散期それぞれの条件で総額を試算し、年間費用で比較しましょう。あわせて、繁忙期の出荷受付の締め切り時刻や、作業が追いつかない場合の対応も確認しておくと、料金以外の条件も踏まえて委託先を選びやすくなります。

    料金を比べたい物流代行サービスの特徴一覧

    この記事で紹介する物流代行サービスを、委託できる業務の範囲や見積もりの考え方を比べられるよう、表にまとめました。見積もりを依頼する委託先を絞り込む際の参考にしてください。

    製品名特徴
    LOGILESS提携拠点から物流代行業者を無料で紹介し、ECの受注から出荷指示までを自動化
    はぴロジ物流アウトソーシング月額基本料金+従量の料金体系。logiecでモール・カートの受注連携と出荷指示を自動化
    株式会社MOTOMURAの物流代行サービス保管から発送まで代行。基本費用と追加作業費用を作業内容ごとに見積もる
    セイノー情報サービスの物流アウトソーシング販売・調達・生産・回収の物流を一括委託。グループの全国拠点と輸送網を活用
    フルフィルメント by Amazon(FBA)Amazonの拠点で保管・梱包・発送を代行し、カスタマーサービスや返品対応も担う
    国立倉庫のネット通販物流代行サービスAPI連携で注文から出荷・梱包までを自動化。大規模設備で大量の入出荷に対応
    富士ロジテックのEC物流発送・在庫管理・検品を一括代行。商品特性にあわせた温度や環境で管理
    関通の委託型物流アウトソーシングサービスBtoC・BtoBの双方に対応。複数拠点化による配送効率化とBCP対策を両立
    スクロール360物流に加え、受注・決済代行やEC運営支援までワンストップで提供
    エスプールロジスティクスのEC・通販物流代行サービスEC・通販の入荷から出荷までの業務を外注でき、急な受注の増加にも対応
    ウルロジ中小EC向けに入庫から出荷までを一括代行。在庫の確認はオンラインで可能

    見積もりを比べたいおすすめの物流代行サービス

    EC・通販の出荷や企業向けの出荷を任せられ、料金の内訳を相談しやすい物流代行サービスを紹介します。参考価格を公開しているサービスもありますが、実際の費用は出荷件数や商品サイズで変わるため、自社の出荷データを用意して見積もりを依頼しましょう。

    LOGILESS

    株式会社ロジレス
    《LOGILESS》のPOINT
    1. 全国300以上の提携拠点からニーズに合う業者を無料で紹介
    2. 物流代行業社への出荷指示もシステムで自動化
    3. 自社倉庫やRSL、FBAとの併用や在庫連携も可能

    株式会社ロジレスが提供する「LOGILESS」は、委託先の倉庫選びと出荷指示の自動化をあわせて相談できる物流代行のサービスです。全国300以上の提携拠点から商材や出荷量にあう物流代行業者を無料で紹介し、ECサイトの受注情報の取得から倉庫への出荷指示までをシステムで自動化します。自社倉庫やRSL、FBAとの併用や在庫連携にも対応しているため、販路ごとに保管場所を分けたい場合にも検討しやすいでしょう。委託先の見積もりを比べながら、受注処理にかかる社内の手間も見直したい企業に向いています。

    はぴロジ物流アウトソーシング

    株式会社はぴロジ
    製品・サービスのPOINT
    1. 全国200拠点以上の倉庫ネットワークからニーズに合う倉庫を提案
    2. クラウド型流通統合システム「logiec」で物流業務を自動化
    3. 110超のシステムとAPI自動連携からFTP・CSV連携まで幅広く対応

    株式会社はぴロジが提供する「はぴロジ物流アウトソーシング」は、月額基本料金と従量課金を組み合わせた料金で利用できる物流アウトソーシングです。参考価格は15,000円~です。全国200拠点以上の倉庫ネットワークから商材や立地にあう倉庫を提案し、クラウド型流通統合システム「logiec」でモール・カートの受注取り込みや倉庫への出荷指示を自動化します。BtoB・BtoCの運用に詳しいスタッフが導入から利用開始後まで支援するため、EC出荷と卸向けの発送をまとめて委託したい場合にも相談しやすいサービスです。

    株式会社MOTOMURAの物流代行サービス

    株式会社MOTOMURA
    製品・サービスのPOINT
    1. 発送・在庫管理・入出庫まですべて代行
    2. 細かな付帯作業も業務にあわせてフルカスタマイズ対応
    3. 都心から20キロ圏内に3拠点を展開し、物流コストを削減

    株式会社MOTOMURAが提供する「株式会社MOTOMURAの物流代行サービス」は、EC商品の保管から梱包・発送、入出庫までを委託できる3PL物流倉庫サービスです。参考価格は35,000円~です。見積もりは、倉庫システム利用料や梱包・ピッキング・入出庫作業などの基本費用と、アソート作業・ラベル貼りといった追加作業費用に分けて作業内容ごとに示されます。どの作業にいくらかかるかを確かめやすい料金の出し方です。東京都心から20km圏内に3拠点を構え、14時までの注文データは当日出荷に対応しています。EC通販の全国配送に加え、BtoB出荷も依頼できます。

    セイノー情報サービスの物流アウトソーシング

    株式会社セイノー情報サービス
    製品・サービスのPOINT
    1. セイノーグループの全国規模の拠点・輸送をフル活用
    2. 実績あるWMSやAI・ロボットを駆使してコストを最小化
    3. 販売・調達・生産・循環の4つの領域を一括アウトソーシング 

    株式会社セイノー情報サービスが提供する「セイノー情報サービスの物流アウトソーシング」は、物流部門の業務をまとめて委託できるサービスです。販売物流だけでなく、調達・生産・回収といった領域まで対象にしています。セイノーグループの全国規模の拠点と輸送網を活用し、倉庫や運送に関わる複数の事業者をITで統合管理して情報を一元化します。WMSやAI・ロボットを使った運用でコストの最適化を図り、物流の専門スタッフによる24時間365日のサポートも受けられます。出荷量が多く、拠点の配置や輸送の効率まで含めて費用を見直したい企業に適したサービスです。

    フルフィルメント by Amazon(FBA) (アマゾンジャパン合同会社)

    製品・サービスのPOINT
    1. 商品の保管・梱包・発送をAmazonが代行。
    2. カスタマーサービスや返品対応もサポート。
    3. プライム配送特典対象の商品として販売可能。

    国立倉庫のネット通販物流代行サービス (国立倉庫株式会社)

    製品・サービスのPOINT
    1. 自動化システムの導入で物流の効率と正確性が向上
    2. 大規模設備で大量の入庫・出荷に迅速対応可能
    3. API連携で手動作業を削減し、業務効率を向上させます。

    富士ロジテックのEC物流 (株式会社富士ロジテックホールディングス)

    《富士ロジテックのEC物流》のPOINT
    1. 物流業務を一括代行
    2. API連携による出荷の自動化
    3. 商品特性に合わせ、最適な温度や環境で一括管理します。

    関通の委託型物流アウトソーシングサービス (関通ホールディングス株式会社)

    製品・サービスのPOINT
    1. 多様な物流に対応し、迅速な出荷と正確な在庫管理を支援
    2. 複数拠点化による配送効率化とBCP対策の両立
    3. 独自WMSと365日対応で業務負担を軽減します。

    スクロール360 (株式会社スクロール360)

    《スクロール360》のPOINT
    1. 通販業務を包括的に支援
    2. 物流・受注・決済代行を一元的に提供。
    3. ECサイトの構築・運営・集客を一気通貫で支援。

    エスプールロジスティクスのEC・通販物流代行サービス (株式会社エスプールロジスティクス)

    製品・サービスのPOINT
    1. プロの代行で急な受注に対応
    2. コスト削減と品質向上を同時に実現
    3. 拡張性が高く、事業の拡大に柔軟に対応。

    ウルロジ (ディーエムソリューションズ株式会社)

    《ウルロジ》のPOINT
    1. 物流最適化により低コストで費用対効果を向上
    2. 物流業務を一括対応し在庫管理や発送をオンラインで完結
    3. 中小ECの物流負担を軽減し事業成長を支援する体制。

    まとめ

    物流代行の料金は、システム利用料や保管料などの固定費と、入庫や検品、ピッキング、梱包、配送などの変動費に分かれます。保管料の課金方法や料金体系、返品処理などの付帯作業によって総額に差が出るため、自社の出荷データで繁忙期と閑散期の両方を試算することが大切です。自社の販路と商品にあう物流代行サービスを比べるために、資料請求を活用してください。

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