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IT導入補助金でECサイト構築システムを導入する際の費用の線引き

IT導入補助金でECサイト構築システムを導入する際の費用の線引き

IT導入補助金は、現在「デジタル化・AI導入補助金」という名称で実施されており、ECサイト構築システムの導入費用の一部が補助される場合があります。ただし、ECサイトに関わる費用のすべてが対象とは限りません。この記事では、ECサイト構築にかかる費用を対象かどうかで整理し、申請前に確認したい点を解説します。

この記事は2026年11月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

    ITトレンドがおすすめする製品・サービス

    ■提供形態別
    ■販売先別

    デジタル化・AI導入補助金の名称と通常枠の概要

    IT導入補助金は、年度によって名称や枠の構成が変わります。まず、現在の制度の全体像を、事務局と中小企業基盤整備機構の公開情報にもとづいて整理します。

    名称の変更と五つの申請枠

    2026年度は、補助金の名称が「デジタル化・AI導入補助金2026」となり、AIの導入支援が明示されました。正式名称は「中小企業デジタル化・AI導入支援事業費補助金」です。申請枠は、通常枠、インボイス枠(対応類型と電子取引類型)、セキュリティ対策推進枠、複数者連携デジタル化・AI導入枠の構成です。

    ECサイト構築システムの導入では、まずデジタル化を目的とした通常枠で対象になるかを確認します。ただし、公募回によって条件が変わる場合があるため、最新の公募要領を確認しましょう。

    関連記事 ECサイト構築方法を徹底解説!構築手順やメリット・デメリットも紹介

    通常枠の補助率と補助額

    通常枠の補助率は原則2分の1以内で、一定の賃金要件を満たす場合は3分の2以内となります。補助額は、導入するITツールが対応する業務プロセスの数によって決まり、1プロセス以上で5万円以上150万円未満、4プロセス以上で150万円以上450万円以下です。

    ただし、これらは通常枠の基準であり、ECサイト制作費が対象になるわけではありません。補助対象となるITツールや経費の詳細は、デジタル化・AI導入補助金2026の公募要領(通常枠)で確認してください。

    参考:デジタル化・AI導入補助金2026 公募要領(通常枠)|デジタル化・AI導入補助金2026事務局

    ECサイト構築は補助金の対象になる?

    デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠では、ECサイト制作を含むホームページ制作費は補助対象外とされています。一方、事務局に登録されたITツールのうち、業務効率化や生産性向上に資するソフトウェアの導入費用などは、補助対象となる場合があります。

    ECサイトの制作費と、受発注管理や在庫管理などの業務用ITツールの導入費用は区別して考える必要があります。対象となる費用や製品の登録状況は、デジタル化・AI導入補助金2026の公式FAQと最新の公募要領で確認しましょう。

    参考:デジタル化・AI導入補助金2026 よくあるご質問(通常枠)|デジタル化・AI導入補助金2026事務局

    ECサイト構築の費用を対象かどうかで仕分ける

    ECサイトを立ち上げるには、システムの利用料以外にも、さまざまな費用がかかります。どの費用がITツールの導入に含まれるのかを、先に整理しておきましょう。

    システムの利用料と導入支援の費用

    事務局の案内では、ソフトウェアの購入費に加え、クラウドサービスの利用料や、相談対応などのサポート費用が補助の対象に含まれるとされています。ECサイト構築システムのライセンス費や、クラウド型の月額の利用料は、この区分で検討します。

    利用料を対象とできる期間や、導入時の設定支援が含まれるかは、ITツールごとの登録内容によって異なります。見積書の内訳を確認しましょう。見積書では、利用料と導入支援の費用が別の行に分かれているかを確認すると、補助の対象となる範囲を整理しやすくなります。

    関連記事 ECサイト構築サービス・ツールおすすめ17選を比較!メリットや選び方も解説

    デザイン制作や商品登録の費用

    ECサイトの見た目を整えるデザインの制作や、商品ページの作成、写真の撮影といった費用は、ITツールの導入費用とは性質が異なります。対象になるかどうかは、公募要領の対象経費の定めで確認が必要です。

    制作会社に依頼する場合は、ITツールとして登録された範囲に含まれるのかを、IT導入支援事業者を通じて確かめましょう。テンプレートを使って自社で作成する場合は、制作費が抑えられる反面、社内の作業時間が必要です。

    広告費や仕入れ、決済手数料の扱い

    集客のための広告費、販売する商品の仕入れ、決済や配送にかかる手数料は、システムを導入するための費用とは異なります。補助の対象外となる可能性が高いため、補助金の計算に含めない前提で資金計画を立てましょう。

    対象かどうか判断に迷う費用は、申請の前に、IT導入支援事業者や相談窓口へ問い合わせます。補助の対象外になる費用が総額の大部分を占める場合もあるため、費用の全体像を先に把握しておくことが大切です。

    ECサイト構築システムの提供形態と補助金の関係

    ECサイトの作り方によって、補助金を使える可能性は変わります。登録されたITツールを使う方法と、独自に作る方法の違いを押さえておきましょう。

    クラウド型やパッケージ型の場合

    クラウド型のECサイト構築システムやパッケージ型の製品は、提供会社がITツールとして登録していれば、申請の対象に含められる可能性があります。登録されているのは製品とプランの組み合わせのため、希望するプランが対象かを確認します。

    同じ製品でも、プランやオプションによって対象かどうかが分かれる場合があります。提供会社の資料に補助金への対応が書かれていない場合は、営業担当者に直接尋ねてみましょう。

    関連記事 ECサイト構築で直面する課題とは?ツールを使った構築方法を解説

    オープンソースや独自開発の場合

    オープンソースのソフトウェアをもとに自社や制作会社が構築する場合や、独自に開発する場合は、ITツールとして登録されていないことが考えられます。その場合、補助金の対象外となる可能性があるため、事前の確認が欠かせません。

    補助金を使うことを前提にすると、選べる製品の幅が狭まる場合もあります。補助金の有無と、自社に必要な機能のどちらを優先するか、整理しておきましょう。

    一般消費者向けと法人向けでの必要な機能

    一般消費者向けのECサイトでは、決済の方法や、ポイント、クーポンなどの機能が重要です。法人向けの受発注では、取引先ごとの価格設定や、請求書払い、承認の流れへの対応が必要になる場合があります。

    必要な機能が標準で備わっているかによって、追加の開発費用が変わります。補助金の対象かどうかとあわせて確認してください。

    ITトレンドでは、最新の製品・サービスを多数比較・掲載しています。まず資料請求して、さまざまな製品の機能や特徴を比較してみてください。忙しい業務時間内でも、各社に問い合わせる手間なく、たった1回の入力(約60秒)でECサイト構築の一括資料請求が可能です。浮いた時間で、じっくりと製品を比較検討し進めましょう。

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    申請前に整えるIT導入支援事業者との進め方

    この補助金は、事業者が単独で申請するのではなく、登録されたIT導入支援事業者と連携して進めます。ECサイト構築の相談から申請までの流れを確認しましょう。

    パートナー申請の仕組み

    通常枠などの申請は、IT導入支援事業者とパートナーを組んで行う必要があります(複数者連携枠を除く)。導入したいITツールを提供する事業者が、支援事業者を兼ねる場合もあります。

    支援事業者は、ITツールの選定や申請の書類作成を手伝います。支援の範囲と費用を、契約の前に確認しておきましょう。複数の支援事業者に相談して、サポートの内容や対応の早さを比べる方法もあります。

    契約や発注のタイミングへの注意

    補助金では、交付決定の前に契約や支払いを済ませた費用が対象外となるケースがあります。この補助金でも、契約や発注の時期に条件が定められている場合があるため、公募要領で確認が必要です。

    早く始めたい場合でも、先に発注してしまわず、申請の流れを支援事業者に確認してから進めましょう。

    申請に必要な書類と社内の準備

    申請には、事業者の情報や、導入の目的、生産性向上の計画などを提出する必要があります。必要な書類や事前の手続きは公募回ごとに異なるため、事務局の案内で最新の内容を確認します。

    社内で担当者を決め、必要な資料を早めにそろえておくと、期限までに準備を終えやすくなります。

    対象外になりやすいケースと資金計画

    補助金は、申請すれば必ず受けられる制度ではありません。採択されなかった場合も想定して、導入の計画を立てておくことが大切です。

    事業者の要件や公募回による違い

    対象となるのは、国内で事業を営む中小企業・小規模事業者等とされています。事業の形態によっては対象外となることもあるため、自社が該当するかを確認しましょう。

    公募回ごとに、受付の期間や条件が変わります。締め切りを過ぎてしまうと申請できないため、事務局のサイトで最新の日程を確認してください。個人事業主が対象に含まれるかなどの条件は、公募要領で確かめましょう。

    採択されなかった場合の備え

    審査の結果、採択されない場合もあります。補助金が受けられない前提でも、導入を進められる計画を立てておくと安心です。

    補助金は、費用を支払った後に交付される場合があるため、交付の時期と、それまでの資金繰りも確認しておきましょう。補助金の有無で導入の時期や規模が左右されすぎないよう、段階的に機能を追加する計画も検討してみてください。

    費用の内訳を確認したいECサイト構築製品

    クラウド型、パッケージ型、オープンソース型と、システム費用の組み立てが異なる製品を並べました。補助金の対象になるかは、ITツールの登録状況や公募要領で確認が必要です。

    製品名特徴
    futureshopドラッグ&ドロップで導線を設計できるSaaS。参考価格は27,000円~
    ecbeing標準機能に追加カスタマイズとオプションを組み合わせるパッケージ
    アラジンEC企業間取引の受発注をWebで行える、BtoB向けのECシステム
    W2 CommerceBtoC、定期販売、BtoB、海外ECに対応するコマースプラットフォーム
    eltexDCECと電話・FAX・カタログ等の受注を一元管理する統合パッケージ
    メルカート中堅・大手向けの国産SaaS。参考価格は49,000円~
    カラーミーショップ専門知識がなくてもテンプレートから作成できるSaaS
    EC-CUBEオープンソースをもとにプラグインで拡張できるECカート
    MakeShop日本の商習慣にあう651種類の機能を備えたASP
    BASE誰でも簡単にネットショップを開設できるASP
    EC-ORANGEソースコードを公開し、BtoBやモール型にも対応するパッケージ
    Adobe CommerceB2BとB2Cに対応し、多言語・多通貨の展開を支えるクラウド型
    おちゃのこネット多彩なテンプレートを備え、メールアドレスだけで無料お試し登録が可能
    WelcartWordPressで構築するオープンソースのEC構築ツール

    システム費用とサポート費用を切り分けて選ぶ

    補助金の申請では、システムの利用料と、デザインや運用支援の費用を分けて見積もる場面があります。費用の組み立てが異なる製品を、提供形態ごとに紹介します。

    futureshop

    株式会社フューチャーショップ
    《futureshop》のPOINT
    1. エンジニアでなくてもドラッグ&ドロップで簡単に導線設計が可能
    2. 5店舗に1店舗は年商1億円超、実績に裏付けられたECカート
    3. EC運営の不安や疑問を解消するサポートとラーニングプログラム

    株式会社フューチャーショップが提供する「futureshop」は、ドラッグ&ドロップで売り場の導線を設計できるSaaS型のECサイト構築プラットフォームです。エンジニアでなくても運用の改善を進められ、効果を測る分析機能やラーニングプログラムも用意されています。参考価格は27,000円~で、クラウド型で月額から使い始めたい事業者の選択肢です。サポートは電話とメールなどで受けられます。

    ecbeing

    株式会社ecbeing
    《ecbeing》のPOINT
    1. 豊富な実績と、最新のAI技術を融合させたノウハウ
    2. 準機能の充実とビジネスモデルに合わせたカスタマイズ性と拡張性
    3. サイト構築からマーケティング、セキュリティまで一気通貫の支援

    株式会社ecbeingが提供する「ecbeing」は、パッケージ型のECプラットフォームです。豊富な標準機能に追加のカスタマイズとオプション機能を組み合わせ、要望に沿ったECサイトを作れます。消費者向けや法人向けなど、業種別のサイトづくりに対応し、マーケティングや運用の支援体制も整っています。価格は公開されていないため、カスタマイズやオプションの範囲を整理して見積もりを依頼します。

    アラジンEC

    株式会社アイル
    《アラジンEC》のPOINT
    1. 6,000社以上のBtoBノウハウでさまざまな業種・業態に対応
    2. 豊富な標準機能、貴社の業務に合わせた柔軟なカスタマイズ機能
    3. 基幹システムのユーザーの声から生まれた、使いやすい操作画面

    株式会社アイルが提供する「アラジンEC」は、企業間取引の受注・発注業務をWebで行えるBtoB向けのECシステムです。クラウド型とパッケージ型の提供形態があり、豊富な標準機能に加えて、業務にあわせたカスタマイズにも対応します。価格はカスタマイズの内容によって異なるため、標準機能で足りる範囲と追加する範囲を分けて見積もりを依頼します。基幹システムの利用者の声から生まれた操作画面も特徴です。

    W2 Commerce

    W2株式会社
    《W2 Commerce》のPOINT
    1. AIを組み込んだ1,000以上の機能が標準搭載
    2. 自由に追加できる拡張プラグイン群
    3. 大規模なカスタマイズにも対応

    W2株式会社が提供する「W2 Commerce」は、BtoCや定期販売、BtoB、海外ECなど複数の事業形態に対応したコマースプラットフォームです。1,000以上の機能が標準で搭載され、拡張プラグインを追加して機能を広げられます。大規模なカスタマイズにも対応するため、標準機能の範囲と追加開発の費用を切り分けて確認する使い方に向いています。サポートは電話、チャット、メールで、24時間365日の対応です。

    eltexDC

    株式会社エルテックス
    《eltexDC》のPOINT
    1. EC・通販(B2C/B2B取引)の事業拡大を支える統合システム
    2. EC機能とコンタクトセンターの受注機能をデュアルで標準装備
    3. 受注・在庫・顧客データを一元管理!素早く必要な情報にアクセス

    株式会社エルテックスが提供する「eltexDC」は、EC・通販の業務をひとつでカバーする統合パッケージです。ECサイトに加えて、電話やFAX、カタログなど多様な受注チャネルと、コンタクトセンターの受注を一元管理できます。オンプレミスとクラウドのどちらでも導入でき、定期購入への誘導に必要な機能も標準で搭載されています。受注から出荷、請求までの業務をまとめて見直したい企業に向く製品です。

    メルカート

    株式会社メルカート
    《メルカート》のPOINT
    1. データ統合とAIがもたらす圧倒的な売上成長
    2. AIによる自動化とシステム連携で運用を省力化
    3. 事故ゼロ件の堅牢なセキュリティ基盤が、安全なAI活用を支える

    株式会社メルカートが提供する「メルカート」は、ECサイト構築パッケージ「ecbeing」の技術とノウハウを継承した、中堅・大手企業向けの国産SaaSです。顧客や在庫のデータを統合し、AIが販売施策の提案を支援します。参考価格は49,000円~で、トランザクション課金が不要な料金構造です。初期設計からデータ移行、運用後の改善提案まで専任チームが伴走し、システム費用と支援費用を分けて確認したい場合の候補です。

    EC-CUBE (株式会社イーシーキューブ)

    《EC-CUBE》のPOINT
    1. 35,000以上の様々な業種が採用するロングセラーカート!
    2. 800種類以上のプラグインがあるカスタマイズ性!
    3. クラウド版EC-CUBEはメンテナンスフリー!

    MakeShop (GMOメイクショップ株式会社)

    《MakeShop》のPOINT
    1. 業界最安水準の月間利用料金!
    2. オリジナルのデザインテンプレートが無料!
    3. 日本の商習慣に合う651種類の機能!

    BASE (BASE株式会社)

    《BASE》のPOINT
    1. 固定費0円で、売れたときだけ手数料を支払うシンプルな仕組み!
    2. 様々なApp機能で、ショップオーナーのやりたいことを実現!
    3. 専用のサポート窓口で充実したサポートあり!

    EC-ORANGE (株式会社エスキュービズム)

    《EC-ORANGE》のPOINT
    1. ショッピングモールやBtoB、クローズドサイトに対応
    2. API連携を基本とした開発性に富んだ設計
    3. サーバレス環境に対応し運用コストを最小化

    Adobe Commerce (アドビ株式会社)

    《Adobe Commerce》のPOINT
    1. 高速かつ個別最適化されたストアでCV・トラフィックを向上。
    2. B2B・B2C両対応で、多言語・多通貨展開を単一基盤で実現。
    3. クラウドネイティブとAPIファーストで運用を最適化。

    おちゃのこネット (おちゃのこネット株式会社)

    《おちゃのこネット》のPOINT
    1. メアドだけで無料お試し登録可能
    2. 15年間で培われた豊富な機能で多様なネットショップに対応
    3. 月額0円から始められる料金プラン

    Welcart (株式会社Welcart)

    《Welcart》のPOINT
    1. WPとECサイトを一元管理可能
    2. 顧客・受注データで自由なマーケティングを実現
    3. オープンソースならではの高度なカスタマイズ性

    まとめ

    デジタル化・AI導入補助金2026では、ECサイト制作費は補助対象外ですが、登録済みの業務用ITツールの導入費用などは対象となる場合があります。ECサイトの構築を検討する際は、制作費とシステム利用料、導入支援費用を分けて確認することが重要です。ECサイト構築システムの機能や料金は、ITトレンドの資料請求を活用して比較してみてください。

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