健康診断の費用は原則として会社が負担する
健診費用の負担者は、その健康診断が法令で義務づけられたものかどうかで決まります。労働安全衛生法の考え方と会社が負担する範囲、受診時間の賃金という三つの論点を押さえましょう。誤解したまま運用すると、従業員とのトラブルにつながります。
労働安全衛生法が定める実施義務と費用負担の原則
労働安全衛生法第66条は、事業者に対して労働者への医師による健康診断の実施を義務づけています。そして昭和47年9月18日付の行政通達（基発第602号）では、法が事業者に実施義務を課している以上、その費用は当然に事業者が負担すべきものと示されました。つまり定期健康診断のように法令で定められた健診は、会社が費用を支払うのが原則です。
実施を怠ると、労働安全衛生法の罰則規定により罰金が科される可能性があります。費用がかかることを理由に健診を見送る選択肢は実務上存在しないと考えたほうが安全です。人件費や社会保険料と同様に、年間の固定的な支出として予算に組み込み、単価と対象人数の両面から総額を見積もっておきましょう。
会社が負担する健診と自己負担になる健診の違い
会社負担の対象は、労働安全衛生法にもとづく一般健康診断と特殊健康診断です。定期健康診断、雇入時の健康診断、海外派遣労働者の健康診断などがこれにあたります。一方で、従業員が自らの希望で追加する人間ドックのオプション検査や、法定項目に含まれない検査は、原則として会社が負担する義務を負いません。
ただし、福利厚生としてオプション費用の一部を補助する企業もあります。この場合は補助の上限額や対象範囲を社内規程に明記しておくことが大切です。線引きが曖昧なままだと、部署ごとに扱いが異なる、精算処理が煩雑になるといった問題が起きます。就業規則や健康管理規程で明文化しておきましょう。
受診に要した時間の賃金はどう扱うか
健診費用とは別に整理が必要なのが、受診にかかった時間の賃金です。行政の解釈では、一般健康診断は労働者の一般的な健康確保を目的とするため、受診時間の賃金は当然に事業者が負担すべきものではなく、労使で協議して定めるべきものとされています。ただし、事業者が賃金を支払うことが望ましいとも示されています。
これに対して、有害業務に従事する労働者を対象とした特殊健康診断は、業務の遂行に密接に関連するため、受診に要した時間は労働時間として扱われ、賃金の支払いが必要です。実務では、一般健診についても勤務時間内の受診を認めて賃金を支払う運用も多く見られ、受診率の向上にもつながります。
種類別に見る健康診断の費用相場と内訳
健康診断の費用は「どの健診を」「どの項目まで」実施するかで決まります。定期健康診断、雇入時健康診断や特定業務従事者の健診、特殊健康診断やオプション項目に分けて、金額が動く要因を確認します。
定期健康診断の費用相場と基本の検査項目
定期健康診断は、常時使用する労働者に対し1年以内ごとに1回の実施が義務づけられた健診です。費用相場は一人あたり5,000円から15,000円程度とされ、医療機関の所在地や契約形態で幅があります。労働安全衛生規則で定める検査項目は現行で11種類あり、どこまで実施するかが金額を左右します。
具体的には、既往歴と業務歴の調査、自覚症状と他覚症状の有無の検査、身長・体重・腹囲・視力・聴力の検査、胸部エックス線検査および喀痰検査、血圧測定、貧血検査、肝機能検査、血中脂質検査、血糖検査、尿検査、心電図検査です。年齢や医師の判断で一部項目を省略でき、その分だけ単価が下がります。なお2027年4月からは血清クレアチニン検査が加わり、喀痰検査は削除されます。
雇入時健康診断と特定業務従事者の健診にかかる費用
雇入時の健康診断は、常時使用する労働者を雇い入れる際に実施する健診です。検査項目の数は定期健康診断と同じ11種類ですが、喀痰検査を含まず、医師の判断による項目の省略も認められていない点が異なります。そのため実質的に全項目を実施することになり、一人あたりの単価は定期健康診断よりやや高くなる傾向があります。
また、深夜業などの特定業務に常時従事する労働者は、配置替えの際と6か月以内ごとに1回の健診が必要です。胸部エックス線検査は1年以内ごとに1回で足りますが、年2回の実施となるため、対象者が多い職場では年間の健診費用が膨らみます。採用計画やシフト体制を踏まえ、対象者数を早めに把握すると予算のぶれを抑えられます。
特殊健康診断やオプション項目で変わる金額
有機溶剤や特定化学物質、鉛、石綿などの有害な業務に従事する労働者には、特殊健康診断の実施が義務づけられています。対象物質ごとに検査項目が定められており、血液や尿を用いた生物学的モニタリングなどが加わるため、一般健康診断より単価が高くなるケースが目立ちます。
加えて、胃部検査や大腸がん検査、婦人科検診などのオプションを福利厚生として付ける企業もあります。オプションは項目ごとに追加費用が発生するため、全社一律で付けるのか、年齢や職位で条件を設けるのかを決めておく必要があります。目的を明確にしないまま項目を増やすと、費用だけが膨らみます。
健康診断の費用を抑えるための実務的な工夫
法定項目は削れませんが、実施方法や契約先の見直しで総額は下げられます。健康保険の補助制度、実施形態の選択、契約内容の点検という三つの切り口から、コスト削減の進め方を確認しましょう。
健康保険の健診補助制度を組み合わせる
全国健康保険協会（協会けんぽ）に加入している企業は、生活習慣病予防健診の補助を活用できます。一般健診は35歳から74歳の被保険者が対象で、2026年度からは20歳・25歳・30歳の被保険者も健診の対象に加わりました。協会けんぽが費用の一部を負担するため自己負担は抑えられ、2026年度の一般健診は自己負担額の上限が5,500円と案内されています。
この一般健診は労働安全衛生法の定期健康診断の項目を満たすため、事業者健診として活用できる点が実務上の利点です。健康保険組合に加入する企業でも、独自の健診補助や人間ドック補助を設けている例があります。まずは自社の保険者の制度を確認し、対象年齢と申込期限を押さえましょう。
集団健診や巡回健診で一人あたりの単価を下げる
従業員が個別に医療機関を予約する方式は、単価が定価に近くなりやすく、精算処理も一件ごとに発生します。一定の人数をまとめて同じ健診機関で受診する集団健診に切り替えると、団体契約の単価が適用され、一人あたりのコストを抑えられる場合があります。
さらに、健診車が事業所を訪問する巡回健診を選べば、従業員の移動時間が不要になり、受診にともなう実質的な労働時間の損失も減らせます。ただし、実施できる検査項目に制約があるケースや、一定人数以上でなければ依頼できないケースもあります。拠点の規模と項目要件を照らし合わせて選びましょう。
契約医療機関と検査項目の見直しで無駄を削る
長年同じ健診機関と契約している場合、単価が市場水準から離れていないかを定期的に点検する価値があります。複数の健診機関から見積もりを取り、法定項目とオプション項目を分けて比較すると、どこに費用がかかっているのかが明確になります。拠点ごとに契約先が分散している企業では、集約による単価交渉も有効です。
また、法定項目を超えるオプションが慣習的に付いたままになっていないかも確認しましょう。健康課題の傾向を踏まえずに項目を足し続けると、費用対効果が下がります。過去の健診結果から有所見率の高い項目を把握し、必要な検査に絞り込む考え方が、費用と健康管理効果の両立につながります。
ITトレンドでは、最新の製品・サービスを多数比較・掲載しています。まず資料を取り寄せて、さまざまな製品の機能や特徴を比較してみてください。忙しい業務時間内でも、各社に問い合わせる手間なく、たった1回の入力（約60秒）で健康管理システムの一括資料請求が可能です。浮いた時間で、じっくりと製品を比較検討し進めましょう。
費用計算から抜け落ちやすい運用コスト
健診の支出は、医療機関に支払う単価だけではありません。人事や総務の担当者が費やす時間も実質的なコストです。見積書に載らない二つの運用コストを取り上げます。
日程調整と受診勧奨に費やす担当者の工数
健診の実務で最も時間を取られるのが、対象者の抽出と日程調整です。年齢や勤務形態によって対象となる健診の種類が異なるため、名簿の作成だけでも相応の手間がかかります。拠点や雇用形態が多様な企業では、この作業が毎年繰り返される定型業務として担当者の負担になっています。
さらに、未受診者への案内や再調整も発生します。表計算ソフトで進捗を管理していると、更新漏れや二重連絡が起きやすく、確認作業に時間を取られます。担当者一人あたりの人件費に作業時間を掛け合わせると、健診単価の削減額を上回る金額になることもあります。
結果の回収・保管と労働基準監督署への報告
健診結果は、健康診断個人票として作成し、5年間の保存が労働安全衛生規則で義務づけられています。紙の結果票を医療機関ごとに受け取っている場合、回収と突き合わせ、ファイリングまでの作業が発生し、保管スペースの確保も必要です。物質によっては保存期間がさらに長く定められている特殊健康診断もあります。
加えて、常時50人以上の労働者を使用する事業場は、定期健康診断結果報告書を所轄の労働基準監督署へ提出しなければなりません。集計を手作業で行うと、数値の転記ミスや提出遅れのリスクが高まります。こうした一連の事務作業も、健診にかかる総コストの一部として捉えておきましょう。
健診の管理業務を効率化する健康管理システム
単価だけでなく担当者の作業時間まで含めて総コストを捉えるなら、健診情報の管理を仕組みで支える方法もあります。
mediment
- 点在する多様な健康データをまとめて管理し、工数を大幅に削減
- 誰でも簡単に多彩な分析が可能！個人・組織の健康状態を可視化
- 健康リスクの早期把握＆幅広い支援で従業員フォローの均一化
メディフォン株式会社が提供する「mediment」は、健康診断やストレスチェックの情報を一元管理するクラウド型の健康管理システムです。健診結果のアップロードや受診状況の管理、就業判定区分の管理に対応し、健診予約や健診データの分析もおこなえます。産業保健職による面談記録の管理や高リスク者の抽出、休復職管理といったフォローアップ機能も備えます。過重労働者の確認や勤怠情報との連携、電子申請にも対応しています。
健診DXサポート （株式会社エス・エム・エス）
- 看護職がシステム操作、受診勧奨、事後措置まで伴走支援。
- 無駄を省いたシンプルな設計で操作が簡単。
- 月額3万円から導入可能。初期費用不要。
さんぎょうい （さんぎょうい株式会社）
- 継続利用率99%以上の信頼と実績
- 700名以上の産業医から最適選定
- 有資格の衛生管理者がサポート
健康診断の費用に関するよくある質問
最後に、費用負担の実務で担当者から寄せられる疑問を取り上げます。対象者の範囲と会計処理は、判断を誤ると法令違反や税務上の問題につながるため、正確に押さえましょう。
パートやアルバイトの健診費用も会社が負担するのか
健康診断の実施義務は「常時使用する労働者」に対して発生します。行政の解釈では、期間の定めのない契約で雇用されている、または1年以上の使用が予定されている労働者で、かつ1週間の所定労働時間が同種の業務に従事する通常の労働者の4分の3以上である場合が該当します。この条件を満たすパートやアルバイトの健診費用も、会社が負担する対象です。
所定労働時間が4分の3未満でおおむね2分の1以上の場合は、実施が望ましいとされています。義務の有無を人によって判断すると運用が煩雑になるため、一定の基準を社内で定めて一律に運用する企業も多く見られます。契約更新の多い職場では、対象者リストの更新頻度も決めておきましょう。
健康診断の費用はどの勘定科目で処理するのか
会社が負担した健康診断の費用は、一般に福利厚生費として処理します。ただし、この扱いが認められるには条件があります。全従業員を対象としていること、健診の内容や金額が社会通念上妥当な範囲にとどまること、そして会社が医療機関へ直接費用を支払っていることが基本の要件です。
役員や特定の従業員だけを対象に高額な人間ドックを実施した場合や、従業員が立て替えた費用をそのまま現金で渡す運用の場合は、給与として課税対象と判断される可能性があります。判断に迷う場合は顧問税理士や所轄の税務署へ確認し、社内規程と支払い方法をそろえておくと安全です。
まとめ
法令で義務づけられた健康診断の費用は、原則として会社が負担します。定期健康診断の相場は一人あたり5,000円から15,000円程度で、雇入時健診や特定業務従事者の健診、特殊健康診断では単価や実施回数が変わります。協会けんぽや健康保険組合の補助制度、集団健診や巡回健診の活用、契約内容の点検で総額は下げられます。日程調整や結果の保管、労働基準監督署への報告といった担当者の工数も含めて全体像を捉え、続けられる健診体制を整えましょう。
