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入退社が多い製造業に年末調整支援システムは必要か

入退社が多い製造業に年末調整支援システムは必要か

製造業では、期間従業員や中途入社者の入れ替わりが多く、年末調整の対象者判定や前職分の合算に手間がかかります。工場ごとに給与・勤怠データを管理する会社や、複数法人を持つグループ企業でも、年末調整支援システムによる業務効率化が期待できます。この記事では、入退社が多い職場の課題とデータ連携、複数法人での運用、令和8年分の税制改正への対応を解説します。

この記事は2026年10月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

    ITトレンドがおすすめする製品・サービス

    ■入退社が多い職場で使う機能別
    ■データ連携先別

    製造業で年末調整支援システムが求められる場面

    製造業の年末調整では、生産量にあわせて期間従業員を採用したり、年の途中で中途入社者を受け入れたりすることで、対象者の管理が複雑になりがちです。どのような場面で手作業が増えるのかを確認しておきましょう。

    期間従業員や中途入社者の入れ替わり

    繁忙期に期間従業員を採用する工場では、年の途中での入社と退職が繰り返されます。年末調整の時期には、誰が12月の時点で在籍しているか、誰が年の途中で退職したかを整理したうえで、申告書を配付する必要があります。

    従業員の入れ替わりが多いほど、配付漏れや二重の配付が起こりやすくなります。年末調整支援システムで在籍者の情報をもとに申告の対象者を一覧にできれば、紙の名簿と照らし合わせる作業を減らせます。人事や給与の情報との連携方法もあわせて確認しましょう。年の途中で退職した従業員には、源泉徴収票を交付する手続きも必要です。退職者の源泉徴収票をシステムから作成できるかも、入れ替わりの多い工場では確認しておきたい点です。

    関連記事 【ランキング】年末調整システムおすすめ10選比較!メリットや選び方

    工場ごとに分かれた事務作業

    工場ごとに総務担当者がいて、申告書の配付や回収を各工場で行っている会社もあります。各工場の進め方が少しずつ違うと、本社で集計する際に書式がそろわず、確認に時間がかかる場合があります。

    年末調整支援システムで申告の受け付けを一つにまとめると、工場ごとの進め方の違いを減らせます。ただし、工場の担当者がこれまで担っていた確認作業をどこで行うかは、導入時に改めて決めておく必要があります。工場の担当者が従業員と直接やり取りできる体制を残しつつ、書式と締切を全社でそろえると、本社での集計作業を減らせます。

    年末調整支援システムで中途入社者の処理を整える

    入退社が多い職場では、年末調整の対象者を正しく判定し、前職分の情報を漏れなく反映することが欠かせません。年末調整支援システムで管理しやすくするための考え方を整理します。

    年末調整の対象者の判定

    国税庁の資料では、年末調整の対象となるのは、原則として扶養控除等申告書を提出している人で、1年間の主たる給与の収入金額が2,000万円以下の人とされています。年の途中で退職した人は、死亡退職などの一部の場合を除き、原則として年末調整の対象になりません。

    期間従業員の契約が12月中に終わる場合など、判断に迷うケースもあります。対象者の判定基準を社内で文書にしておき、システム上で対象と対象外を区分して管理できるかを確認しておくと、担当者が変わっても同じ判断ができます。判断が難しい場合は、所轄の税務署や顧問の税理士に確認するとよいでしょう。

    参考:No.2665 年末調整の対象となる人|国税庁

    前職の源泉徴収票の回収と入力

    年の途中で入社した従業員について、前職で扶養控除等申告書を提出して受け取った給与がある場合は、その給与や源泉徴収税額などを合算して年末調整を行います。そのため、前職の源泉徴収票を提出してもらい、支払金額や源泉徴収税額などを確認する必要があります。

    中途入社者が多い工場では、回収の時期を入社手続きの一部に組み込んでおくと、年末に慌てずに済みます。年末調整支援システムで前職分を入力する欄や、源泉徴収票の画像を添付できる機能があるかは製品によって異なるため、確認しておきましょう。

    参考:No.2674 中途就職者の年末調整|国税庁

    関連記事 【令和7年版】年末調整の記入例を徹底解説!書き方・変更点も紹介

    給与計算・勤怠・人事システムとのつなぎ方

    製造業では、勤怠を工場の打刻システムで集計し、給与計算を別のシステムで行い、人事情報をさらに別のシステムで管理している場合があります。年末調整支援システムをどのシステムとつなぐかで、運用の手間が変わります。

    給与計算システムとの連携

    年末調整には、1年間の給与と賞与の支給額、社会保険料の控除額、すでに源泉徴収した税額が必要です。これらのデータは給与計算システムにあるため、年末調整支援システムへの取り込み方法を最初に決めます。

    同じ提供会社の給与計算システムであれば、画面の操作で連携できる場合があります。他社のシステムと組み合わせる場合は、CSVファイルの項目をそろえる設定が必要です。年末調整で計算した過不足税額を給与計算システムに戻し、12月の給与で精算する流れも確認しておきましょう。勤怠のデータを給与計算システムで集計してから使う運用であれば、勤怠システムと年末調整支援システムを直接つなぐ必要はありません。自社のデータの流れを図にして判断しましょう。

    人事管理システムとの連携

    従業員の住所や家族の情報は、人事管理システムで管理していることがあります。年末調整の申告で住所や扶養親族が変わった場合、その変更を人事管理システムにも反映するかを決めておく必要があります。

    反映しないままにすると、システムごとに情報が食い違い、翌年の申告や社会保険の手続きで確認の手間が増えるおそれがあります。どのシステムの情報を正しい元とするかを決め、変更を反映する手順と担当者を定めておくと安心です。

    関連記事 年末調整における扶養控除とは?要件や手続きの流れを解説!

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    複数工場やグループ会社をまとめて運用する

    工場が複数ある会社や、製造子会社を含むグループでは、年末調整支援システムを共通で使うかどうかを検討することがあります。法人ごとに異なる手続きと、まとめて管理できる部分を分けて考えることが大切です。

    法人ごとに異なる手続きの整理

    年末調整や源泉徴収票の作成は、給与を支払う法人ごとに行います。グループで同じシステムを使う場合も、法人ごとに会社情報を登録し、それぞれの従業員のデータを分けて管理する必要があります。

    複数の法人を一つの契約で管理できるか、法人ごとに契約が必要かは製品によって異なります。グループ内で出向している従業員がいる場合は、どの法人で年末調整を行うかを事前に確認しておきましょう。費用の数え方も、法人数と従業員数のどちらで決まるかを確認しておくと比較がしやすくなります。

    本社と工場の担当者の権限設計

    本社の人事部門が全体を管理し、各工場の担当者が自工場の従業員の申告を確認する分担では、閲覧できる範囲を工場ごとに分ける設定が必要です。給与やマイナンバーを含む情報を扱うため、必要な範囲を超えて閲覧できないようにします。

    誰がいつ確認や修正をしたかを記録できると、工場と本社で確認の抜けがあった場合にも原因をたどれます。担当者の異動や退職の際に権限を外す手順も、運用ルールとして定めておきましょう。工場ごとの確認項目をチェックリストにまとめて共有しておくと、確認の基準がそろいます。

    令和8年分の改正にあわせた従業員への案内

    令和8年分の年末調整では、基礎控除の引上げなど複数の改正が行われました。入退社が多い職場では、年末調整を初めて経験する従業員もいるため、変わった点をわかりやすく伝えることが大切です。

    扶養に入れる家族の基準が変わる

    国税庁の資料によると、扶養親族の合計所得金額の要件は58万円以下から62万円以下に改正され、収入が給与だけの場合の目安は136万円以下とされています。配偶者特別控除の対象となる配偶者などの要件も見直されました。

    新たに要件を満たす家族について控除を受けるには、扶養控除等申告書などの提出が必要とされています。家族がパートで働いている従業員には、収入の見込みを改めて確認するよう案内しておくとよいでしょう。会社が定める家族手当と税法上の扶養では基準が異なる場合があるため、両者を分けて説明しておくと誤解を防げます。

    参考:令和8年分 年末調整のしかた|国税庁

    関連記事 【2026年】年末調整の収入金額とは?源泉徴収票のどこを見る?

    初めて年末調整を受ける従業員への説明

    期間従業員や新卒入社者のなかには、年末調整の申告が初めての人もいます。保険料控除の証明書の見方や、扶養親族の所得の見積もり方などを、改正点とあわせて説明しておくと、差し戻しを減らせます。入社時の手続きの際に、年末調整の流れを簡単に伝えておくのも一つの方法です。

    年齢23歳未満の扶養親族を有する場合の生命保険料控除の特例など、令和8年分から変わった点は、申告画面の説明文や社内の手順書に加えておくと伝わりやすくなります。年末調整支援システムが改正に対応した版になっているかも、申告開始前に確認しておきましょう。

    入退社の多い工場向け年末調整システム一覧

    期間従業員や中途入社者の入れ替わりが多い製造業で、対象者の管理やデータ連携に役立つ年末調整支援システムを一覧にしました。

    製品名特徴
    ジョブカン労務HR登録済みのデータを使い、従業員は最低限の入力で年末調整を行える
    SmartHR従業員データを一元管理し、給与計算機能と併用して源泉徴収票まで作成
    XOLOGY年末調整500名以上向け。どの給与システムともCSVで連携できるWeb申告サービス
    ジンジャー給与ジンジャー人事労務の従業員データをもとに年末調整を自動で計算
    KING OF TIME 給与勤怠管理・人事労務とデータ連携し、給与計算と年末調整を一元管理
    マネーフォワード クラウド年末調整従業員情報から年末調整の対象者を自動判別し、申告書をメールで配布できる
    レコル入社・退職者のアラートや退職者の源泉徴収票作成、複数事業所の管理に対応
    弥生給与 Next入退社手続きのオンライン化から年末調整・源泉徴収票の作成まで一連で運用

    入れ替わりの多い職場で使いやすい年末調整システム

    年末調整の対象者管理や退職者向けの書類作成、給与・勤怠・人事のデータとのつなぎ方に着目して選んだ製品を紹介します。

    ジョブカン労務HR

    株式会社DONUTS
    《ジョブカン労務HR》のPOINT
    1. 「はい」「いいえ」のアンケート形式で従業員もかんたん対応!
    2. らくらく控除申告書自動作成!
    3. 過不足税額の集計・反映から役所提出用書類までワンクリック!

    株式会社DONUTSが提供する「ジョブカン労務HR」は、入社時に登録した従業員情報を年末調整にも使い、中途入社者の入力負担を抑えたい会社に向く製品です。ジョブカンに登録済みのデータを利用するため、従業員は最低限の情報を入力するだけで年末調整を行えます。ジョブカン給与計算と連携すれば過不足額をワンクリックで給与に反映でき、年末調整で更新されたデータを労務HRや給与計算へ戻すこともできます。

    SmartHR

    株式会社SmartHR
    《SmartHR》のPOINT
    1. 最短3分のアンケート形式で、従業員が迷わずカンタン回答
    2. スマホへのプッシュ通知で、期日通りの回答収集を強力にサポート
    3. 問い合わせ対応もシステム上で完結、やりとりを大幅に効率化!

    株式会社SmartHRが提供する「SmartHR」は、工場ごとに分かれがちな従業員データを一か所にまとめ、年末調整にもそのまま使いたい会社が検討しやすい人事・労務システムです。人事・労務業務で蓄積した従業員データを一元管理でき、年末調整はアンケート形式で回収します。給与計算機能と併用すれば、収集したデータを給与計算に使い、源泉徴収票の作成・配付までシームレスに進められます。

    XOLOGY年末調整

    さくら情報システム株式会社
    《XOLOGY年末調整》のPOINT
    1. デザイン性に優れ、画面の質問に応えるだけで手軽に申告
    2. 従業員、人事ご担当者の業務が削減する便利機能が充実
    3. 人事給与分野での約50年の実績を踏まえた安心サポート

    さくら情報システム株式会社が提供する「XOLOGY年末調整」は、工場ごとの申告の書式や締切をそろえ、本社で集計しやすくしたい500名以上の企業に向くサービスです。従業員はスマートフォンやパソコンから一問一答形式で申告し、担当者は申告状況をリアルタイムに把握できます。給与システムの仕様にあわせたCSVの取込み・出力レイアウトを設定できるため、既存の給与計算システムとつなげやすい点も特徴です。

    ジンジャー給与

    jinjer株式会社
    《ジンジャー給与》のPOINT
    1. 給与計算の手間を大幅に削減!
    2. ウェブ明細発行までをスムーズに!
    3. 人事や勤怠とカンタン情報連携!

    jinjer株式会社が提供する「ジンジャー給与」は、人事労務で管理している従業員データを年末調整の計算に直接使いたい会社に向く給与計算システムです。「ジンジャー人事労務」の従業員データと1年間の給与情報をもとに年末調整を自動で計算し、結果を給与へ反映できます。締め処理は従業員ごとに行えるため、計算時期が異なる従業員の年末調整も進めやすくなります。対象は従業員10名以上の企業です。

    KING OF TIME 給与

    株式会社ヒューマンテクノロジーズ
    《KING OF TIME 給与》のPOINT
    1. 簡単操作で誰でも迷わずご利用いただけます。
    2. 年末調整も自動読み取りで手間や負担を削減。
    3. 勤怠管理・人事労務とのデータ連携でミスなく一元管理。

    株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する「KING OF TIME 給与」は、工場の勤怠データから給与計算、年末調整までを同じシリーズで扱いたい会社に向く製品です。勤怠や人事のデータと自動で連携し、事前に給与規程などを登録しておけば、勤怠の締めから数クリックで給与計算を終えられます。年末調整では未提出者へのリマインドメールを自動で送れ、電子的控除証明書(XMLファイル)にも対応しています。

    マネーフォワード クラウド年末調整

    株式会社マネーフォワード
    製品・サービスのPOINT
    1. 他社給与計算ソフトを使っていてもご利用可能
    2. ペーパーレスで書類の準備がかんたん
    3. 回収状況が確認できる管理画面

    株式会社マネーフォワードが提供する「マネーフォワード クラウド年末調整」は、期間従業員の入れ替わりで申告書の配付漏れや二重配付が起きやすい工場に向くサービスです。登録されている従業員情報から、年末調整の対象者と対象でない従業員を自動で判別します。申告書はメールで配布し、従業員はWeb上で回答するため、紙の名簿と照らし合わせる作業を減らせます。提出・未提出は進捗確認画面で確かめられます。

    レコル

    中央システム株式会社
    《レコル》のPOINT
    1. 勤怠管理・給与計算・Web給与明細・年末調整すべてレコルで完結
    2. オンライン年末調整でペーパーレス化と効率化を実現
    3. 給与支払報告書、源泉徴収票などを自動作成

    中央システム株式会社が提供する「レコル」は、年の途中の入社・退職が多く、退職者の源泉徴収票まで同じシステムで作成したい会社に向くクラウドシステムです。給与計算では休職者・入社者・退職者のアラートを表示でき、退職者の源泉徴収票も作成できます。複数事業所の管理に対応し、勤怠データをそのまま給与計算に使え、年末調整の精算分も給与計算に反映できます。

    弥生給与 Next

    弥生株式会社
    《弥生給与 Next》のPOINT
    1. 勤怠・給与・労務をシームレスにつなげて一元管理
    2. Web明細や申告書回収で給与業務をペーパーレス化
    3. eGov連携で社会保険や労働保険の電子申請が可能

    弥生株式会社が提供する「弥生給与 Next」は、入社手続きの段階から従業員情報を整え、年末調整までつなげたい中小企業に向くクラウド給与サービスです。入退社手続きでは情報収集や雇用契約書の作成をオンライン化でき、従業員情報の管理から年末調整までをひとつの流れで運用できます。年末調整では控除申告書をWebで回収し、源泉徴収票や給与支払報告書を自動で作成します。退職者の源泉徴収票の作成にも対応しています。

    まとめ

    入退社が多い製造業では、年末調整支援システムで対象者の判定や前職分の管理、工場ごとの事務作業をまとめることで、手作業を減らせる可能性があります。給与計算や人事管理のシステムとの連携方法、複数工場やグループ会社での権限設計も、導入前に確認しておきましょう。令和8年分の改正点の案内もふまえ、自社の運用にあう製品を資料請求で比較してみてください。

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