年末調整システムとは
年末調整システムとは、企業が従業員の１年間の所得をもとに所得税を計算し、申告に必要な書類を効率的に作成・管理するためのシステムです。主に、申告書や控除証明書の管理、所得計算、源泉徴収票・法定調書の作成機能などが搭載されており、年末調整業務の負担を軽減します。
年末調整システムをお探しの方へ
この記事では、年末調整システムを機能別に分類し比較します。各社製品の機能や口コミ、特徴については、一覧表から比較するのもおすすめです。「すぐにツール選定に移りたい」という方は、以下のタイプをクリックして、詳しい製品情報をご覧ください。
- ▶独立型の年末調整システム（年末調整業務に特化）
- 既存の給与計算システムと連携して使いたい企業におすすめ
- ▶統合型の年末調整システム（労務管理や給与計算機能も搭載）
- 周辺機能もまとめて新規またはリプレイスを検討中の企業におすすめ
▼おすすめ製品を一覧表で比較したい方はこちら！
【ランキング】おすすめの年末調整システム比較一覧
年末調整システムのメリット
年末調整システムを導入することで、人手不足の解消やコスト削減、従業員満足度の向上など以下のメリットが期待できます。
- ●給与計算ソフトとの連携によって入力作業や計算作業が自動化され、業務時間を大幅に短縮
- ●システムによる自動計算により計算ミスを防止
- ●最新の税制改正に対応しているため、法令違反のリスクも低減
- ●紙書類の削減・ペーパレス化が実現
- ●人件費・印刷費・保管費用などのコスト削減
以下の記事では、年末調整（支援）システムの概要やメリットについて詳しく解説しています。あわせてご覧ください。
年末調整システムのタイプ
年末調整システムは主に、年末調整に特化した独立型システムと、労務管理や給与計算機能も備えた統合型システムの２つに大別されます。詳しく見ていきましょう。
独立型の年末調整システム（年末調整業務に特化）
給与計算システムや人事システムとは別に年末調整業務に特化しているため、大規模なシステム導入に比べてコストを抑えて導入できます。また、スマホやパソコンから簡単に年末調整の申請や書類作成が可能。前年度のフォームを参照しながら入力できたり、簡単な質問に回答するだけで申請作業が行えたりと、シンプルで直感的な操作性になっています。「既存の給与計算システムと連携して活用したい」「予算を抑えて導入したい」といった企業におすすめです。
統合型の年末調整システム（労務管理・給与計算機能も搭載）
労務管理システムや給与計算システムに、年末調整機能が搭載されているタイプです。年末調整以外にも、毎月の給与計算や入社手続き、マイナンバーの管理など、さまざまな労務や給与関連の業務を支援します。シリーズ連携が可能な製品もあり、各システムへの二重入力の手間も省けます。「入退社情報・給与情報・年末調整情報などデータ管理を一元化したい」「システム全体の見直しを検討している」といった企業におすすめです。
▶統合型の年末調整システム（労務管理・給与計算機能も搭載）はこちら！
年末調整システムの比較ポイント・選び方
年末調整システムのタイプを絞ったら、実際に製品を選定しましょう。ここでは製品比較時にチェックしておきたいポイントを解説します。
帳票の種類とフォーマット
年末調整システムを選ぶ際は、源泉徴収票・源泉徴収票一覧表・源泉徴収簿など電子化できる帳票の種類を確認しておきましょう。国税庁のフォーマット以外に、企業独自のフォーマットにも対応可能かどうかがポイントです。一部製品では、帳票レイアウトの変更や申請プロセスにあわせたワークフローの設定も可能です。さらに、PDFやExcel、CSVなど必要な出力形式に対応しているかもチェックしておきましょう。
入力方法の簡潔さ
アイコンや図を用いた視覚的な操作性で、ITリテラシーが低い従業員でも直感的に利用できるものがおすすめです。例えば、アンケート形式で質問に答えるだけで申告書が自動生成されるタイプであれば、作業も簡単です。さらに、過去データをもとにした入力支援やエラーチェック機能、自動計算機能なども、従業員の負担を軽減し入力ミスを防止します。
提出状況管理機能の充実度
年末調整システムの一括管理機能により、従業員ごとの提出状況を一目で把握できます。ただし、提出状況の表示方法や、フィルター機能の充実度、提出状況の更新頻度などは製品によって差が出やすいポイントです。また、未提出だけでなく、提出内容に不備があった場合にも、自動で通知できる機能があると便利です。過去の申告書類との比較機能により入力ミスを検出でき、内容に誤りがあれば、担当者が修正やアドバイスを行えるものもあります。
既存システムとの連携性
すでに給与計算システムが導入されており、新たに年末調整機能（システム）を追加したい場合には、既存システムとの連携可否も重要なポイントです。CSVファイルでのデータ連携が一般的ですが、API連携が可能なタイプであればデータが自動反映されるため、さらに便利です。なおシステムによっては、人事システムや労務管理システムと連携可能な場合があります。
セキュリティ性（マイナンバーの扱い）
年末調整システムを選ぶ際は、セキュリティ対策に特に注意を払う必要があります。マイナンバー機能が搭載されている場合、法律にもとづいて個人情報を適切に管理することが求められます。そのため、データ暗号化やアクセス制限、ログ管理などのセキュリティ機能が充実しているものを選びましょう。また、システムによっては、マイナンバーを記憶させないものもあり、不正アクセスや情報漏えいのリスクを軽減できます。
【ランキング】おすすめの年末調整システム比較一覧
ITトレンド上半期ランキング2024「年末調整システム」より、ユーザーにもっとも支持された人気TOP３は以下の製品でした。
- １位 年末調整申告支援サービス「年調ヘルパー」【制度改正対応！作業は簡単３ステップ】
- ２位 SmartHR【質問に答えるだけの簡単入力！人事労務関係の管理や手続きも】
- ３位 S-PAYCIAL with 電子年調申告 【スマホ・タブレット・パソコンから利用可能！】
なお、TOP３の製品をはじめとするITトレンド掲載中の年末調整システムについて、機能や特徴、口コミなどを一覧表にまとめました。
| 年末調整申告支援サービス「年調ヘルパー」 | SmartHR | S-PAYCIAL with 電子年調申告 | 年末調整Web申告 | ジョブカン労務HR | マネーフォワード クラウド年末調整 | ジョブカン労務HR | マネーフォワード クラウド年末調整 | freee人事労務 | ジンジャー給与 | タレントパレット | KING OF TIME 給与 | ロウムメイト Powered by カオナビ | |
| 全体評価点 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.3 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.3 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.5 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.2 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.0 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.3 | ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.0 | ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.3 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.3 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.1 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 3.7 |  ☆☆☆☆☆ ★★★★★ 4.0 |  ー |
| 提供形態 | クラウド | クラウド/SaaS | クラウド/SaaS | クラウド/SaaS/ASP | クラウド/SaaS | クラウド/SaaS | クラウド/SaaS | クラウド/SaaS | クラウド/SaaS | クラウド/SaaS/サービス | クラウド/SaaS/ASP | クラウド/SaaS/ASP | クラウド/SaaS |
| 従業員規模 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 500名以上 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 | 全ての規模に対応 |
| 3つのポイント |
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| 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ | 製品詳細ページへ |
また、この記事で紹介している主要な製品を調査し、見えてきた年末調整システムの特徴や傾向を以下にまとめました。製品の比較検討にお役立てください。
- ●９割方スマホでの申請に対応している
- ●ほとんどの製品でCSV連携に対応しているが、API連携が可能なものは約半数
- ●未提出を知らせる「催促通知機能」を搭載しているものは４割。ただし、不備を自動で検出できるものは少ない
- ●統合型ではマイナンバーの収集・管理に対応している製品が多い
- ●質問への回答のみで申請書を作成できるのは「年調ヘルパー」「年末調整Web申告」「SmartHR」「freee人事労務」など
- ●掲載製品の費用相場は、初期費用無料～200,000円前後、月額費用は一人300円～600円前後
最新の人気傾向を参考にしたうえで製品選定を進めたい方は、ぜひ以下の月間ランキングページもご覧ください。
▶独立型の年末調整システム（年末調整業務に特化）
既存の給与計算システムと連携し、年末調整業務を主に効率化したい企業におすすめのシステムを紹介します。気になる製品は緑色の「＋資料請求リストに追加」ボタンでカート追加をしておき、あとでまとめて資料請求が便利です。
| 製品名 | 全体満足度 | 使いやすさ | 価格 |
|---|---|---|---|
| 年末調整申告支援サービス「年調ヘルパー」 | 4.3(27件) | 4.1 | 初期費用50,000、年額300円～/人 |
| S-PAYCIAL with 電子年調申告 | 4.5(4件) | 4.3 | 初期費用50,000円、基本料金：年額10,000円、利用料金：年額350円/人 |
| 年末調整Web申告 | 4.2(33件) | 4.1 | 初期費用200,000円～、利用料：年額500円/人 |
| マネーフォワード クラウド年末調整 | 4.3(21件) | 4.3 | お問い合わせください |
※レビュー評価は2025年３月14日時点における実数を表示しています。
年末調整申告支援サービス「年調ヘルパー」
- 年末調整の「困るポイント」を全て解消！
- 作業は3ステップで全て完了
- ミスを抑制すると同時に、作業の正確性を向上！
株式会社クリックスが提供する「年調ヘルパー」は、扶養親族や保険控除などの申請業務をまとめて行える年末調整システムです。システムの質問に回答するだけで、簡単に申請書類を作成できます。各種控除証明書を紙に添付するのではなく、写真としてもアップロード可能です。ガイドはもちろん、ヘルプ機能が充実しているのもポイントです。
| 参考価格 | 初期費用50,000 年額300円～/人 | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 給与奉行、PCA給与（※従業員、配偶者、扶養情報等） | ||
S-PAYCIAL with 電子年調申告
- 2024年度の法改正にも対応！
- 保険料控除証明書データの取込みが可能。
- 従業員様の操作性と人事担当者様のチェック機能に拘った設計
鈴与シンワート株式会社が提供する「S-PAYCIAL with 電子年調申告」は、面倒な年末調整申告をスマホやタブレット、パソコンから簡単に行える年末調整システムです。申告データ作成サポート機能を搭載しており、従業員の作業を簡便化します。マイナポータルからダウンロードデータの取り込みも実装しています。
| 参考価格 | 初期費用50,000円 基本料金：年額10,000円 利用料金：年額350円/人 | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 給与システム | ||
年末調整Web申告
- デザイン性に優れた画面の質問に応えるだけで手軽に申告
- 従業員、人事ご担当者の業務が削減する便利機能が充実
- 人事給与分野での約50年の実績を踏まえた安心サポート
さくら情報システム株式会社が提供する年末調整システム「年末調整Web申告」は、入力項目がシンプルで使いやすい操作性が特徴です。一問一答形式での申告入力のナビゲーション機能やAIチャットボットが搭載されています。提示される質問に回答していけば、申告に不慣れな従業員でもスムーズに入力できます。
| 参考価格 | 初期費用200,000円～ 利用料：年額500円/人 ※最低利用料250,000円 | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 給与システム | ||
マネーフォワード クラウド年末調整
- 他社給与計算ソフトを使っていてもご利用可能
- ペーパーレスで書類の準備がかんたん
- 回収状況が確認できる管理画面
株式会社マネーフォワードが提供する「マネーフォワード クラウド年末調整」は、簡単な操作性が魅力の年末調整システムです。前年度のフォームを確認しながら入力できるため、スムーズな申告書作成が可能です。また、給与計算データのインポート機能があるので、現在利用中の給与計算ソフトを変更せずに単体で利用できます。100枚以上の申請書を処理する企業に課される「e‐Tax電子報告義務化」に対応しているのもポイントです。
| 参考価格 | ー | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 給与システム、勤怠管理システム、労務管理ソフト | ||
※"ー"の情報はITトレンド編集部で確認できなかった項目です。詳細は各企業にお問い合わせください。
▶統合型の年末調整システム（労務管理・給与計算機能も搭載）
年末調整業務以外にも、毎月の給与計算や労務関連の業務をまとめて効率化できるシステムを紹介します。
| 製品名 | 全体満足度 | 使いやすさ | 価格 |
|---|---|---|---|
| SmartHR | 4.3(1694件) | 4.2 | お問い合わせください |
| ジョブカン労務HR | 4.0(82件) | 3.9 | 初期費用無料、月額400円～/人 |
| freee人事労務 | 4.3(348件) | 4.4 | お問い合わせください |
| ジンジャー給与 | 4.1(7件) | 4.0 | 月額500円～/人 |
| タレントパレット | 3.7(523件) | 3.6 | お問い合わせください |
| KING OF TIME 給与 | 4.0(1件) | 4.0 | 初期費用無料、月額300円/人 |
| ロウムメイト Powered by カオナビ | ー | ー | お問い合わせください |
※レビュー評価は2025年３月14日時点における実数を表示しています。"ー"表記はまだレビュー投稿がありません。
SmartHR
- 従業員はSmartHRの質問に従ってスマホ・PCで簡単に入力！
- 集まった情報はCSVで一括出力！給与計算ソフトに取り込むだけ！
- 源泉徴収票もWebで完結！給与明細と一緒にSmartHRで配布完了！
株式会社SmartHRが提供する「SmartHR」は、申請書の作成や差し戻しが簡単な年末調整システムです。管理者は提出内容を画面上で確認・突き合わせができ、提出状況も一覧で管理可能です。修正や催促はワンクリックで行えるため、管理者業務を効率化します。なお、団体扱い生保インポートや住宅ローン控除申告書作成サポートにも対応しています。
| 参考価格 | ー | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 給与システム、勤怠管理システム、採用管理システム、タレントマネジメントなど | ||
※"ー"の情報はITトレンド編集部で確認できなかった項目です。詳細は各企業にお問い合わせください。
ジョブカン労務HR
- 「はい」「いいえ」のアンケート形式で従業員もかんたん対応！
- らくらく控除申告書自動作成！
- 過不足税額の集計・反映から役所提出用書類までワンクリック！
株式会社DONUTSが提供する「ジョブカン労務HR」は、７つの年末調整関連帳票に対応しており、所属税額や控除額などの情報をまとめて管理できます。同系列の業務効率化ツールである「ジョブカン給与計算」と連携させることで、従業員の過不足額をジョブカン給与計算に自動で反映可能です。ほかのジョブカンシリーズを利用している場合は、本製品を特別料金で利用できます。
| 参考価格 | 初期費用無料、月額400円～/人 ※無料プランあり | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | ジョブカンシリーズ、シングルサインオンシステム、電子印鑑GMOサイン、マネーフォワード IT管理クラウド | ||
freee人事労務
- ITに対して苦手意識のある方でも簡単に操作できるシンプルな設計
- 年末調整の電子申告義務化にも対応しているサービス
- 勤怠管理、給与計算とも連係！法定調書の作成漏れなく対応
フリー株式会社が提供する「freee人事労務」は、マイナンバー・法令改正に対応した人事労務ソフトです。各種申告書や添付書類などを、ペーパーレスで簡単に収集できます。従業員はスマホやパソコンから質問に答えるだけで申告も完了します。従業員の入力状況はリアルタイムに反映されるので、申告書の回収作業は不要です。
| 参考価格 | ー | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | freee会計、freee勤怠管理Plus、freeeサイン、Airシフト、LINE WORKS、Slack、SmartHR | ||
※"ー"の情報はITトレンド編集部で確認できなかった項目です。詳細は各企業にお問い合わせください。
ジンジャー給与
- 給与計算の手間を大幅に削減！
- ウェブ明細発行までをスムーズに！
- 人事や勤怠とカンタン情報連携！
jinjer株式会社が提供する「ジンジャー給与」は、給与計算や年末調整、賞与計算ができるクラウド型システムです。年末調整では、ステップに沿って進めるだけで簡単に計算ができ、控除額や保険料の計算の手間を削減します。申請書類や添付書類のデータは、まとめて無料で一括管理可能です。
| 参考価格 | 月額500円～/人 | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | ジンジャー勤怠、ジンジャーワークフロー | ||
タレントパレット
- 年末調整の煩雑な業務を効率化！自動チェックで時短&ミス防止
- PC・スマホから直接入力 分かり易いユーザーインターフェース
- 収集データはCSV出力でスムーズ連携。給与システム等とも直結
株式会社プラスアルファ・コンサルティングが提供する「タレントパレット」は、組織の人材管理を一元化し、最適配置や人材育成、離職防止など幅広い人事業務をサポートするシステムです。年末調整とあわせて、採用から評価、健康管理まで包括的にカバーします。
| 参考価格 | ー | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 各種人事システム | ||
※"ー"の情報はITトレンド編集部で確認できなかった項目です。詳細は各企業にお問い合わせください。
KING OF TIME 給与
- 簡単操作で誰でも迷わずご利用いただけます！
- 年末調整も自動読み取りで手間や負担を削減！
- 勤怠管理・人事労務とのデータ連携でミスなく一元管理！
株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する「KING OF TIME 給与」は、年末調整のほか、給与計算・賞与計算までシステム一つで完結できます。自動文字読み取り機能や編集ロック機能を搭載し、従業員へのリマインドメールの自動送信にも対応します。
| 参考価格 | 初期費用無料、月額300円/人 | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 給与システム、労務管理システム、人事システム、入退室管理システム、ビジネスチャットなど | ||
ロウムメイト Powered by カオナビ
- システムに弱い人でも直感的に使える操作性
- 初期費用ゼロ円＆1機能から始められ、導入ハードルが低い
- サポートも手厚く、もしわからないことがあっても安心
株式会社カオナビが提供する「ロウムメイト Powered by カオナビ」は、年末調整や従業員管理を効率化するクラウド型システムです。パソコン・スマホ・タブレットからいつでも手続きが可能で、従業員の負担を軽減できます。年末調整や給与明細の管理、電子申請にも対応し、法改正にも自動更新で対応します。
| 参考価格 | ー | スマホ利用 | 〇 |
| 連携可能システム | 給与システム、e-Gov | ||
※"ー"の情報はITトレンド編集部で確認できなかった項目です。詳細は各企業にお問い合わせください。
▶無料で利用できる年末調整システム
コストを抑えて導入したい方向けに、無料の年末調整システムを紹介します。
| 製品名 | 全体満足度 | 使いやすさ | 価格 |
|---|---|---|---|
| ハーモス年末調整 | 4.8(6件) | 4.7 | 基本料金・月額料金無料 ※有料プラン：初期費用無料、月額3,800円 |
※レビュー評価は2025年３月14日時点における実数を表示しています。
ハーモス年末調整
- 申告書の配布〜提出状況の把握・回収・保管をオンラインで完結！
- 従業員は質問に回答するだけで完了！スマホでも操作可能
- 初期設定動画やマニュアル、FAQを完備ですぐに利用開始できる！
IEYASU株式会社が提供する無料の年末調整システム「ハーモス年末調整」は、年末調整申告書の配布から提出状況の把握、回収、保管をオンラインで完結できます。質問に回答するだけで申告書が自動作成されるため、記入漏れやミスのリスクを抑えられます。
国税庁の「年調ソフト」
国税庁の「年調ソフト」は、従業員が必要な控除証明書を入力すると、控除額の自動計算や書類の電子保存が可能です。主な機能には、各種控除証明書のデータインポートや自動判定、マイナポータルとの連携があり、効率的な申告業務をサポートします。ただし、申請者ごとの進捗管理や不備催促メールの一括送信機能がないため、申請内容に誤りがある場合は個別対応が必要です。
なお、国税庁の「年調ソフト」の概要や使い方は、以下の記事で詳しく紹介しています。
まとめ
年末調整システムは、従業員の年末調整手続きを効率的に管理するためのシステムです。システム導入によって、申請書類の作成や進捗管理、内容確認にかかる工数を大幅に削減します。
システムごとに特徴や搭載機能は異なるため、年末調整システムを検討する際には、製品比較を十分に行うことが重要です。自社の課題を明確にし、課題解決に必要な機能や価格、導入実績などを比較してみましょう。以下のボタンより一括資料請求ができるので、ぜひご利用ください。
リモートワークの定着に伴い、紙でのやりとりが難しくなり、年末調整システムを導入する企業が増加しています。しかし、控除証明書（保険会社からの保険料控除のハガキなど）の電子化は任意のため、いまだ紙で発行されるケースが多く、従業員による申告書や証明書の入力、原本の添付、人事担当者による保険料や住宅情報のチェックなど、依然として多くの工程がアナログで進められているのが実情です。
社内ルールで控除証明書等の電子化を義務とすることはできますが、電子化には従業員自身で各保険会社、金融機関へ電子での証明書の発行依頼をする必要があり、電子化のみの運用にできる会社は多くないと思います。
しかし、政府はマイナポータルを活用した電子化を進めているため、社内でも電子化を促進しておく必要があります。 今後の効率的な運用のためにも、電子化の第一歩として年末調整システムの導入をおすすめします。