資料請求リスト
0

中小企業向け年末調整支援システムとは?導入メリットや選び方を解説

中小企業向け年末調整支援システムとは?導入メリットや選び方を解説

年末調整は、毎年限られた期間に申告書の配布・回収・確認・差し戻しを行う必要があります。中小企業では、担当者が少ないなかで通常業務と並行して進めるため、紙やExcelでの管理に負担を感じるケースもあるでしょう。この記事では、中小企業向けに年末調整支援システムのメリットや選び方、比較時の注意点をわかりやすく解説します。

この記事は2026年6月時点の情報に基づいて編集しています。
\ 先月は3,000人以上の方が資料請求しました /
目次

    中小企業で年末調整支援システムが注目される背景

    年末調整支援システムとは、従業員の申告情報をWeb上で回収し、確認や差し戻し、給与計算ソフトへの連携を支援するシステムです。中小企業では、人事労務担当者が限られるため、年末調整の作業負担を減らす手段として注目されています。

    紙とExcel運用の負担が大きい

    年末調整を紙で行う場合、申告書の配布から回収、記入漏れ確認、保管まで多くの作業が発生します。Excelで進捗を管理していても、最新版の確認や入力ミスの修正に時間がかかりがちです。年末調整支援システムを使うと、申告状況を画面上で確認でき、未提出者への案内や差し戻しも進めやすくなります。

    法改正対応に時間がかかる

    年末調整では、控除内容や申告書様式の変更に注意が必要です。国税庁の案内でも、年末調整の手順や必要書類、電子化に関する情報が毎年更新されています。中小企業では、担当者が最新情報を確認しながら社内向けの案内を整える必要があります。システムを活用すれば、画面案内や入力項目の更新により、確認工数を抑えやすくなります。

    参考:年末調整がよくわかるページ|国税庁

    従業員対応が担当者に集中する

    年末調整の時期は、従業員から「どこに何を書けばよいか」「どの証明書を提出すべきか」といった問い合わせが増えます。担当者が個別に回答していると、確認作業や給与計算への反映が遅れる可能性もあります。年末調整支援システムでは、質問形式の入力画面や入力チェックにより、従業員が迷いにくい運用を整えられます。

    中小企業が年末調整支援システムを導入するメリット

    年末調整支援システムのメリットは、担当者と従業員の双方の作業を減らせる点です。紙の書類を集めるだけでなく、入力内容の確認や差し戻し、給与計算への連携までを効率化できるため、少人数の人事労務体制でも運用しやすくなります。

    メリット中小企業で期待できる効果
    回収状況の可視化未提出者や差し戻し中の従業員を確認しやすくなります。
    入力チェック記入漏れや形式ミスを早い段階で見つけやすくなります。
    給与計算連携確認後の転記作業を減らし、処理を効率化できます。
    ペーパーレス化書類の配布・回収・保管にかかる手間を抑えられます。

    申告書の回収状況を把握しやすい

    メリットは、申告書の提出状況を一覧で確認できる点です。紙の運用では、誰が提出済みで、誰に催促が必要かを別表で管理する必要があります。システム上で未提出者や差し戻し中の従業員を確認できれば、対応漏れを防ぎやすくなるでしょう。締切前のリマインドにも活用可能です。

    入力ミスや記入漏れを減らしやすい

    年末調整支援システムでは、従業員が画面の案内に沿って情報を入力します。必須項目の未入力や形式の誤りをチェックできるため、担当者が目視で確認する負担を抑えやすくなります。特に、扶養親族や保険料控除の確認が多い企業では、差し戻し回数の削減につながります。

    給与計算への反映を効率化できる

    年末調整の確認後は、給与計算や源泉徴収票作成に必要な情報を反映します。年末調整支援システムと給与計算ソフトを連携できれば、転記作業を減らせます。手入力が減ることで、金額や氏名、住所の入力間違いも抑えやすくなります。既存の給与計算環境との連携可否は、導入前に確認しましょう。


    ITトレンドでは、最新の製品・サービスを多数比較・掲載しています。忙しい業務時間内でも、各社に問い合わせる手間なく、たった1回の入力(約60秒)で「年末調整支援システム」の一括資料請求が可能です。ぜひ、さまざまな製品の機能や特徴を比較してみてください。

    年末調整(支援)システム の製品を調べて比較 /
    製品をまとめて資料請求! 資料請求フォームはこちら

    中小企業向け年末調整支援システムの選び方

    中小企業が年末調整支援システムを選ぶ際は、料金だけでなく、従業員の入力しやすさや担当者の確認画面、既存システムとの連携を比較しましょう。年に一度の業務だからこそ、操作が複雑すぎないことも重要です。

    ■入力画面
    質問形式やスマートフォン対応など、従業員が迷わず申告できるかを確認します。
    ■確認画面
    未提出、確認中、差し戻しなどの状態を把握しやすいかを見ます。
    ■連携方法
    給与計算ソフトや人事労務システムと連携できるかを確認します。
    ■サポート
    初期設定や繁忙期の問い合わせ対応が自社の体制にあうかを比較します。

    従業員が迷わず入力できるか

    まず確認したいのは、従業員が自分で入力しやすい画面かどうかです。年末調整は全従業員が対象となるため、パソコン操作に不慣れな人でも使いやすい必要があります。質問形式で入力できるか、スマートフォンに対応しているか、添付書類を撮影して提出できるかを確認しましょう。

    担当者の確認作業にあうか

    担当者側では、申告内容の確認や差し戻しのしやすさが重要です。どの項目に不備があるかを画面上で確認できると、従業員への案内が具体的になります。部署別や雇用形態別に進捗を確認できる製品であれば、提出状況の管理もしやすくなるでしょう。

    給与計算ソフトと連携できるか

    年末調整支援システムを選ぶ際は、既存の給与計算ソフトと連携できるかを確認しましょう。連携方法には、直接連携やCSVファイルの取り込みがあります。自社の給与計算フローにあわない場合、確認後に手入力が残る可能性もあります。導入前に、出力項目やデータ形式まで確認することが大切です。

    サポート体制が十分か

    年末調整は対応時期が集中するため、トラブル時のサポート体制も比較しましょう。初期設定の支援、従業員向け案内文のテンプレート、繁忙期の問い合わせ対応などを確認すると安心です。中小企業では専任担当者を置きにくいため、導入前後の支援範囲が運用負担に影響します。

    「自社に合う年末調整支援システムを診断してみたい」、「どんな観点で選べばいいかわからない」という方向けの診断ページもあります。
    ITトレンドで過去資料を請求した方の、リアルなお悩みや要望から作成した簡単な質問に答えるだけで、最適な製品・サービスをご案内します。
    無料で今すぐ利用できますので、下のリンクから診断を開始してください。

    診断ページ遷移画像

    中小企業が年末調整支援システムを導入する際の注意点

    年末調整支援システムは、導入すればすぐにすべての作業がなくなるわけではありません。従業員への案内や既存データの整理、社内ルールの見直しが必要です。導入前に注意点を把握しておくと、繁忙期の混乱を抑えやすくなります。

    従業員への周知を早めに行う

    電子化を進める場合、従業員も事前準備が必要です。国税庁は、年末調整手続の電子化では、使用するソフトや事務手順の検討、従業員への早期周知が必要と案内しています。システム導入時は、入力期間やログイン方法、提出書類の扱いを早めに伝えましょう。

    参考:年末調整手続の電子化へ向けた準備|国税庁

    紙で残る業務を確認する

    年末調整支援システムを使っても、すべての書類や確認作業が完全に消えるとは限りません。控除証明書の原本確認や、従業員の事情による紙提出が残る場合もあります。導入前に、電子化する業務と紙で残す業務を分けておくと、運用ルールを作りやすくなります。

    個人情報の管理方法を確認する

    年末調整では、扶養親族や保険料、住宅ローン控除など、重要な個人情報を扱います。アクセス権限を部署や担当者ごとに設定できるか、操作ログを確認できるかを比較しましょう。退職者データの扱いや保管期間も、社内規程とあわせて確認する必要があります。

    費用対効果を業務量で考える

    中小企業では、導入費用と削減できる工数のバランスが重要です。従業員数が少ない場合でも、紙の回収や確認に多くの時間を使っているなら、費用対効果を見込める可能性があります。年末調整の担当人数や差し戻し件数、給与計算への転記時間を整理して比較しましょう。

    中小企業が年末調整支援システムを無理なく活用するポイント

    年末調整支援システムを活用するには、導入前の準備と運用後の振り返りが欠かせません。初年度から完璧な電子化を目指すよりも、負担の大きい業務から改善する進め方が現実的です。自社の体制にあわせて段階的に定着させましょう。

    対象業務を絞って始める

    初年度は、申告書の回収や進捗管理など、負担が大きい業務から始める方法があります。給与計算連携や証明書データの活用は、運用に慣れてから広げてもよいでしょう。最初から範囲を広げすぎると、担当者と従業員の双方に負担がかかります。

    社内マニュアルを用意する

    従業員向けの簡単なマニュアルを用意すると、問い合わせを減らしやすくなります。ログイン方法や入力期限、証明書の提出方法、差し戻し時の対応をまとめましょう。画面キャプチャを使った案内があれば、パソコン操作に不慣れな従業員にも伝わりやすくなります。

    終了後に課題を振り返る

    年末調整が終わったら、未提出者への催促回数や差し戻し内容、従業員からの問い合わせを振り返りましょう。次年度に向けて、案内文や締切設定、入力画面の説明を改善できます。年に一度の業務だからこそ、記録を残しておくことが翌年の効率化につながります。


    この記事をご覧の方には、以下の記事もおすすめです。あわせて参考にしてください。

    回収を効率化する中小企業向け年末調整支援システムを比較

    ここからは、ITトレンドに掲載されている年末調整支援システムを紹介します。まずは、従業員からの申告情報をWebで回収し、確認や差し戻しを効率化したい中小企業向けの製品です。操作性やスマートフォン対応、案内のしやすさを比較しましょう。

    SmartHR

    株式会社SmartHR
    《SmartHR》のPOINT
    1. 最短3分のアンケート形式で、従業員が迷わずカンタン回答
    2. スマホへのプッシュ通知で、期日通りの回答収集を強力にサポート
    3. 問い合わせ対応もシステム上で完結、やりとりを大幅に効率化!

    株式会社SmartHRが提供する「SmartHR」は、人事労務領域の情報管理と年末調整業務を支援する製品です。従業員情報を活用しながら、申告回収や確認を進めたい企業に向いています。入社手続きや従業員情報の管理とあわせて、年末調整のペーパーレス化を検討したい中小企業の候補になります。

    freee人事労務 年末調整

    フリー株式会社
    《freee人事労務 年末調整》のPOINT
    1. AIのチカラで従業員が“間違えない”!
    2. 転記がないからミスがゼロに!
    3. “シンプル操作”で初めてでも使いやすい

    フリー株式会社が提供する「freee人事労務 年末調整」は、年末調整業務の電子化を支援する製品です。人事労務や給与計算の運用とあわせて年末調整を管理したい企業に適しています。申告情報の回収から確認までをWeb上で進め、紙やExcel中心の作業を見直したい中小企業におすすめです。

    XOLOGY年末調整

    さくら情報システム株式会社
    《XOLOGY年末調整》のPOINT
    1. デザイン性に優れ、画面の質問に応えるだけで手軽に申告
    2. 従業員、人事ご担当者の業務が削減する便利機能が充実
    3. 人事給与分野での約50年の実績を踏まえた安心サポート

    さくら情報システム株式会社が提供する「XOLOGY年末調整」は、年末調整支援システムとして掲載されている製品です。従業員からの申告情報を電子化し、担当者の確認や差し戻しを効率化したい企業に向いています。紙の提出管理や進捗確認に課題がある中小企業は、比較候補として検討しやすいでしょう。

    マネーフォワード クラウド年末調整

    株式会社マネーフォワード
    製品・サービスのPOINT
    1. 他社給与計算ソフトを使っていてもご利用可能
    2. ペーパーレスで書類の準備がかんたん
    3. 回収状況が確認できる管理画面

    株式会社マネーフォワードが提供する「マネーフォワード クラウド年末調整」は、年末調整支援システムとして掲載されている製品です。紙の申告書回収からWeb入力中心の運用へ切り替えたい中小企業に向いています。従業員の申告回収や確認作業を効率化し、給与計算周辺の業務とあわせて見直したい場合に候補となります。

    給与連携を重視する中小企業向け年末調整支援システムを比較

    年末調整後の給与計算や源泉徴収票作成まで見据える場合は、給与計算との連携を重視して製品を比較しましょう。既存の給与計算ソフトとの相性やデータ出力形式を確認すると、確認後の転記作業を減らしやすくなります。

    ジョブカン労務HR

    株式会社DONUTS
    《ジョブカン労務HR》のPOINT
    1. 「はい」「いいえ」のアンケート形式で従業員もかんたん対応!
    2. らくらく控除申告書自動作成!
    3. 過不足税額の集計・反映から役所提出用書類までワンクリック!

    株式会社DONUTSが提供する「ジョブカン労務HR」は、労務手続きとあわせて年末調整業務を支援する製品です。従業員情報を一元管理しながら、年末調整の申告回収や確認作業を進めたい中小企業に向いています。既存のジョブカンシリーズを利用している企業は、連携範囲も確認するとよいでしょう。

    S-PAYCIAL with 電子年調申告

    鈴与シンワート株式会社
    製品・サービスのPOINT
    1. 2025年度の税制改正にも対応!
    2. 保険料控除証明書データの取込みが可能
    3. 従業員の操作性と人事担当者のチェック機能にこだわった設計

    鈴与シンワート株式会社が提供する「S-PAYCIAL with 電子年調申告」は、電子年調申告に対応する年末調整支援システムです。従業員の申告データを電子的に回収し、給与計算へつなげる運用を検討している企業に向いています。申告内容の確認やデータ連携を重視する中小企業の候補になります。

    ジンジャー給与

    jinjer株式会社
    《ジンジャー給与》のPOINT
    1. 給与計算の手間を大幅に削減!
    2. ウェブ明細発行までをスムーズに!
    3. 人事や勤怠とカンタン情報連携!

    jinjer株式会社が提供する「ジンジャー給与」は、給与計算領域と関連する年末調整支援システムとして掲載されています。給与情報と年末調整の申告内容をあわせて管理したい企業に適しています。従業員情報や給与計算の運用を見直しながら、年末調整作業の効率化を図りたい中小企業に向いています。

    KING OF TIME 給与

    株式会社ヒューマンテクノロジーズ
    《KING OF TIME 給与》のPOINT
    1. 簡単操作で誰でも迷わずご利用いただけます。
    2. 年末調整も自動読み取りで手間や負担を削減。
    3. 勤怠管理・人事労務とのデータ連携でミスなく一元管理。

    株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する「KING OF TIME 給与」は、給与計算と関連する年末調整支援システムとして掲載されています。勤怠や給与計算の流れとあわせて、年末調整情報を管理したい企業に向いています。既存の勤怠管理との関係も含めて比較すると、運用後の負担を見通しやすくなります。


    ITトレンドでは、最新の製品・サービスを多数比較・掲載しています。忙しい業務時間内でも、各社に問い合わせる手間なく、たった1回の入力(約60秒)で「年末調整支援システム」の一括資料請求が可能です。ぜひ、さまざまな製品の機能や特徴を比較してみてください。

    年末調整(支援)システム の製品を調べて比較 /
    製品をまとめて資料請求! 資料請求フォームはこちら

    人事情報を活用する年末調整支援システムを比較

    人事情報の管理や人材データ活用とあわせて年末調整を見直したい場合は、人事労務機能を含む製品も候補です。従業員情報の更新頻度が高い企業では、基本情報を重複入力せずに使えるかを確認しましょう。

    タレントパレット

    株式会社プラスアルファ・コンサルティング
    《タレントパレット》のPOINT
    1. 年末調整の煩雑な業務を効率化!自動チェックで時短&ミス防止
    2. PC・スマホから直接入力 分かり易いユーザーインターフェース
    3. 収集データはCSV出力でスムーズ連携。給与システム等とも直結

    株式会社プラスアルファ・コンサルティングが提供する「タレントパレット」は、年末調整支援システムとしても掲載されている製品です。人材データの管理や活用とあわせて、従業員情報を整備したい企業に向いています。人事情報の更新や組織管理を重視しながら、年末調整業務も効率化したい中小企業は比較してみましょう。

    カオナビ

    株式会社カオナビ
    《カオナビ》のPOINT
    1. 従業員からの問合せを減らせるシンプルな設問
    2. PC・スマホ・タブレットからいつでもどこでも年末調整
    3. 税制改正に伴う変更点にシステム側で対応

    株式会社カオナビが提供する「カオナビ」は、人材情報の管理とあわせて年末調整支援システムとして掲載されている製品です。従業員情報を整理し、人事労務関連の業務をまとめて見直したい企業に向いています。年末調整だけでなく、人材管理全体の効率化を検討している中小企業の候補になります。

    レコル

    中央システム株式会社
    《レコル》のPOINT
    1. 勤怠管理・給与計算・Web給与明細・年末調整すべてレコルで完結
    2. オンライン年末調整でペーパーレス化と効率化を実現
    3. 給与支払報告書、源泉徴収票などを自動作成

    中央システム株式会社が提供する「レコル」は、年末調整支援システムとして掲載されています。従業員情報や申告情報を管理し、年末調整の作業を効率化したい企業に向いています。人事労務の担当者が少ない中小企業では、画面の見やすさやサポート範囲を確認して比較するとよいでしょう。

    ハーモス年末調整 (株式会社ビズリーチ)

    《ハーモス年末調整》のPOINT
    1. 申告書の配布〜提出状況の把握・回収・保管をオンラインで完結!
    2. 従業員は質問に回答するだけで完了!スマホでも操作可能
    3. 初期設定動画やマニュアル、FAQを完備ですぐに利用開始できる!

    freeeペーパーレス年末調整 (フリー株式会社)

    《freeeペーパーレス年末調整》のPOINT
    1. 従業員スマホ入力、労務担当者の印刷・回収不要
    2. 一問一答形式で入力ミス・記入漏れを削減
    3. 進捗管理画面で督促・修正依頼をスムーズ化

    中小企業の年末調整支援システムに関するFAQ

    年末調整支援システムを検討する中小企業では、導入時期や紙書類の扱い、既存ソフトとの連携に関する疑問が多くあります。ここでは、比較前に確認しておきたい代表的な質問を整理します。

    Q1:中小企業でも年末調整支援システムは必要ですか?
    従業員数が少なくても、紙の回収や確認、差し戻しに時間がかかっている場合は検討する価値があります。特に、担当者が1人または少人数で年末調整を行う企業では、進捗管理や入力チェックの効率化が役立ちます。
    Q2:導入はいつごろ始めるべきですか?
    年末調整の開始直前ではなく、夏から秋にかけて比較や設定を進めると安心です。従業員への案内やマニュアル作成、既存データの整備にも時間が必要です。初年度は余裕をもって準備しましょう。
    Q3:紙の控除証明書は不要になりますか?
    運用方法や証明書の種類によって、紙の確認が残る場合があります。電子化の範囲は製品や社内ルールによって異なるため、どの書類を電子化し、どの書類を紙で扱うかを事前に確認しましょう。
    Q4:給与計算ソフトとの連携は必須ですか?
    必須ではありませんが、連携できると転記作業を減らしやすくなります。連携が難しい場合でも、CSV出力で対応できることがあります。既存の給与計算フローにあうかを比較することが重要です。
    Q5:従業員が操作できるか不安です
    質問形式の入力画面やスマートフォン対応、従業員向けマニュアルの有無を確認しましょう。初年度は問い合わせが増える可能性があるため、社内案内を早めに用意し、よくある質問をまとめておくと運用しやすくなります。

    まとめ

    中小企業向け年末調整支援システムは、申告書の回収や確認、差し戻し、給与計算への反映を効率化するための製品です。選定時は、従業員の入力しやすさや担当者の確認画面、給与計算ソフトとの連携、サポート体制を比較しましょう。自社の業務量や運用体制にあう製品を見極めたい方は、ITトレンドの一括資料請求を活用し、複数製品を比較してみてください。

    \ 先月は3,000人以上の方が資料請求しました /
    新NISAに関する実態調査アンケート

    アンケート回答者の中から毎月抽選で10名様に

    Amazonギフトカード1,000円分が当たる!

    電球

    ITトレンドMoneyみんなのおサイフ事情では

    「新NISAに関する実態調査」をしております。

    ぜひご協力ください。

    it-trend moneyロゴ
    新nisaアンケートロゴ
    \匿名OK!カンタン2分で完了/アンケートに答える
    IT製品・サービスの比較・資料請求が無料でできる、ITトレンド。「中小企業向け年末調整支援システムとは?導入メリットや選び方を解説」というテーマについて解説しています。年末調整(支援)システムの製品 導入を検討をしている企業様は、ぜひ参考にしてください。
    このページの内容をシェアする
    facebookに投稿する
    Xでtweetする
    このエントリーをはてなブックマークに追加する
    pocketで後で読む
    認知度、利用経験率No.1のITトレンド 年末調整(支援)システム年間ランキング
    ITトレンドへの製品掲載・広告出稿はこちらから
    年末調整(支援)システムの製品をまとめて資料請求