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IT導入補助金で在庫管理システムを導入するには?対象経費と申請の流れ

IT導入補助金で在庫管理システムを導入するには?対象経費と申請の流れ

在庫管理システムは、事務局に登録された製品であればIT導入補助金の対象です。2026年度は名称が「デジタル化・AI導入補助金」に変わりましたが、事務局に登録されたITツールを、登録済みのIT導入支援事業者と共同で申請する仕組みは変わりません。この記事では、在庫管理システムで使える通常枠の補助額や補助率、対象経費、申請要件と流れ、ハードウェアの扱いなど導入前に押さえたい注意点を解説します。

この記事は2026年10月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

    ITトレンドがおすすめする製品・サービス

    ■提供形態別
    • クラウド型(SaaSを含む):zaico、BRAIN AEGIS、タナヨミ、スマートF、L-Stock、クラプロ
    • パッケージ型:アラジンオフィス、アラジンオフィス for foods、スマートF
    ■カバーする業務範囲別
    • 在庫管理中心の単機能型:zaico、BRAIN AEGIS、タナヨミ、L-Stock、クラプロ、KEY SO-CO
    • 販売・購買管理一体型:アラジンオフィス、アラジンオフィス for foods
    • 工程・生産管理まで対応:スマートF、アラジンオフィス for foods
    • 会計ソフト連携型:zaico、スマートF、アラジンオフィス

    在庫管理システムはIT導入補助金の対象になる?

    結論として、在庫管理システムはIT導入補助金の対象になり得ます。ただし、どの製品でもよいわけではなく、制度の名称や対象となるITツールの条件を正しく理解しておく必要があります。まずは制度の基本を整理します。

    2026年は「デジタル化・AI導入補助金」として実施

    IT導入補助金は、2026年度から「デジタル化・AI導入補助金」という名称で実施されています。中小企業や小規模事業者が、生産性向上につながるITツールを導入する費用の一部を国が補助する制度です。

    名称は変わりましたが、登録済みのITツールを支援事業者と申請する基本的な仕組みは引き継がれています。検索や情報収集の際は、旧名称と新名称の両方で調べると、最新の公募要領や事務局の案内を見つけやすくなります。

    「供給・在庫・物流」プロセスに該当する機能

    在庫管理システムは、補助金の業務プロセス区分のうち「供給・在庫・物流」に該当します。公募要領では、ロケーション管理や入出庫管理、実地棚卸管理、検品受入、在庫分析などが機能例として挙げられています。

    販売管理や発注・仕入管理の機能もあわせて持つ製品は、複数のプロセスに該当する場合があります。プロセス数は補助額の上限に関わるため、導入予定の製品がどのプロセスで登録されているかを販売店に確認しましょう。

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    事務局に登録されたITツールのみが対象

    補助の対象は、事務局の審査を経て登録されたITツールに限られます。自社で選んだ在庫管理システムでも、登録されていなければ補助金は使えません。

    登録状況は、事務局のポータルサイトで公開されているITツール検索で確認できます。また、申請はIT導入支援事業者と呼ばれる登録済みの販売店やベンダーと共同で行う仕組みです。製品の候補を絞る段階で、補助金の申請に対応しているかを問い合わせておくと、検討を効率よく進められます。

    在庫管理システムで使える通常枠の補助額と補助率

    在庫管理システムの導入では、主に「通常枠」を利用します。通常枠の補助額は保有する業務プロセスの数で上限が変わり、補助率は原則1/2以内です。ここでは、2026年度の公募要領にもとづく金額の目安と対象経費を確認します。

    プロセス数で異なる補助額の上限

    通常枠の補助額は、1プロセス以上を保有するITツールで5万円以上150万円未満、4プロセス以上で150万円以上450万円以下です。在庫管理だけを担う製品は1プロセスの扱いになるケースが考えられます。

    一方、販売管理や会計まで含む製品であれば、4プロセス以上に該当する場合もあります。ただし、補助額を増やすために不要な機能まで導入すると、自己負担額や運用の手間も増えます。自社の業務に必要な範囲で検討することが大切です。

    補助率は原則1/2以内

    補助率は対象経費の1/2以内が基本です。例えば対象経費が200万円の場合、補助額は最大100万円となり、残りの100万円は自己負担です。

    一方で、公募要領に定められた条件を満たす場合は、補助率が2/3以内に引き上げられます。例えば、令和6年10月から令和7年9月までの間に、令和7年度改定の地域別最低賃金未満で雇用している従業員が全従業員の30%以上である月が3か月以上ある場合です。条件の判定には対象期間や賃金の基準が細かく定められているため、該当しそうな場合は支援事業者や事務局に確認してください。

    補助対象になる経費・ならない経費

    通常枠の対象経費は、ソフトウェア購入費とクラウド利用料、導入関連費です。クラウド型の在庫管理システムは利用料の最大2年分が対象で、導入設定やマニュアル作成、保守サポートなどの役務も対象に含められます。

    一方で、リースやレンタル契約のITツール、中古品、交付決定前に購入したITツールは対象外です。見積もりの段階で、どの費用が補助対象になるかを支援事業者に明示してもらうと、自己負担額を正確に把握できます。

    関連記事 クラウド型在庫管理システムおすすめ8選!選び方と無料導入の注意点も解説

    IT導入補助金を受けるための申請要件

    補助金を受けるには、ITツールの条件だけでなく、申請する企業側の要件も満たす必要があります。準備に時間がかかる項目もあるため、在庫管理システムの選定と並行して進めておくと安心です。ここでは、2026年度の公募要領で示されている主な要件を紹介します。

    GビズIDプライムとSECURITY ACTIONの準備

    申請には、行政サービスの共通認証であるGビズIDプライムの取得が求められます。申請方法によっては発行までに日数がかかる場合もあるため、早めに手続きを済ませておくと安心です。

    あわせて、情報処理推進機構(IPA)が実施する「SECURITY ACTION」の一つ星か二つ星の宣言も要件です。SECURITY ACTIONは、中小企業が情報セキュリティ対策に取り組むことを自ら宣言する制度で、Web上で手続きできます。

    労働生産性の向上計画

    申請時には、翌事業年度以降3年間の事業計画を作成します。2026年度の公募要領では、1年後に労働生産性を3%以上向上させることや、計画期間中の年平均成長率を3%以上とすることなどが要件です。

    過去のIT導入補助金で交付決定を受けた事業者は、目標値が4%以上に引き上げられる場合があります。在庫管理システムの場合、棚卸や入出庫記録にかかる作業時間の削減など、具体的な効果を数字で示せるよう、現状の業務量を把握しておきましょう。

    関連記事 中小企業が在庫管理を効率的に行う方法は?失敗例・導入事例も紹介

    150万円以上の申請では賃上げ目標が必須

    補助額が150万円以上となる申請では、原則として賃上げ目標を設定することが必須要件です。150万円未満の申請では加点項目の扱いですが、IT導入補助金2022から2025の間に交付決定を受けた事業者は、150万円未満でも賃上げ計画の策定と従業員への表明が求められます。

    賃上げ目標が必須の申請で目標を達成できなかった場合、補助金の一部または全部の返還を求められる可能性があります。複数のプロセスをまとめて導入し、補助額を大きくする場合は、自社の賃金計画と照らしあわせて無理のない目標かを確認しましょう。

    ITトレンドでは、最新の製品・サービスを多数比較・掲載しています。まず資料請求して、さまざまな製品の機能や特徴を比較してみてください。忙しい業務時間内でも、各社に問い合わせる手間なく、たった1回の入力(約60秒)で在庫管理の一括資料請求が可能です。浮いた時間で、じっくりと製品を比較検討し進めましょう。

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    在庫管理システム導入で補助金を申請する流れ

    補助金の申請は、IT導入支援事業者と協力しながら段階的に進めます。申請から補助金の受け取りまでは数か月以上かかるため、全体の流れを把握し、在庫管理システムの稼働時期から逆算して準備することが重要です。

    1. 支援事業者と在庫管理システムを選ぶ

    最初に、自社の在庫管理の課題を整理し、登録済みのITツールから候補を選びます。あわせて、そのツールを扱うIT導入支援事業者に相談し、補助金を使った導入が可能かを確認します。

    支援事業者は、申請書類の作成支援や導入後の報告のサポートを担います。どこまで支援してもらえるかは事業者によって異なるため、相談の段階でサポート範囲を確認しておくと、後の手続きで迷いにくくなります。

    2. 交付申請から交付決定まで

    支援事業者が申請の準備を進めたあと、申請者がマイページで内容を確認し、事務局へ交付申請を提出します。締切は年度内に複数回設けられており、締切ごとに審査が行われて交付決定が通知されます。

    交付決定の通知を受けてから、在庫管理システムの契約や発注、支払いを行います。締切日や交付決定日は公募回ごとに異なるため、事務局の公式サイトで最新のスケジュールを確認してください。

    3. 導入後の実績報告と効果報告

    在庫管理システムを導入し、支払いを終えたら、事業実施期間内に実績報告を提出します。補助金は、報告内容が確認され、補助額が確定したあとに交付されるため、導入費用はいったん自社で支払う必要があります。

    さらに、導入後は一定期間にわたって労働生産性や賃上げの状況を報告する効果報告があります。報告を担当者1人に任せきりにせず、必要な数値の集計方法や担当部署を社内で共有しておくと、引き継ぎがあっても対応を続けられます。

    補助金で在庫管理システムを導入する際の注意点

    補助金を活用すると導入費用を抑えられますが、進め方を誤ると補助対象外になったり、導入後に使いこなせなかったりする可能性があります。在庫管理システム特有のポイントを含め、事前に確認したい注意点を整理します。

    補助金ありきで機能を選ばない

    補助金を使えるかどうかだけで在庫管理システムを選ぶと、自社の業務に合わない可能性があります。まずは、欠品や過剰在庫、棚卸の負担など、解決したい課題を明確にしましょう。

    そのうえで、ロット管理や賞味期限管理、複数倉庫への対応など、必要な機能を備えた製品を候補にします。補助金の対象かどうかは、候補を絞り込んだあとに確認する順番がおすすめです。対象外だった場合に備えて、補助金なしでも導入できるかも試算しておきましょう。

    関連記事 在庫管理システム選定の8つのポイントを徹底解説!

    ハンディ端末などのハードウェアの扱いを確認する

    通常枠の対象はソフトウェアと関連する役務であり、ハードウェアの購入費は対象に含まれません。在庫管理でよく使われるハンディターミナルやバーコードプリンタなどは、自己負担で用意する前提で予算を組みましょう。

    インボイス枠ではPCやタブレットなどが対象になる場合がありますが、会計や受発注、決済の機能を持つソフトウェアの導入が前提です。対象となる枠や機器は公募要領で確認し、判断に迷う場合は支援事業者に相談してください。

    関連記事 バーコード在庫管理・棚卸のメリットとは?QRコードとの違いも解説

    交付決定前に契約・発注しない

    交付決定より前に在庫管理システムの契約や発注、支払いをした場合、その費用は補助の対象外です。繁忙期の前に稼働させたいなど導入を急ぐ事情があっても、交付決定の通知を待つ必要があります。

    そのため、データ移行や現場への操作説明を含めた導入スケジュールは、交付決定日から逆算して組み立てましょう。公募回ごとに交付決定日は異なるため、どの回に申請するかを支援事業者と早めに相談しておくと安心です。

    補助金の活用を検討したい在庫管理システムの特徴一覧

    ここでは、この記事で紹介する在庫管理システムの特徴を一覧にまとめました。補助金の対象になるかは製品ごとに異なるため、候補を絞ったうえで事務局のITツール検索や支援事業者に登録状況を確認してください。

    製品名特徴
    zaicoクラウド型。スマホでQR・バーコードを読み取り、入出庫や棚卸を記録でき、消費期限・ロット管理にも対応
    「アラジンオフィス」販売管理と在庫管理を一体で扱えるパッケージ。受注・売上・発注・仕入まで標準搭載し、会計連携などのオプションも用意
    BRAIN AEGIS物流現場の知見をもとに開発された在庫管理システム。入出庫、ロット・期限管理、棚卸に対応し、API連携も可能
    スマートF製造業向け。在庫管理や工程管理など必要な機能から段階的に導入でき、ハンディやタブレットでのバーコード管理に対応
    タナヨミクラウド型。ロケーション管理、バーコード管理、ロット管理、有効期限管理を標準で利用でき、運用にあわせたカスタマイズも可能
    アラジンオフィス for foods食品業界向けの販売・在庫・生産管理パッケージ。ロット管理や消費期限管理、トレーサビリティに対応
    L-Stock入荷・出荷・在庫管理・棚卸の基本機能を備えたクラウド型の在庫管理システム。ユーザー数無制限で利用可能
    クラプロPCやスマホで使えるクラウド型在庫管理システム。バーコード・QRコード管理や複数拠点の在庫把握、在庫アラートに対応
    KEY SO-CO在庫管理の標準機能をパッケージ化したシステム。操作がわかりやすく、移動ラックとの併用で保管・作業効率の向上を図れる

    補助金申請前に比較したい在庫管理システム

    単機能で始めやすいクラウド型から、販売管理や工程管理まで扱える製品まで、業務範囲の異なる在庫管理システムを紹介します。補助対象かどうかと申請可能な支援事業者は、各製品の提供元や販売店に確認しましょう。

    zaico

    株式会社ZAICO
    《zaico》のPOINT
    1. PCで在庫データを一元管理、現場はスマホでスキャンするだけ
    2. QR・バーコードとAI読取で、手入力と記入ミスの両方を削減
    3. クラウド共有で拠点をまたいで最新在庫を確認、属人化を解消

    株式会社ZAICOが提供する「zaico」は、紙やExcelで行っていた在庫管理をPCで一元化するクラウド型の在庫管理システムです。現場ではスマートフォンでQRコードやバーコードを読み取るだけで入出庫や棚卸を記録でき、手入力による記入ミスの削減が期待できます。消費期限管理やロット管理にも対応しています。クラウドでデータを共有するため、拠点をまたいで最新の在庫を確認できます。freee会計など外部サービスとの連携やCSVでの一括登録にも対応しています。

    アラジンオフィス

    株式会社アイル
    《アラジンオフィス》のPOINT
    1. お客さまの声を反映した完成度の高いパッケージ
    2. さまざまな業種・業態に対応!5000社を超える導入実績
    3. 販売・在庫管理だけでなく、豊富なオプション機能をご用意

    株式会社アイルが提供する「アラジンオフィス」は、販売管理と在庫管理を一体で扱える在庫管理パッケージソフトです。マスタ管理や見積・受注・売上管理、請求・入金・支払管理、発注・仕入管理、在庫管理を標準で搭載しています。リアルタイムで在庫数を把握でき、必要な機能のカスタマイズも可能です。会計連携やハンディターミナル連携などのオプションも用意されているため、在庫管理とあわせて複数の業務プロセスを見直したい企業で検討できます。対象地域は関東・関西・東海です。

    BRAIN AEGIS

    関通ホールディングス株式会社
    《BRAIN AEGIS》のPOINT
    1. 50万件のデータも瞬間検索。事業成長による”システム重延ゼロ”
    2. 物流現場のプロが設計。教育コストを最小化する”直感UI”
    3. 年間1位「トーマス」の会社が開発。プロの知見でミスゼロを実現

    関通ホールディングス株式会社が提供する「BRAIN AEGIS」は、物流現場の知見をもとに設計された中小規模向けの在庫管理システムです。在庫照会や在庫調整、入庫・出庫管理、ロット・期限管理、棚卸管理といった在庫業務に必要な機能を備えています。リングスキャナなどを使ったバーコード運用に対応し、PCとスマートフォンから利用できます。ネクストエンジンなどとのAPI連携も可能なため、EC関連の業務とあわせて在庫を管理したい企業でも検討しやすい製品です。

    スマートF

    株式会社ネクスタ
    《スマートF》のPOINT
    1. 在庫管理や工程管理など、必要な機能からスモールスタート可能
    2. 導入コンサルつきのトライアル可能、既存システムにも柔軟に連携
    3. バーコード管理やタブレット活用でペーパーレスIoTを実現

    株式会社ネクスタが提供する「スマートF」は、製造業向けの在庫管理システムです。在庫管理や工程管理、品質管理、原価管理など必要な機能を選んで導入し、後から機能を追加していくスモールスタートに対応しています。ハンディ端末やタブレットを使ったバーコード管理で、現場の記録をペーパーレス化できます。基幹システムや会計ソフトなど既存システムとの連携にも対応しており、導入コンサルティング付きのトライアルを利用して運用を確かめながら検討を進められます。

    タナヨミ

    株式会社ロジ・グレス
    《タナヨミ》のPOINT
    1. 【棚管理、バーコード管理を行うことで人的ミスの削減!】
    2. 【在庫データをリアルタイムに共有】
    3. 【各企業様の運用に合わせてカスタマイズが可能】

    株式会社ロジ・グレスが提供する「タナヨミ」は、システム開発会社と物流・倉庫会社のノウハウを生かしたクラウド型の在庫管理システムです。ロケーション管理、バーコード管理、ロット管理、有効期限管理を標準で備え、入荷・出荷検品や棚卸作業に対応しています。在庫データをリアルタイムに共有でき、各企業の運用にあわせたカスタマイズも可能です。導入時は、機器の購入から利用環境を整えるまでサポートを受けられます。

    アラジンオフィス for foods

    株式会社アイル
    製品・サービスのPOINT
    1. 食品業界に特化した販売・在庫・生産管理パッケージシステム
    2. 5000社を超える導入実績
    3. ユーザーリピート率は驚異の98.3%

    株式会社アイルが提供する「アラジンオフィス for foods」は、食品業界向けの販売・在庫・生産管理パッケージシステムです。販売管理や在庫管理、生産管理を幅広くカバーするイージーオーダー型のシステムで、ロット管理や消費期限管理、トレーサビリティに対応しています。ハンディターミナルやPOSレジ、EC・ネットショップ管理ソフト、Web受発注システムとの連携も可能です。食品を扱う企業が在庫と販売の管理をまとめて見直す際に検討できます。対象地域は関東・関西・東海です。

    L-Stock (株式会社ラピス)

    《L-Stock》のPOINT
    1. 在庫管理の基本機能を網羅
    2. ユーザー数無制限で利用可能
    3. クラウド型でいつでもどこでもアクセス可能。

    クラプロ (ビズノード株式会社)

    《クラプロ》のPOINT
    1. PC・スマホでどこからでも在庫管理が可能。
    2. バーコード・QRコードによる在庫管理に対応
    3. 在庫アラートや分析機能を搭載し、管理業務を効率化。

    KEY SO-CO (株式会社豊田自動織機)

    《KEY SO-CO》のPOINT
    1. 初心者でも導入・操作が簡単な在庫管理
    2. 低価格で充実した在庫管理機能
    3. 移動ラック導入により、保管効率と作業効率が大幅に向上。

    まとめ

    在庫管理システムは、IT導入補助金(2026年度はデジタル化・AI導入補助金)の対象になり得ます。事務局に登録されたITツールをIT導入支援事業者と共同で申請し、通常枠では補助率1/2以内、補助額はプロセス数に応じて5万円から450万円が目安です。申請要件や対象経費、交付決定前に契約しないといった注意点を確認し、自社の課題にあう製品を選びましょう。まずは資料請求で複数の製品を比較してみてください。

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    IT製品・サービスの比較・資料請求が無料でできる、ITトレンド。「IT導入補助金で在庫管理システムを導入するには?対象経費と申請の流れ」というテーマについて解説しています。在庫管理システムの製品 導入を検討をしている企業様は、ぜひ参考にしてください。
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