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個人事業主向け給与計算システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説

個人事業主向け給与計算システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説

個人事業主が従業員を雇うと、給与からの源泉徴収や年末調整を自分で行う必要があります。従業員数や業種によっては、健康保険・厚生年金保険の手続きも加わります。給与計算システムを使えば、税額や保険料の計算、帳票の作成、納付期限の管理をまとめて進められます。この記事では、個人事業主に生じる給与計算の義務と期限、社会保険の適用条件、少人数の雇用にあう給与計算システムの比較ポイントと選び方を解説します。

この記事は2026年10月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

    ITトレンドがおすすめする製品・サービス

    ■料金体系別
    ■連携したい業務別

    従業員を雇った個人事業主に生じる給与計算の義務

    個人事業主でも、従業員に給与を支払えば給与計算と源泉徴収の義務が生じます。開業時の届出に加え、給与の支払いを始めるときに必要な届出もあります。家族に給与を支払う場合は、税務上の扱いが別に定められています。

    源泉徴収義務者として所得税を預かる

    従業員に給与を支払う個人事業主は、源泉徴収義務者として所得税を差し引いて納めます。国税庁は、常時2人以下の家事使用人だけに給与を支払う個人は源泉徴収が不要としています。事業の従業員を雇う場合は、この例外にあたりません。

    毎月の給与からは、源泉徴収税額表にもとづく所得税を差し引きます。扶養控除等申告書の提出の有無で使う欄が変わるため、従業員ごとの情報を整理しておくことが大切です。

    関連記事 給与計算システムとは?代表的な機能をわかりやすく解説

    給与支払事務所等の開設届出書を出す

    給与の支払事務を行う事務所を開設したときは、給与支払事務所等の開設届出書を提出します。提出期限は、開設の事実があった日から1か月以内です。提出先は事務所の所在地を所轄する税務署で、e-Taxでも書面でも提出できます。

    届出書には給与の支払を始める年月日や従業員数を記載します。開業から少し後に人を雇う場合も、雇用の時期にあわせて手続きを確認しておくと安心です。

    家族に支払う給与の届出

    生計を一にする家族へ支払う給与は、原則として必要経費になりません。ただし青色申告者は、要件を満たす家族を青色事業専従者とし、届け出た範囲の給与を必要経費にできます。届出の期限は、原則として経費に算入しようとする年の3月15日までです。

    その年の1月16日以後に開業した場合や、新たに専従者がいることとなった場合は、その日から2か月以内です。専従者給与も源泉徴収や年末調整の対象として計算します。

    個人事業主の源泉所得税は納期の特例で年2回にできる

    源泉徴収した所得税は、原則として給与を支払った月の翌月10日までに納めます。給与の支給人員が少ない個人事業主は、納期の特例を使うと納付を年2回にまとめられます。ただし、毎月の計算と記録は省けません。

    対象は給与の支給人員が常時10人未満

    納期の特例を使えるのは、給与の支給人員が常時10人未満の源泉徴収義務者です。利用するには、源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書を税務署に提出します。却下の通知がなければ、提出した月の翌月末日に承認があったものとみなされます。

    国税庁によると、申請書を提出した月の翌月に源泉徴収する所得税から特例が適用されます。支給人員が10人以上になった場合は、特例をやめるための届出書を提出する手続きもあります。

    納付期限は7月10日と翌年1月20日

    特例を受けると、1月から6月に源泉徴収した分は7月10日まで、7月から12月分は翌年1月20日までに納めます。納付の回数が減るため、少人数で事業を営む個人事業主の事務負担を抑えられます。

    一方で、半年分をまとめて納めるため、納付額が大きくなります。預かった税額を事業の資金と分けて把握しておくと、納付時に資金が不足する事態を避けやすくなります。

    特例中も毎月の記録は欠かせない

    納付が年2回になっても、毎月の給与ごとに源泉徴収税額を計算し、記録しておく必要があります。半年分の支給額と税額を集計して納付書を作る際に、毎月の計算結果がもとになるためです。

    給与計算システムでは、月ごとの計算結果が履歴として残ります。集計表を出力できるかを確認しておくと、納付書の作成時に手計算で合計する手間を減らせます。年の途中で入退社があった月の扱いも確認しておきましょう。

    個人事業所の社会保険は従業員数と業種で適用が分かれる

    個人事業所の健康保険・厚生年金保険は、常時使用する従業員の人数と業種によって強制適用か任意適用かが分かれます。適用されると、給与計算で保険料の控除と事業主負担の管理が加わります。

    常時5人以上の適用業種は強制適用

    日本年金機構によると、従業員が常時5人以上いる個人の事業所は、農林漁業やサービス業などを除き、健康保険・厚生年金保険の適用事業所です。2022年10月からは、法律・会計の業務を行う士業も対象に加わりました。

    適用事業所になると、新規適用の届出や、従業員が加入するための資格取得届の提出が必要です。人数の数え方や業種の区分に迷う場合は、年金事務所に確認しましょう。

    5人未満や対象外の業種は任意適用を選べる

    強制適用にあたらない個人事業所でも、任意適用を申請して加入できます。従業員の半数以上の同意を得て事業主が申請し、厚生労働大臣の認可を受けると適用事業所として扱われます。

    任意適用を選ぶかどうかは、従業員の保障や採用面での利点と、事業主負担の保険料をあわせて判断します。適用後は強制適用の事業所と同じく、毎月の給与計算で保険料を控除します。

    加入対象者の判定と保険料の控除

    適用事業所では、常用的に使用される70歳未満の人が厚生年金保険の被保険者です。パートやアルバイトも、週の所定労働時間と月の所定労働日数が通常の労働者の4分の3以上であれば加入対象です。

    給与計算システムでは、従業員ごとに加入の有無と標準報酬月額を登録し、保険料を自動で計算します。勤務時間が変わった人の加入判定は、システム任せにせず見直す運用が必要です。

    ITトレンドでは、最新の製品・サービスを多数比較・掲載しています。まず資料請求して、さまざまな製品の機能や特徴を比較してみてください。忙しい業務時間内でも、各社に問い合わせる手間なく、たった1回の入力(約60秒)で給与計算システムの一括資料請求が可能です。浮いた時間で、じっくりと製品を比較検討し進めましょう。

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    年末から1月の給与事務を給与計算システムで進める

    個人事業主の給与事務は、12月から翌年1月にかけて年末調整や法定調書の提出が重なります。この時期には事業主自身も確定申告の準備を始めるため、期限を一覧で把握しておくことが大切です。

    12月に行う年末調整

    年末調整は、毎月源泉徴収した所得税の合計と、1年間に納めるべき税額との差額を精算する手続きです。対象は扶養控除等申告書を提出している人で、国税庁は青色事業専従者も含まれると案内しています。

    従業員から保険料控除などの申告書を回収し、控除額を計算して過不足を精算します。給与計算システムで申告書の回収や控除額の計算に対応していれば、少人数でも手作業の負担を減らせます。

    関連記事 給与計算システムで年末調整を効率化!知っておきたい基本を解説

    1月31日までの源泉徴収票と法定調書合計表

    給与の支払者は、給与所得の源泉徴収票を作成して従業員に交付します。提出範囲に該当するものは、法定調書合計表とともに翌年1月31日までに税務署へ提出します。税務署に提出する源泉徴収票にはマイナンバーの記載が必要です。

    市区町村へ提出する給与支払報告書も同じ時期に準備します。給与計算システムでこれらの帳票をまとめて作成できるかを確認しておくと、年明けの作業を整理しやすくなります。

    関連記事 マイナンバー制度が及ぼした給与計算業務への問題とは?マイナンバー対応システムも紹介

    1月20日の納付を忘れないための管理

    納期の特例を使っている場合、7月から12月分の源泉所得税は翌年1月20日が納付期限です。年末調整で生じた過不足額を反映したうえで納付するため、年末調整の完了時期とあわせて予定を組みます。

    期限の管理を担当者の記憶に頼ると、年末年始の休みを挟んで手続きが遅れるおそれがあります。給与計算システムの通知機能や、カレンダーへの登録で期限を共有しておきましょう。

    個人事業主にあう給与計算システムの選び方

    従業員が1人から数人の個人事業主には、多機能さよりも、少人数で負担なく使える料金と、確定申告までの事務をつなげられる仕組みがあいます。ここでは、選ぶときに見ておきたい条件を紹介します。

    少人数でも割高にならない料金体系

    給与計算システムの料金は、従業員1人あたりの従量課金や、一定人数までの定額プランなど製品によって異なります。従業員が少ない個人事業主は、最低利用人数や基本料金の有無を確認しましょう。

    クラウド型であれば、初期費用を抑えて月額で使い始められる製品があります。人を増やす予定がある場合は、人数が増えたときの料金の変わり方も見積もりで確認しておくと安心です。

    関連記事 【2026年】クラウド給与計算ソフト比較!おすすめや選び方を紹介

    確定申告に使う会計ソフトとの連携

    個人事業主は、給与として支払った額を事業の必要経費として帳簿に記録します。給与計算の結果を会計ソフトへ仕訳として取り込めれば、確定申告の準備で転記する手間を減らせます。

    連携の方法は、同じシリーズの会計ソフトとの自動連携や、CSVファイルでの取り込みなど製品によって異なります。今使っている会計ソフトとの連携実績があるかを、資料請求の段階で確認しましょう。

    関連記事 給与計算システム導入の5大メリットを解説!選定ポイントも紹介

    年末調整と帳票作成の対応範囲

    個人事業主が1人で給与事務を担う場合、年末調整や法定調書の作成までシステムで対応できるかが作業量を左右します。申告書をWebで回収できるか、源泉徴収票や法定調書合計表を出力できるかを確認しましょう。

    社会保険の適用事業所であれば、算定基礎届や賞与支払届の作成に対応しているかも確認します。税制や保険料率の改正が自動で反映されるかも、継続して使ううえで大切な基準です。

    個人事業主向け給与計算システムを比較するポイント

    個人事業主が給与計算システムを比べるときは、料金や連携のほかに、計算できる範囲と手続きの支援、人数が増えたときの対応も確認します。

    計算できる給与の種類と控除の範囲

    時給のアルバイトと月給の従業員が混在する場合、それぞれの給与を計算できるかを確認します。残業代の割増や、通勤手当の非課税分の扱い、源泉所得税と社会保険料などの控除に対応しているかも比べる点です。対応していない計算が残ると手作業での確認が増え、システムを使う意味が薄れます。自分の事業所で発生する給与の形を書き出して照らし合わせましょう。

    家族に支払う給与や日割りの計算が必要な場合は、その設定ができるかを事前に試してください。

    提出書類や納付期限を知らせる機能

    源泉所得税の納付や源泉徴収票の提出など、給与事務には期限のある手続きが続きます。期限を通知する機能や、納付書、法定調書を作成する機能があると、手続きの漏れを避けられます。通知がメールで届くのか、画面上の表示だけなのかも、見落としを防ぐうえで確認したい違いです。

    事業主が一人で担う場合、この通知の有無が日々の負担を左右します。どの手続きまで支援するのかを、製品ごとに比べましょう。

    従業員が増えたときの料金と機能

    雇用する人数が増えると、料金の区分が変わる製品があります。1人から数人の間は低料金でも、人数が一定を超えると費用が上がる場合があるため、料金表を事前に確認しておきます。人数ごとの料金の区切りは、公式の料金表で確認できます。見積もりを依頼して、将来の人数での費用も把握しておくと比較しやすくなります。

    社会保険の手続きが加わったとき、同じ製品で対応できるかも見ておくと、システムを入れ替える手間を避けられます。

    少人数で雇う個人事業主向け給与計算システム一覧

    従業員を1人から数人雇う個人事業主に向けて、この記事で紹介する給与計算システムの参考価格と主な機能を一覧にまとめました。無料プランの有無や最低利用料金、年末調整への対応などを比較し、自社に適した製品を選びましょう。

    製品名参考価格特徴
    レコル月額300円/人
    ※最低月額3,000円
    勤怠管理・給与計算・Web給与明細・年末調整を一元管理。給与計算は勤怠管理のオプション機能
    KING OF TIME 給与初期費用無料、月額300円/ユーザー勤怠管理・人事労務と自動連携。年末調整の申告書をAI-OCRで読み取り可能
    ジョブカン給与計算無料プランあり(5名まで)
    有料:月額400円/ユーザー(最低月額2,000円)
    給与計算から年末調整、法定調書合計表の作成まで対応。無料プランでは外部サービスとの連携に制限あり
    弥生給与 Next年額20,400円~
    ※年末調整対応プランは年額36,000円~
    給与計算・勤怠管理・年末調整などをプランに応じて利用可能。弥生会計 Nextややよいの青色申告との連携に対応
    マネーフォワード クラウド給与月額4,480円~(年払い時)1~3名向けのスモールビジネスプランを用意。勤怠データと連携でき、法改正や料率変更にも自動対応
    給与kid666,000円~(税込)
    ※継続保守は別途費用
    買い切り型のパッケージソフト。算定・月変や年末調整、法定帳簿の出力に対応
    フリーウェイ給与計算5人まで無料
    6人以上:月額1,980円
    インストール不要のクラウド型ソフト。給与計算から年末調整まで対応し、税制改正や保険料率の変更にも対応
    円簿給与無料(詳細は要問い合わせ)給与計算と年末調整を無料で利用できるクラウド型ソフト。保険料率や税制の改正に自動対応

    ※料金は各製品の公開情報にもとづく参考価格です。契約期間や利用人数によって費用が異なります。円簿給与は無料と案内されていますが、詳細な料金条件は別途確認が必要です。

    個人事業主の給与事務を支える給与計算システム

    少人数でも利用しやすい料金体系や、給与計算・年末調整への対応、会計ソフトとの連携機能に着目して製品を紹介します。無料プランの有無や最低利用料金なども確認し、自社に適したシステムを選びましょう。

    レコル

    中央システム株式会社
    《レコル》のPOINT
    1. 勤怠管理・給与計算・Web給与明細・年末調整をひとり300円で!
    2. レコルの勤怠データでそのまま給与計算、連携もラクラク
    3. 給与規定の複数パターン作成に対応、従業員毎に柔軟な計算が可能

    中央システム株式会社が提供する「レコル」は、勤怠管理・給与計算・Web給与明細・年末調整を1つにまとめたクラウドシステムです。勤怠+給与計算プランは1人あたり月額300円で、最低利用料金は月額3,000円です。10名以下でも利用できますが、少人数の場合は最低利用料金が適用されます。なお、給与計算は勤怠管理のオプション機能のため、単独では契約できません。源泉徴収票や給与支払報告書、法定調書合計表といった帳票も作成できるため、打刻から年明けの提出書類までを1つのシステムで進めたい事業主の候補です。

    KING OF TIME 給与

    株式会社ヒューマンテクノロジーズ
    《KING OF TIME 給与》のPOINT
    1. 簡単操作で誰でも迷わずご利用いただけます。
    2. 年末調整も自動読み取りで手間や負担を削減。
    3. 勤怠管理・人事労務とのデータ連携でミスなく一元管理。

    株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する「KING OF TIME 給与」は、勤怠管理・人事労務のデータと自動で連携して給与を計算するクラウドサービスです。初期費用は無料で、全機能を1ユーザーあたり月額300円で利用できます。給与規程や保険料を登録しておけば、勤怠の締めから数クリックで給与計算を終えられる仕組みです。年末調整は電子的控除証明書(XMLファイル)とAI-OCRによる申告書の読み取りに対応し、未提出者へのリマインドメールも自動で送れます。1人で給与事務を担う場合も、申告書の確認にかかる手間を抑えやすいでしょう。

    ジョブカン給与計算

    株式会社DONUTS
    《ジョブカン給与計算》のPOINT
    1. かんたん勤怠連携・計測自動化で作業時間を大幅に削減!
    2. Web給与/賞与明細・源泉徴収票の自動交付!
    3. 年末調整もジョブカンで完結!計算後の帳票作成まで完備!

    株式会社DONUTSが提供する「ジョブカン給与計算」は、給与計算担当者の負担を減らす機能をそろえたクラウド給与計算システムです。従業員5名まで登録できる無料プランがあり、有料プランは1ユーザーあたり月額400円、最低利用料金は月額2,000円です。無料プランでは他サービスとのデータ連携に制限があります。所得税や社会保険料、労働保険料は改正にあわせて料率・税率が自動で更新され、住民税は普通徴収・特別徴収のどちらにも対応。年末調整では過不足額を給与へ自動で反映し、源泉徴収票や給与支払報告書、法定調書合計表まで作成できるため、年明けの提出書類も効率よく準備できます。

    弥生給与 Next

    弥生株式会社
    《弥生給与 Next》のPOINT
    1. 勤怠・給与・労務をシームレスにつなげて一元管理
    2. Web明細や申告書回収で給与業務をペーパーレス化
    3. eGov連携で社会保険や労働保険の電子申請が可能

    弥生株式会社が提供する「弥生給与 Next」は、従業員300名未満の企業向けのクラウド給与サービスです。契約単位は1法人または1個人事業主につき1契約となっており、個人事業主も利用できます。給与計算を中心としたエントリープランは年額20,400円で、年末調整や勤怠管理も利用したい場合は、年額36,000円からのベーシックライト以上のプランが対象です。基本利用人数を超える場合は追加料金が発生します。弥生会計 Nextややよいの青色申告と連携できるため、給与の支払額を会計処理につなげたい事業主に向いています。

    マネーフォワード クラウド給与

    株式会社マネーフォワード
    製品・サービスのPOINT
    1. とにかく使いやすい画面設計が好評です
    2. web明細にも対応。スマートフォンでも給与明細の確認が可能です
    3. テレワーク・在宅勤務も簡単に実現

    株式会社マネーフォワードが提供する「マネーフォワード クラウド給与」は、勤怠データの取り込みから銀行振込までをクラウド上で進められる給与計算ソフトです。1~3名向けのスモールビジネスプランは、年払い選択時に月額4,480円で利用できます。法改正や料率変更の際は自動でアップデートされ、支給日に応じた料率が適用されます。少人数の雇用から始め、料率の改正への対応をシステムに任せたい事業主の選択肢です。

    給与kid6

    株式会社日本法令
    《給与kid6》のPOINT
    1. 多様な給与体系に柔軟な対応ができ、1つで複数会社の管理が可能
    2. 充実したナビゲーション機能で会社情報から年末調整まで簡単入力
    3. 充実のサポート体制で税法や保険の法律改正にも素早く対応

    株式会社日本法令が提供する「給与kid6」は、Windowsで使うパッケージ型の給与計算ソフトです。購入価格は66,000円(税込)からで、月額費用はかかりません。購入後6か月間は無償の保守契約が付いており、無償期間の満了後に保守契約を継続する場合は年間保守契約料が発生します。ナビゲーション画面の手順に沿って給与・賞与の計算から算定・月変、年末調整まで入力でき、労働者名簿や賃金台帳、源泉徴収簿の出力にも対応します。手元のパソコンで給与事務を完結させたい事業主の候補です。

    フリーウェイ給与計算 (株式会社フリーウェイジャパン)

    《フリーウェイ給与計算》のPOINT
    1. 社員5人まで無料!6人以上も1,980円/月の定額で利用可能!
    2. インストール不要!料率変更や税制改正にも無償対応!
    3. シンプルな画面・メニューが愛され導入実績100,000ユーザー以上

    円簿給与 (株式会社円簿インターネットサービス)

    《円簿給与》のPOINT
    1. 給与計算と年末調整が無料
    2. 法改正や税制、保険料率の変更に自動で対応
    3. 給与明細の共有と印刷・配布の手間削減

    まとめ

    個人事業主が従業員を雇うと、源泉徴収や開設届、年末調整、法定調書の提出といった給与計算の義務が生じます。従業員数や業種によっては社会保険の手続きも加わります。給与計算システムを使えば、税額や保険料の計算と期限の管理をまとめて進められます。少人数にあう料金体系や会計ソフトとの連携、年末調整への対応を基準に、資料請求で複数の製品を比較してみてください。

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    IT製品・サービスの比較・資料請求が無料でできる、ITトレンド。「個人事業主向け給与計算システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説」というテーマについて解説しています。給与計算システムの製品 導入を検討をしている企業様は、ぜひ参考にしてください。
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