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個人事業主向け経費精算システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説

個人事業主向け経費精算システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説

個人事業主に経費精算システムが役立つのは、従業員や外注スタッフが経費を立て替え、事業主が確認して支払う場面がある場合です。一人で事業を営み、自分の支出を記帳するだけであれば、会計ソフトの経費入力で足りるケースもあります。この記事では、会計ソフトとの役割の違い、スタッフの立替精算の流れ、領収書の保存と電子帳簿保存法への備え、個人事業主が料金を判断する目安に加え、製品を比較する際の選び方を解説します。

この記事は2026年10月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

    ITトレンドがおすすめする製品・サービス

    ■利用目的別
    ■領収書や明細の取り込み方法別
    ■料金体系別

    個人事業主に経費精算システムが必要な場面

    経費精算システムは、本来は従業員が立て替えた経費を会社が確認して支払うための仕組みです。個人事業主の場合、事業の体制によって必要性が変わるため、まず自分の状況にあてはめて考えましょう。

    一人で事業を営む場合の経費管理

    一人で事業を営む個人事業主は、経費を使う人と確認する人が同じです。申請や承認の手続きが要らないため、領収書の内容を会計ソフトに入力し、確定申告に必要な帳簿を作れれば足りる場合があります。

    ただし、領収書の枚数が多い、移動が多く交通費の記録が追いつかないといった場合は、スマートフォンで領収書を撮影して読み取る機能や、交通系ICカードの履歴を取り込む機能が役立ちます。こうした機能は、会計ソフトに備わっている場合と、経費精算システムで提供されている場合があります。

    関連記事 【会計士監修】経費精算とは?やり方や定義をわかりやすく解説

    スタッフが経費を立て替える場合の精算

    従業員やアルバイト、継続して仕事を依頼する外注スタッフが交通費や消耗品を立て替える場合は、誰がいつ何に使ったかを確認し、本人に払い戻す作業が発生します。人数が増えるほど、紙の精算書やExcelでの集計に手間がかかります。

    経費精算システムを使うと、スタッフがスマートフォンから領収書の画像を添えて申請し、事業主が画面で確認して承認する流れをつくれます。申請内容がデータで残るため、払い戻しの漏れや二重払いにも気づきやすくなります。外注先の経費をどう扱うかは、契約内容もあわせて確認しましょう。

    会計ソフトと経費精算システムの役割の違い

    個人事業主が迷いやすいのは、会計ソフトと経費精算システムのどちらを使うかという点です。両者は扱う範囲が異なり、組み合わせて使うこともできます。

    会計ソフトが担う記帳と確定申告

    会計ソフトの役割は、日々の取引を勘定科目に分けて帳簿に記録し、決算書や確定申告書を作ることです。経費も、勘定科目と金額を入力すれば記帳できます。個人事業主向けの会計ソフトには、銀行口座やクレジットカードの明細を取り込んで仕訳の候補を作る機能を持つものもあります。

    一人で事業を営み、経費の大半を事業用の口座やカードで支払っている場合は、会計ソフトの明細取り込みを中心に運用する方法が考えられます。現金で支払った経費だけを手入力すれば、記帳の手間を抑えられます。

    経費精算システムが担う申請から払い戻しまで

    経費精算システムの役割は、立て替えた人の申請を受け付け、内容を確認して承認し、払い戻すまでの手続きを管理することです。承認済みの経費データを会計ソフトに連携できる製品であれば、記帳の作業も減らせます。

    つまり、会計ソフトは帳簿を作る道具、経費精算システムは立替の手続きを管理する道具と考えると整理できます。スタッフの立替がない個人事業主が経費精算システムだけを導入しても、確定申告に使う帳簿づくりのために、会計ソフトも別途用意する必要があります。

    関連記事 経費精算システムの基本的な機能と便利な機能とは?概要を紹介!

    事業用と私用の支出の分け方

    個人事業主は、事業のお金と生活のお金が混ざりやすい立場です。経費として計上できるのは事業に必要な支出であり、自宅兼事務所の家賃や通信費のように私用と共用している支出は、使用割合などで事業分を按分して計上する考え方があります。

    按分の割合や根拠は、税務署から説明を求められた場合に備えて記録しておきましょう。事業用の口座やクレジットカードを分けておくと、私用の支出が混ざりにくくなり、システムへの取り込みも整理できます。判断に迷う支出は、税理士や税務署に確認すると安心です。

    スタッフの立替精算を経費精算システムで回す流れ

    スタッフの立替が発生する個人事業主が経費精算システムを使う場合、最初にルールを決めておくと運用が安定します。申請から払い戻し、会計ソフトへの連携までの流れを確認しましょう。

    申請ルールと勘定科目の決め方

    まず、どの支出を立て替えてよいか、上限額はいくらか、領収書をいつまでに申請するかといったルールを決めます。小規模な事業でも、ルールを文書にしてスタッフと共有しておくと、申請内容の確認がスムーズです。

    次に、交通費は旅費交通費、文房具は消耗品費というように、申請の費目と勘定科目の対応を設定します。スタッフが勘定科目を意識しなくても、費目を選ぶだけで会計ソフトの科目に変換される設定にしておくと、事業主が仕訳を直す手間を減らせます。

    承認から払い戻しと会計ソフト連携まで

    スタッフの申請を事業主が確認し、承認したら払い戻しを行います。払い戻しを給与と一緒に支払うか、別に振り込むかを決めておきましょう。振込用のデータを作成できる製品であれば、ネットバンキングでの振込作業も減らせます。

    承認済みの経費は、会計ソフトにデータで連携するか、CSVファイルで取り込みます。連携できる会計ソフトの種類は製品によって異なるため、自分が使っている会計ソフトに対応しているかを導入前に確認することが大切です。連携後は、仕訳の内容を月に一度は見直しましょう。

    関連記事 経費精算システムの導入前後にやるべきことは?導入成功のコツも解説!

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    個人事業主の領収書保存と電子帳簿保存法

    個人事業主も、確定申告のもとになる帳簿と領収書などの書類を一定期間保存する必要があります。経費精算システムや会計ソフトで領収書を電子化する場合は、電子帳簿保存法のルールもあわせて確認しましょう。

    紙の領収書をスキャンして保存する場合

    紙で受け取った領収書をスキャンやスマートフォンの撮影で電子化し、データで保存する方法をスキャナ保存といいます。スキャナ保存を行う場合は、解像度などの読み取りの条件や、改ざんを防ぐための措置、検索できる状態での保存といった要件を満たす必要があります。

    要件を満たさない場合は、紙の領収書を保存しておく必要があります。経費精算システムがスキャナ保存の要件に対応しているかは製品によって異なるため、導入前に確認しましょう。帳簿や書類の保存期間は、申告の種類や書類によって5年または7年と定められています。

    電子で受け取った領収書の保存

    ネット通販の領収書をダウンロードした場合や、メールで請求書を受け取った場合など、電子でやり取りした取引のデータは、電子のまま保存することが求められています。紙に印刷して保存するだけでは、要件を満たさない点に注意が必要です。

    保存の方法には、改ざんを防ぐための措置や検索できる状態にする要件があり、売上高が一定以下の事業者には検索の要件を緩和する措置もあります。要件の詳細は国税庁の公表資料で確認し、経費精算システムや会計ソフトの保存機能で対応できるかを確かめましょう。

    関連記事 経費精算システム導入の失敗事例とは?導入前にチェックすべきポイントを解説

    個人事業主が経費精算システムの料金を判断する目安

    経費精算システムの料金は、法人の利用を前提にした体系の製品もあります。個人事業主が無理なく使い続けられるかは、利用人数と必要な機能の範囲から判断しましょう。

    利用人数と最低料金の確認

    経費精算システムには、利用するユーザー数に応じて月額料金が決まる製品があります。ただし、最低利用人数や最低料金が設定されている製品もあり、スタッフが数人の個人事業主では、1人あたりの負担が想定より大きくなる場合があります。

    見積もりを取る際は、現在の人数だけでなく、繁忙期に増えるアルバイトの人数や、将来の人員の見込みも伝えましょう。初期費用や、会計ソフト連携などのオプション料金があるかも確認しておくと、年間の費用を比較できます。月に処理する申請件数が少ない場合は、システムの料金と、紙やExcelで精算する時間を比べて判断する方法もあります。

    無料プランや会計ソフトの付属機能の範囲

    経費精算システムの中には、利用人数や機能を限定した無料プランを用意している製品があります。また、会計ソフトに経費精算の機能が付属している場合もあり、追加の契約なしで立替の申請と承認ができることもあります。

    無料プランや付属機能では、承認経路の設定、利用できる人数、領収書の保存容量などに制限がある場合があります。まず無料の範囲で試し、スタッフの増加や電子帳簿保存法への対応で不足が出てきた段階で、有料プランや専用の経費精算システムを検討する進め方もあります。

    個人事業主向け経費精算システムを比較するポイント

    スタッフの立替精算を少人数で回す個人事業主が、経費精算システムを比べる観点を整理します。

    利用人数に対する最低料金

    経費精算システムは、利用者数に応じて月額が決まる製品や、最低利用人数が設けられた製品があります。スタッフが数人の個人事業主は、最低料金が実際の人数より高く設定されていないかを確認しましょう。無料プランや会計ソフトの付属機能で足りる範囲との差額を比べると、有料のシステムを入れる必要があるかを判断できます。利用人数が変わる事業では、月の途中でスタッフが増減したときの料金の数え方も確認しておきましょう。

    申請から払い戻しまでの事業主の手間

    申請を受ける事業主の負担も比較の観点です。領収書を撮影して申請できるか、交通費を経路検索から入力できるか、承認と払い戻しのデータを出力して振込につなげられるかを確認しましょう。承認者が事業主一人の場合は、申請の通知と承認の操作がスマートフォンで完結すると、外出中でも滞らせずに進められます。申請の差し戻しや、領収書の原本の確認が必要な場面でどう進むかも、事前に把握しておきたい点です。

    会計ソフト連携から考える選び方

    個人事業主ならではの選び方として、普段使っている会計ソフトへ仕訳データを渡せるかを確認しましょう。勘定科目の対応づけを最初に設定でき、事業用と私用の支出を分けて管理できると、確定申告の入力作業を減らせます。電子帳簿保存法に対応した領収書の保存機能の有無や、その機能を使える料金プランも比べておきたい点です。スタッフが少ないうちは使わない機能も多いため、必要な機能だけを選べる料金体系かどうかも、費用を抑えるうえで見ておきましょう。

    スタッフの立替精算に使える経費精算システム一覧

    従業員の立替経費を受け付け、会計ソフトへの連携まで進めやすい製品を、明細の取り込み方法とあわせてまとめました。

    製品名特徴
    invox経費精算領収書のAI-OCRと仕訳データの自動生成に対応
    ジョブカン経費精算ICカードやクレジットカードと連携
    freee支出管理 経費精算Plusスマホで撮影した領収書やカード明細から入力を補完
    マネーフォワード クラウド経費クレジットカードや電子マネーの明細から経費を登録でき、ICカードもスマホで取り込み
    経費BANK領収書の撮影申請や会計ソフトへの仕訳連携に対応
    MOT経費精算駅すぱあとを標準搭載
    kincone交通系ICカードで勤怠管理と交通費精算ができ、5名から利用可能

    少人数の立替精算を始めやすい経費精算システム

    スタッフの人数が少ない段階でも使い始めやすい料金体系や、スマートフォン・カード明細からの入力に対応した製品を紹介します。

    invox経費精算

    株式会社invox
    《invox経費精算》のPOINT
    1. 申請や承認、原本提出など紙のやりとりを電子化して出社が不要に
    2. AI OCRで領収書をデータ化!近場交通費は経路検索から登録可能
    3. 月契約で業界最安水準の無駄のない料金プラン

    株式会社invoxが提供する「invox経費精算」は、月契約で利用できるクラウド型の経費精算システムです。スタッフが立て替えた近場の交通費は経路検索から登録でき、定期券区間外の考慮にも対応します。領収書はAI-OCRでデータ化され、ベーシックプラン以上では申請内容から仕訳データを自動で生成できるため、事業主が会計ソフトへ入力する手間を減らせます。申請と承認はクラウド上で完結し、領収書の原本の受け渡しも電子化できます。

    ジョブカン経費精算

    株式会社DONUTS
    《ジョブカン経費精算》のPOINT
    1. 基本プラン無料!2010年のサービス開始以来、値上げなし!
    2. 経理チェック工数大幅削減!電子帳簿保存法にも対応
    3. 中小から大企業、自治体に至るまで幅広い導入実績多数あり!

    株式会社DONUTSが提供する「ジョブカン経費精算」は、ユーザー単位の月額料金で利用でき、無料プランも用意されている経費精算システムです。申請内容をもとに仕訳データと振込データを自動で作成し、会計ソフトやネットバンクに取り込めます。ICカードの読み取りや乗換案内連携、スマートフォンでの申請・承認も可能です。

    freee支出管理 経費精算Plus

    フリー株式会社
    製品・サービスのPOINT
    1. 入力作業を極力ゼロに・チェック業務を最小化
    2. 作業量86%削減!データやマスタの連携で経理担当者の業務効率化
    3. 毎月の請求は使った分だけ!必要のないIDの購入必要なし

    フリー株式会社が提供する「freee支出管理 経費精算Plus」は、毎月の請求が使った分だけとなり、必要のないIDを購入せずに済む経費精算システムです。スタッフはスマートフォンで領収書を撮影し、数項目を入力するだけで申請でき、OCRでの読み取りや駅すぱあと連携で入力を補えます。カード明細の内容を使えば、経費科目の自動推測も可能です。承認経路は最大5段階まで設定でき、承認された経費は1クリックで作成できる総合振込ファイルで払い戻せます。

    マネーフォワード クラウド経費

    株式会社マネーフォワード
    製品・サービスのPOINT
    1. 手入力ミスを省けるオートメーション機能&ペーパーレス運用
    2. 交通費・出張旅費の申請処理から会計ソフトへの仕訳連携まで対応
    3. 購買申請・住所変更・出張申請など柔軟な電子ワークフロー機能

    株式会社マネーフォワードが提供する「マネーフォワード クラウド経費」は、クレジットカードや電子マネーの明細から経費を登録できる経費精算システムです。科目は自動で分類され、SuicaなどのICカードのデータもスマートフォンのアプリにワンタッチで取り込めます。領収書はスマートフォンで撮影して申請でき、OCRまたはオペレーター入力でデータ化することも可能です。マネーフォワード クラウド会計のほか、他社の会計システムへのCSV連携・API連携にも対応しています。

    経費BANK

    SBIビジネス・ソリューションズ株式会社
    《経費BANK》のPOINT
    1. 1ヶ月あたり3,000円~利用できる、圧倒的なコストパフォーマンス
    2. レシートや請求書をスマホで撮って、手入力不要
    3. クレカやICカードと連携し、ワンクリックで利用履歴を取得

    SBIビジネス・ソリューションズ株式会社が提供する「経費BANK」は、スタッフがスマートフォンで撮影した領収書から申請できるクラウド型の経費精算システムです。AI-OCRによる自動入力や、SuicaやPASMOなどのICカード取り込みはオプションで利用できます。申請内容に応じた仕訳を自動で作成し、API連携やCSVファイルで会計ソフトへ取り込めます。従業員への振込データも作成できるため、払い戻しの作業もまとめて効率化できます。

    MOT経費精算 (株式会社バルテック)

    《MOT経費精算》のPOINT
    1. 経費精算業務を全面ペーパーレス化!テレワークでも運用可能!
    2. 1IDあたり199円の圧倒的な低コストでの運用を実現!
    3. 「駅すぱあと」標準搭載で交通費申請・精算がラクラク!

    kincone (株式会社ソウルウェア)

    《kincone》のPOINT
    1. 他社連携、ビジネスチャット打刻に対応。
    2. 月額220円/1名から、5名より利用可能。
    3. iOS/NFC対応Androidでスマホからすぐ開始可能。

    まとめ

    個人事業主に経費精算システムが役立つのは、スタッフや外注先が経費を立て替える場面がある場合です。一人で事業を営むなら、会計ソフトの経費入力や明細取り込みで足りるケースもあります。導入する場合は、申請ルールと勘定科目の対応を決め、会計ソフトとの連携や電子帳簿保存法への対応を確認しましょう。複数の経費精算システムを資料請求し、利用人数に見合う料金と機能を比べてください。

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    IT製品・サービスの比較・資料請求が無料でできる、ITトレンド。「個人事業主向け経費精算システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説」というテーマについて解説しています。経費精算システムの製品 導入を検討をしている企業様は、ぜひ参考にしてください。
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