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就業管理システムの使い方は?初期設定から月次締め・給与連携まで

就業管理システムの使い方は?初期設定から月次締め・給与連携まで

就業管理システムの使い方は、最初に就業規則や従業員情報を登録し、日々の打刻と申請・承認を回し、月末に勤怠を締めて給与計算へ渡す、という流れで押さえると理解しやすくなります。この記事では、勤怠管理・就業管理の担当者向けに、就業管理システム(勤怠管理システム)を使い始めてから給与連携までの操作の流れと、各段階でつまずきやすい点を解説します。

この記事は2026年10月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

    ITトレンドがおすすめする製品・サービス

    ■勤務形態別
    ■給与連携の方法別
    ■締め前の確認機能別

    就業管理システムを使い始める前の初期設定

    就業管理システムでは、初期設定で登録した内容が、そのまま毎日の集計結果に反映されます。設定に誤りがあると、残業時間や休暇の日数がずれる原因になるため、運用開始前に時間をかけて準備しましょう。

    就業規則を勤務ルールとして登録する

    最初に、就業規則で定めた始業・終業時刻や休憩時間、所定休日、締め日を勤務ルールとして登録します。固定時間制とシフト制、フレックスタイム制など、勤務形態が複数ある場合は、形態ごとにルールを作成します。

    残業の計算単位や、深夜・休日の割増の区分も設定項目です。設定内容が就業規則や賃金規程と一致しているかを、人事・労務の担当者と給与計算の担当者の両方で確認しておくと、後の修正を減らせます。

    関連記事 【3分でわかる】勤怠管理システムとは?メリット・デメリットも紹介

    従業員情報と承認者を登録する

    次に、従業員の氏名や社員番号、所属部署、雇用形態、適用する勤務ルールを登録します。人数が多い場合は、CSVファイルで一括登録できるかを確認しましょう。社員番号は給与計算ソフトと同じものを使うと、連携時の照合が容易です。

    あわせて、休暇や残業の申請を誰が承認するかという承認経路も設定します。承認者が不在のときに代わりに承認できる人を決めておくと、申請が止まる事態を避けやすくなります。

    打刻方法と端末を準備する

    打刻は、パソコンのブラウザ、スマートフォン、ICカードリーダー、共用のタブレットなどから選びます。事業所ごとに働き方が違う場合は、場所に応じて複数の打刻方法を組み合わせることもできます。

    ICカードを使う場合は、カードと従業員の紐付けも初期設定に含まれます。本番前に一部の部署で試験的に打刻してもらい、集計結果が想定どおりかを確認してから全社に広げると安心です。

    関連記事 ICカード勤怠管理を始めるには?メリットと人気製品を徹底解説

    日々の打刻と勤怠管理での使い方

    運用が始まったら、従業員は毎日打刻し、管理者は勤怠の状況を確認します。毎日少しずつ確認しておくと、月末の締め作業に確認が集中するのを防げます。

    従業員の打刻と打刻漏れの修正申請

    従業員は、出勤時と退勤時に決められた方法で打刻します。休憩の開始と終了を打刻する運用の会社もあります。打刻を忘れた場合は、システム上で修正申請を出し、承認者の承認を経て記録を直す流れで運用します。

    紙やメールで修正を依頼する運用が残っていると、誰がいつ記録を変えたのかが分かりにくくなります。修正はシステム上の申請で行うことをルールにし、修正の理由も入力してもらうようにしましょう。

    管理者が毎日確認したい勤怠の画面

    管理者は、部署全体の出勤状況や打刻漏れ、残業時間の状況を一覧で確認できる画面を日々確認します。打刻漏れがある従業員には、その日のうちに修正申請を促すと、記憶が新しいうちに正確な時刻を記録できます。

    残業時間が一定の水準を超えそうな従業員を知らせるアラート機能がある場合は、通知を受け取る相手と基準の時間を設定しておきます。アラートを受けた後に、業務の配分を見直すなどの対応まで決めておくことが大切です。

    関連記事 勤怠管理システムの機能を従業員・管理者視点で解説

    休暇・残業の申請と承認フローの使い方

    就業管理システムでは、休暇や残業の申請と承認もシステム上で行います。紙の申請書と比べて、申請の状況や承認の履歴を確認しやすくなる点が利点です。

    有給休暇の申請と残日数の管理

    従業員は、取得したい日と休暇の種類を選んで申請し、承認されると勤怠の記録に反映されます。付与日数や残日数を従業員自身が画面で確認できると、人事担当者への問い合わせを減らすことにもつながります。

    年10日以上の年次有給休暇が付与される労働者には、年5日を取得させることが使用者に義務付けられています。取得日数が少ない従業員を一覧で確認できるかを確かめ、計画的な取得を促す場面で活用しましょう。

    残業の事前申請と承認

    残業を事前申請制にしている場合は、従業員が残業の予定時間と理由を申請し、上長が承認します。承認された予定時間と、実際の打刻時刻を比べられると、申請のない残業や、予定より長い残業に気付けます。

    ただし、申請がないことを理由に実際の労働時間を記録しない運用は避けましょう。打刻時刻と申請内容に差がある場合は、本人に理由を確認し、実態にあわせて記録を整えることが必要です。

    関連記事 勤怠管理はなぜ必要?目的や必要性、よくある課題と解決策を解説

    休日出勤と振替休日の申請

    休日に出勤する場合は、休日出勤の申請を行い、承認を受けてから勤務する流れにしておくと、管理者が状況を把握しやすくなります。法定休日の労働と所定休日の労働では割増賃金の扱いが異なるため、申請の区分を分けておくことが大切です。

    振替休日や代休を取る場合は、どの休日出勤に対する休みなのかを紐付けて申請できるかを確認しましょう。振替や代休の扱いによって給与計算の結果が変わることもあるため、社内ルールと設定を事前にそろえておく必要があります。

    参考:振替休日と代休の違いは何か。|厚生労働省


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    月次締めで勤怠データを確定する手順

    月末や締め日には、その月の勤怠データを確定させる締め処理を行います。締めた後のデータは給与計算に使われるため、締める前の確認と、締めた後に修正が必要になった場合の扱いを決めておきましょう。

    締め前に未承認の申請と打刻漏れを確認する

    締め処理の前に、承認されていない申請や打刻漏れが残っていないかを一覧で確認します。未処理のものがあれば、従業員や承認者に連絡して、締め日までに処理してもらいます。

    確認の期限は、締め日の数日前に設定しておくと余裕を持てます。部署ごとに管理者が自部署の勤怠を確認し、その後に人事・労務の担当者が全体を確認する2段階の流れにすると、確認の抜けを防ぎやすくなります。

    締め処理と締め後の修正の扱いを決める

    確認が終わったら、締め処理を行って勤怠データを確定させます。締めた後は、従業員や管理者がデータを変更できなくなる設定にしておくと、給与計算との食い違いを防げます。

    締め後に誤りが見つかった場合に備え、締めを解除する権限を持つ人と、修正の手順を決めておきましょう。給与計算が終わった後の修正は、翌月の給与で精算するのか、再計算するのかもあらかじめ決めておくと安心です。

    関連記事 導入企業の失敗体験から学ぶ!勤怠管理システムの選び方

    確定した勤怠データを書き出して保存する

    締め処理が終わったら、確定した勤怠データや出勤簿の帳票を書き出し、保存する運用も決めておきましょう。賃金台帳などの記録は、労働基準法で5年間(当分の間は3年間)の保存が求められています。

    クラウド型ではシステム内にデータが残りますが、保存される期間や、解約した場合の扱いは製品によって異なります。月次で書き出したファイルを社内の決められた保管場所に置いておけば、システムを乗り換えた後も記録を確認できます。

    参考:変わりました!消滅時効|日本労働組合総連合会

    給与計算ソフトとの連携と運用の見直し

    締めた勤怠データを給与計算ソフトへ渡して、就業管理システムの1か月の流れが完了します。連携の方法と、運用を続けるなかで設定を見直すタイミングを押さえておきましょう。

    勤怠データを給与計算へ渡す方法

    勤怠データを給与計算ソフトへ渡す方法には、CSVファイルの出力と取り込み、API(システム同士をつなぐ仕組み)による自動連携、同じシリーズの給与システムとの連携などがあります。

    CSVで連携する場合は、出力する項目と並び順を給与計算ソフトの取り込み形式にあわせて設定します。初回の連携では、数名分の労働時間や残業時間を手計算と比べ、正しく取り込めているかを確認しましょう。

    法改正や組織変更にあわせた設定の見直し

    就業管理システムの設定は、一度決めたら終わりではありません。就業規則の変更や新しい勤務形態の導入、組織変更があった場合は、勤務ルールや承認経路の設定も見直す必要があります。

    クラウド型では、法改正への対応が提供会社によってシステムに反映される場合がありますが、自社の就業規則に関わる設定は自社で変更が必要なこともあります。設定を変えた際は内容と日付を記録し、複数の担当者で共有しておくと引き継ぎもしやすくなります。

    初期設定から給与連携まで使える就業管理システム一覧

    勤務ルールの設定、申請・承認、月次締め、給与計算への連携という一連の使い方に対応する製品を一覧で比べられます。自社の勤務形態や給与ソフトとあわせて確認してください。

    製品名特徴
    ジョブカン勤怠管理複数の管理者による承認フローを設定可能。勤怠データを給与ソフト向けCSVで出力
    KING OF TIME 勤怠管理変形労働時間制の設定や各種アラートに対応。契約後は給与機能も利用できる
    ジンジャー勤怠承認ワークフローを柔軟に設定可能。ジンジャー給与との連携にも対応
    freee勤怠管理Plus打刻忘れや未申請の残業をアラートで通知。給与計算向けの勤怠データ連携に対応
    楽楽勤怠打刻漏れを本人に自動通知。休暇の自動付与やシフト管理にも対応
    SmartHR固定・フレックス・変形労働時間制に対応。SmartHR給与計算とシームレスに連携
    マネーフォワード クラウド勤怠Plusダッシュボードで残業時間や締め状況を確認可能。CSV出力や公開APIに対応

    締め作業と給与連携を効率化する就業管理システム

    勤務形態ごとのルール設定や申請・承認の流れ、締め前の確認、給与計算へのデータ連携など、日々の運用で使う機能を備えた製品を紹介します。

    ジョブカン勤怠管理

    株式会社DONUTS
    《ジョブカン勤怠管理》のPOINT
    1. 基本プラン無料!2010年のサービス開始以来、値上げなし!
    2. ジョブカン給与計算や他シリーズ連携でさらに効率化!
    3. 導入実績100,000社以上! あらゆる業界、企業規模に対応可能!

    株式会社DONUTSが提供する「ジョブカン勤怠管理」は、打刻・申請・シフト・集計を一つにまとめたクラウド型の勤怠管理システムです。休暇や残業の申請は従業員がモバイルやPCから行え、複数の管理者による承認フローを順番まで設定できます。残業申請がないときは打刻でエラーを出す設定も可能です。年次有給休暇管理簿は自動で作成されます。集計データは給与ソフトにあわせた形式のCSVで出力でき、ジョブカン給与計算などのシリーズ製品と組み合わせて使うこともできます。

    KING OF TIME 勤怠管理

    株式会社ヒューマンテクノロジーズ
    《KING OF TIME 勤怠管理》のPOINT
    1. 20年以上要望に応え続けた圧倒的信頼性。細かな要望に応えます。
    2. 導入から運用後も。豊富なノウハウと体制万全のサポート。
    3. 2019年4月からの「働き方改革関連法」にもバッチリ対応。

    株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する「KING OF TIME 勤怠管理」は、複雑な就業規則や勤怠集計ルールの設定に対応するクラウド勤怠管理システムです。変形労働時間制の設定や、年5日の有給休暇取得義務・残業時間の上限規制・打刻エラーに関するアラートを利用できます。契約後は人事労務やデータ分析、給与の機能も利用でき、給与では勤怠締め未処理のエラー表示や勤怠データとの自動連携に対応しています。勤怠データのエクスポートはCSVやAPI連携に対応しており、他社の給与ソフトを使う場合にも選択肢となる製品です。

    ジンジャー勤怠

    jinjer株式会社
    《ジンジャー勤怠》のPOINT
    1. 給与システムとの連携も簡単!
    2. アプリもある!スマホやタブレットにも対応!
    3. アップデート不要!法改正にも自動で対応!

    jinjer株式会社が提供する「ジンジャー勤怠」は、シフト制やフレックスタイム制、変形労働時間制、夜勤などの勤務形態に対応する勤怠管理システムです。打刻修正や休暇などの各種申請・承認をシステム上で完結でき、承認ワークフローも柔軟に設定できます。残業アラートを段階的に設定でき、有休取得義務の管理にも対応しています。ジンジャー給与と併用することで、集計した勤怠データを給与計算へ連携でき、締めから給与計算までの手作業を減らせます。

    freee勤怠管理Plus

    フリー株式会社
    《freee勤怠管理Plus》のPOINT
    1. 正確な勤怠管理を簡単に実現する豊富な機能
    2. 充実した打刻方法
    3. 誰でも使いこなせる操作性

    フリー株式会社が提供する「freee勤怠管理Plus」は、勤怠・残業・有休をWebで一元管理できる勤怠管理システムです。打刻修正や時間外勤務、休憩・早出・休日出勤などの申請と承認をWeb上で行え、打刻忘れや未申請の残業はアラートで通知されます。従業員の雇用形態や所属にもとづいてシフトパターンを割り当てられ、フレックスや変形労働などの働き方にも対応しています。集計した勤怠データを給与計算業務に活用でき、毎月の転記や確認作業の効率化につながります。

    楽楽勤怠

    株式会社ラクス
    《楽楽勤怠》のPOINT
    1. 豊富な機能で自社の運用ルールに合わせてカスタマイズ
    2. 専任サポートで最適な運用方法や業務フローをご提案
    3. 誰もが使いやすいシンプルなデザインで直観的に操作可能

    株式会社ラクスが提供する「楽楽勤怠」は、日々の打刻から集計、給与計算への連携までを効率化するクラウド型勤怠管理システムです。打刻漏れは従業員本人に自動で通知されるため、締め前の確認や修正の手間を抑えられます。休暇や残業、在宅勤務の申請・承認フローを柔軟に設定でき、有給休暇の自動付与や代休・振休の管理にも対応しています。シフト管理や工数管理の機能もあり、専任担当者による導入・運用支援も用意されています。

    SmartHR

    株式会社SmartHR
    《SmartHR》のPOINT
    1. 複雑な労働時間制度・雇用形態に幅広く対応
    2. 迷わない画面設計と便利な機能で、 毎月の締め作業がスムーズに
    3. 人事労務・給与計算とのシームレスなデータ連携

    株式会社SmartHRが提供する「SmartHR」は、人事データベースと直結した勤怠管理システムです。固定労働時間制やフレックスタイム制に加え、1ヵ月単位の変形労働時間制や裁量労働制にも対応し、従業員ごとに締め日や休暇付与ルールを設定できます。アラート機能で残業過多や打刻漏れを自動で検知でき、毎月の締め作業を進めやすい画面設計です。月次の集計データはCSV形式で主要な給与計算システムへ連携でき、SmartHR給与計算とはシームレスにつながります。

    マネーフォワード クラウド勤怠Plus

    株式会社マネーフォワード
    製品・サービスのPOINT
    1. 生体認証を活用した打刻で厳格な勤怠記録体制を構築
    2. 勤怠状況はダッシュボードでリアルタイムに確認可能
    3. 在宅や出社が混在する環境や、変則勤務にも柔軟に対応

    株式会社マネーフォワードが提供する「マネーフォワード クラウド勤怠Plus」は、オフィスや現場、在宅など多様な働き方にあわせて打刻方法やシフト管理を選べる勤怠管理システムです。ダッシュボードで残業時間や締め状況を確認でき、36協定の超過リスクも早期に検知できます。残業・休暇・遅刻の申請と承認経路の設定、変形労働時間制や勤務間インターバルの設定に対応しています。勤怠データはCSV出力や公開APIによる連携が可能です。データは最大5年間保持されます。

    まとめ

    就業管理システムの使い方は、初期設定、日々の打刻と確認、休暇・残業の申請と承認、月次締め、給与計算への連携という流れで押さえると全体像をつかみやすくなります。特に初期設定と締め前の確認を丁寧に行うことが、正確な勤怠管理につながります。自社の勤務形態や給与ソフトとの連携方法にあう勤怠管理・就業管理システムを、資料請求で比較してみてください。

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