フレックスタイム制において欠勤控除を適用することは可能？
欠勤控除とは、欠勤した日数分・時間分の賃金を給与から差し引くことです。結論からいえば、フレックスタイム制においては、実労働時間が清算期間の総労働時間（所定労働時間）を超えていれば欠勤控除はできません。以下で詳しく解説します。
清算期間の総労働時間を満たしていれば適用不可
フレックスタイム制とは、始業・終業時刻を従業員が自由に決められる制度です。ただし、清算期間（１～３か月）の総労働時間や所定労働日数は企業の就業規則や雇用契約書で決められているので、それに達するよう従業員は実労働時間を調整しなければなりません。
なお、清算期間の総労働時間は「１日の標準労働時間×所定労働日数」で求められます。例えば１日の標準労働時間を８時間、所定労働日数を20日とした場合、160時間は必ず働く必要があります。その総労働時間を満たした場合は基本給分の労働を行ったことになるため、欠勤控除はできません。
つまりフレックスタイム制では始業・終業時刻がいつであっても問題なく、実労働時間が清算期間の総労働時間を超えていれば欠勤控除はできないため覚えておきましょう。これはコアタイム（企業が定めた必須の就労時間帯）でも同様です。たとえコアタイムに遅刻や早退、欠勤をしても、実労働時間が総労働時間を満たしていれば欠勤控除はできません。
もちろん実労働時間が総労働時間を満たさない場合は欠勤となり、欠勤控除を適用できます。また、フレックスタイム制では労働日の自由な変更は認めていません。したがって労働日に出勤していなければ当然、欠勤扱いとなります。
なお、フレックスタイム制の概要や導入にあたっての注意点などは以下の記事で詳しく解説していますので、こちらも参考にしてみてください。
皆勤手当の不支給や賞与査定への反映は可能
コアタイムに欠勤しても、フレックスタイム制の考えに基づけば欠勤扱いできないことは先述しました。しかし、これではコアタイムを設定する意味がありません。
そこで必要なのが、コアタイムを守らなかった場合のペナルティです。フレックスタイム制の考え方とは別に、コアタイムに関するルールを就業規則で定めておきましょう。
コアタイムに欠勤した場合のペナルティには、例えば皆勤手当の不支給や賞与査定への反映などが挙げられます。◯回欠勤した場合にはフレックス勤務の対象を解除する、という条件を設定してもよいでしょう。ただし、設定可能なペナルティの限度は労働基準法によって定められていることに注意する必要があります。
参考：労働基準法
フレックスタイム制における労働時間と賃金の考え方
続いて、フレックスタイム制における労働時間と賃金の考え方を詳しく解説します。
不就労分は給与から控除するか、次の期間に繰り越す
フレックスタイム制では、給与は清算期間内の実労働時間分を支給します。実労働時間が総労働時間を超えていれば、超過分の労働に対して残業代を支払わなければなりません。もし総労働時間に達していなければ不就労分を給与から控除するか、その不就労時間を次の清算期間に繰り越して相殺します。
ただし、繰り越しは次の清算期間の総労働時間に不就労時間を上乗せすることになります。結果的に法定労働時間を超過した場合、時間外労働として割増賃金を支払う必要があるので注意しましょう。
また、不就労時間分は次の清算期間に繰り越せますが、超過した就労時間分を次の清算期間に繰り越して相殺できません。労働基準法で、労働に対する賃金はその都度全額払うと定められているためです。
このように、清算期間内で実労働時間が総労働時間に満たなかった場合、従業員と企業の双方にとって多少の不都合が生じます。それを回避するためには、清算期間の途中で従業員の労働時間がどうなっているかを把握し、本人に告知して実労働時間＝総労働時間となるよう調整するなどの方法があるでしょう。
休日労働や深夜労働は通常の労働と同様に扱う
フレックスタイム制は、始業・終業時刻を従業員本人が自由に決められる制度ですが、休日は自身で設定できません。労働基準法では、労働者に最低でも週に１日あるいは４週に４日の休日（法定休日）を与えることが義務付けられておりフレックスタイム制においても同様です。法定休日の扱いは就業規則や雇用契約書に記載がありますので、確認しましょう。
休日労働の場合は定時で働く形態と同様、休日手当としての割増賃金を支払う必要があります。通常の賃金に対し、35％以上割増しした額を支払いましょう。代休（法定休日労働を行い、代わりに労働日を定休日とする）の場合も同様の割増賃金となります。
また、深夜労働も通常の労働形態と同じ扱いになります。深夜時間帯（22時～翌日５時）の労働には、最低でも25％以上割増しした賃金を支払いましょう。
以下の記事ではフレックスタイム制における割増賃金について詳しく解説していますので、あわせて確認してください。
参考：フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き｜厚⽣労働省・都道府県労働局・労働基準監督署
参考：しっかりマスター労働基準法ー割増賃金編ー｜東京労働局
フレックスタイム制について理解し、適切な勤怠管理を！
フレックスタイム制は、始業・終業時刻の決定を本人に委ねる制度です。そして実労働時間が総労働時間をクリアしていれば遅刻や早退、欠勤をしても欠勤控除は適用できません。設定したコアタイムを守らない場合は、皆勤手当の不支給や賞与査定への反映などでペナルティを与えるのがよい方法でしょう。
また、フレックスタイム制でも休日労働や深夜労働には割増賃金を支払う義務があるので、従業員一人ひとりの勤怠管理は正確に行われなければなりません。勤怠管理システムを導入すれば時間外労働の計算を自動化できるので、管理者の負担は大幅に減少します。以下の記事では定番の勤怠管理システムを紹介しているので、ぜひ参考にしてみてください。
