【2025年最新】 勤怠管理システムの導入に使える助成金・補助金とは？申請フローやスケジュールも解説

勤怠管理システムの導入に役立つ助成金・補助金は２種類

勤怠管理システムの導入に活用できる助成金・補助金は、「IT導入補助金」と「働き方改革推進支援助成金」の２種類です。

どちらの補助金・助成金も要件を満たさない場合は、受理されないためシステム導入時の費用が自己負担となります。勤怠管理システムの導入前に、補助金・助成金の利用目的や条件を踏まえたうえで申請しなければなりません。両者の詳しい内容を次項より解説します。

IT導入補助金

IT導入補助金とは、中小企業や小規模事業者が規定されたツールを導入する際に利用できる補助金です。業務効率化や売上向上を目指して導入するソフトウェア製品やクラウドサービスなどを対象としています。目的に応じて以下の枠に分類されます。

• ●通常枠
• ●インボイス枠（インボイス対応類型）
• ●インボイス枠（電子取引類型）
• ●セキュリティ対策推進枠
• ●複数社連携IT導入枠

なおこの記事では勤怠管理システムの導入を想定し、通常枠についての概要を紹介します。

ITツールの要件

補助対象となるには、以下のいずれか１種類以上の業務プロセスを保有するソフトウェアである必要があります。

• P１：顧客対応・販売支援
• P２：決済・債権債務・資金回収管理
• P３：供給・在庫・物流
• P４：会計・財務・経営
• P５：総務・人事・給与・労務・教育訓練・法務・情シス・統合業務
• P６：その他業務固有のプロセス

自動化ツールや分析ツールなどの上記に属さないものは、汎用プロセスにあたり、単体での導入は対象外となります。

補助対象

補助金の対象となるものは以下のとおりです。

■ソフトウェア

ソフトウェア購入費・クラウド利用料（最大２年分）

■オプション

機能拡張・データ連携ツール・セキュリティ

■役務

導入コンサルティング/活用コンサルティング・導入設定/マニュアル作成/導入研修・保守サポート

補助率・補助額

補助率や補助額は以下のとおりです。

■補助率

1/2以内
※３か⽉以上地域別最低賃⾦+50円以内で雇⽤している従業員が全従業員の30％以上であることを示した場合の補助率は、2/3以内

■補助額

１プロセス以上：５万円以上150万円未満
４プロセス以上：150万円以上450万円以下

2025年IT導入補助金のスケジュール

2025年IT導入補助金は、2025年３月31日（月）から受付が開始予定です。通常枠の締切日と交付決定日は以下のとおりです。

■１次締切分

締切日：2025年５月12日（月）予定
交付決定日：2025年６月18日（水）予定

■２次締切分

締切日：2025年６月16日（月）予定
交付決定日：2025年７月24日（木）予定

■３次締切分

締切日：2025年７月18日（金）予定
交付決定日：2025年９月２日（火）予定

事業実施期間や実績報告期限などの詳しいスケジュールは、IT導入補助金の公式サイトよりご確認ください。

参考：事業スケジュール IT導入補助金2025｜独立行政法人中小企業基盤整備機構

申請フロー

IT導入補助金を利用するためには、正しい手順で申請を行う必要があります。申請に関する大まかな流れは以下のとおりです。

• １．公募要領等の確認
• ２．「GビズIDプライム」の取得
• ３．「SECURITY ACTION」の実施
• ４．IT導入支援事業者およびITツールの選択
• ５．交付申請（IT導入支援事業者との共同作成・提出）
• ６．交付決定
• ７．ITツールの発注・契約・支払い
• ８．事業実績報告
• ９．補助金額の確認・承認
• 10．事業実施効果報告

参考：新規申請・手続きフロー（中小企業・小規模事業者等のみなさまの手続き）IT導入補助金2025｜独立行政法人中小企業基盤整備機構

IT導入補助金利用時の注意点

IT導入補助金を利用する際、交付決定前にITツールの契約や発注をしてしまうと補助金の交付が受けられません。補助金の利用を希望する場合は、交付申請後に「交付決定」の通知を受けてから契約を進めましょう。

また、補助金を受け取るには事業実績報告が求められます。その際には、導入したすべてのITツールが実際に業務で活用されている状態であることが前提となります。

働き方改革推進支援助成金

働き方改革推進支援助成金は、中小企業における労働時間の設定の改善促進を主な目的とし、以下の４つのコースがあります。

• ●業種別課題対応コース
• ●労働時間短縮・年休促進支援コース
• ●勤務間インターバル導入コース
• ●団体推進コース

支給額は成果目標や経費額に応じてそれぞれ異なるため、各Webサイトにて確認してください。ここでは、勤怠管理システムの導入に活用できる３つのコースについての概要と成果目標を紹介します。

働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース）

2024年４月１日より、建設業・運送業・病院等に対して時間外労働の上限規制が適用されました。業種別課題対応コースはこれらの業種を主な対象としており、以下の７つの成果目標から１つ以上の達成を目指して実施します。

• １：①本成果目標を初めて選択する場合
  全ての指定対象事業場において、令和７年度又は令和８年度内において有効な３６協定について、時間外・休日労働時間数を縮減し、月60時間以下、又は月60時間を超え月80時間以下に上限を設定し、所轄労働基準監督署長に届出を行うこと（全ての業種で選択可能）
  ②本成果目標の選択が２回目の場合
  全ての指定対象事業場において、令和７年度又は令和８年度内において有効な３６協定について、時間外・休日更に短縮又は維持することとする。上記①のア又はイの範囲内で延長する労働時間数の上限を短縮又は維持して設定の上、所轄労働基準監督署長に届出を行うこと。
• ２：全ての指定対象事業場において、年次有給休暇の計画的付与の規定を新たに導入すること（全ての業種で選択可能）
• ３：全ての指定対象事業場において、時間単位の年次有給休暇の規定を新たに導入し、かつ、「労働時間等設定改善指針（平成20年厚生労働省告示第108号）」２（２）に規定された、特に配慮を必要とする労働者について事業主が講ずべき措置として、特別休暇の規定をいずれか１つ以上を新たに導入すること（全ての業種が選択可能）
• ４：全ての指定対象事業場において、９時間以上の勤務間インターバル制度の規定を新たに導入すること（全ての業種が選択可能）
• ５：全ての対象事業場において、４週５休から４週８休以上の範囲で所定休日を増加させること（建設業が選択可能）
• ６：医師の働き方改革推進に関する取組として以下（１）、（２）を全て実施すること（病院等が選択可能）
  （１）労務管理体制の構築等
  ア.労務管理責任者を設置し、責任の所在とその役割を明確にすること
  イ.医師の副業・兼業先との労働時間の通算や医師の休息時間確保、長時間労働の医師に対する面接指導の実施に係る協力体制の整備を行うこと（副業・兼業を行う医師がいる場合に限る）
  ウ.管理者層に対し、人事・労務管理のマネジメント研修を実施するなど、労働時間管理について理解を深める取組を行うこと
  （２）医師の労働時間の実態把握と管理
  労働時間と労働時間でない時間の区別などを明確にした上で、医師の労働時間の実態把握を行うこと
• ７：３直３交代制等の勤務割表を整備すること（砂糖製造業が選択可能）

参考：働き方改革推進支援助成金（業種別課題対応コース） ｜厚生労働省

働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）

労働時間短縮・年休促進支援コースは、生産性の向上・時間外労働の削減・有給や特別休暇取得促進などを目的としたコースです。労働環境の改善が主な目的であり、以下３つの成果目標から１つ以上の達成を目指す必要があります。

• １：全ての指定対象事業場において、令和７年度又は令和８年度内において有効な３６協定について、時間外・休日労働時間数を縮減し、月60時間以下、又は月60時間を超え月80時間以下に上限を設定し、所轄労働基準監督署長に届け出を行うこと
• ２：全ての指定対象事業場において、年次有給休暇の計画的付与の規定を新たに導入すること
• ３：全ての指定対象事業場において、時間単位の年次有給休暇の規定を新たに導入し、かつ、「労働時間等設定改善指針（平成20年厚生労働省告示第108号）」２（２）に規定された、特に配慮を必要とする労働者について事業主が講ずべき措置として、特別休暇の規定をいずれか１つ以上を新たに導入すること
• 上記の成果目標に加えて、指定対象事業場で指定する労働者の時間当たりの賃金額を引上げることを成果目標に加えることができます。

参考：働き方改革推進支援助成金（労働時間短縮・年休促進支援コース）｜厚生労働省

働き方改革推進支援助成金（勤務間インターバル導入コース）

勤務間インターバル導入コースは、勤務終了後から次の勤務までに一定時間以上の「休息時間」を導入するためのコースです。労働者の生活時間や睡眠時間を確保し、健康管理や働きすぎの防止を目的とします。事業主が事業実施計画において指定したすべての事業場において、休息時間数「９時間以上11時間未満」または「11時間以上」の勤務間インターバルを導入・定着させることが目標です。具体的には、以下のいずれかに取り組む必要があります。

• ア：新規導入
  勤務間インターバルを導入していない事業場において、事業場に所属する労働者の半数を超える労働者を対象とする、休息時間数が９時間以上の勤務間インターバルに関する規定を労働協約または就業規則に定めること
• イ：適用範囲の拡大
  既に休息時間数が９時間以上の勤務間インターバルを導入している事業場であって、対象となる労働者が当該事業場に所属する労働者の半数以下であるものについて、対象となる労働者の範囲を拡大し、当該事業場に所属する労働者の半数を超える労働者を対象とすることを労働協約または就業規則に規定すること
• ウ：時間延長
  既に休息時間数が９時間未満の勤務間インターバルを導入している事業場において、当該事業場に所属する労働者の半数を超える労働者を対象として、当該休息時間数を２時間以上延長して休息時間数を９時間以上とすることを労働協約または就業規則に規定すること
• 上記の成果目標に加えて、対象事業場で指定する労働者の時間当たりの賃金額の引上げを３％以上行うことを成果目標に加えることができます。

参考：働き方改革推進支援助成金（勤務間インターバル導入コース）｜厚生労働省

働き方改革推進支援助成金のスケジュール

申請受付は2025年11月28日（金）までですが、予算額の制約により早く締め切られる場合もあるため注意が必要です。また、交付決定の日から、当該年度の１月30日までに取組を実施しなくてはいけません。

申請フロー

働き方改革推進支援助成金を申請する流れは、以下のとおりです。

• １．交付申請書および事業実施計画の作成
• ２．申請書・計画書の提出
• ３．提出書類の審査
• ４．交付の合否通知
• ５．計画書に沿った事業の実施
• ６．支給申請書・事業実施結果報告書の作成・提出
• ７．支給額の決定

なお、申請先は各事業者の所在地を管轄する都道府県の労働局で、持参や郵送により受け付けています。

働き方改革推進支援助成金の注意点

働き方改革推進支援助成金は、申請してすぐに受け取れるものではありません。効果・成果の報告を行ったあと、目標の達成率に応じて支給される点に注意しましょう。そのため、勤怠管理システムを導入する際は、業務プロセスの見直しや働き方改善の計画をあわせて考える必要があります。

勤怠管理システムの選定ポイント

勤怠管理システムの導入に活用できる助成金・補助金の概要が理解できたら、さっそく製品を選定してみましょう。勤怠管理システムを選ぶにあたって重視すべきポイントは、以下のとおりです。

■既存システムとの連携性

勤怠データの給与計算や労務管理などほかの既存システムとの連携が可能であれば、データの二重入力や集計の手間を省ける。

■サポート体制

導入前の初期設定や導入後のサポート体制を確認する。サポート窓口の時間帯や連絡手段などもおさえておく。

■勤務形態に適した打刻方法

社内の勤務形態や業務に適した打刻方法を提供しているか確認する。指紋認証やスマートフォンアプリ、GPS打刻などさまざまな選択肢のあることが望ましい。

■操作性

直感的なUIや入力しやすいものがおすすめ。打刻時の操作画面や管理画面の使いやすさは無料トライアルを活用してチェックする。

以下の記事では、勤怠管理システムの選び方について解説しています。また最新のおすすめ勤怠管理システムについて、特徴や価格、打刻方法など比較紹介しているので、あわせてご覧ください。

助成金を活用して勤怠管理システム導入を検討しよう

勤怠管理システムの導入には、補助金・助成金を活用して負担を減らしましょう。活用できる補助金には「IT導入補助金」「働き方改革推進支援助成金」があります。ただし、それぞれ利用目的や条件が異なるため、注意が必要です。

助成金を活用して勤怠管理システムを導入したいなら、対象システムの資料請求からはじめてみましょう。その後、要件や見積もりをもとに導入するシステムを決定するのがおすすめです。