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個人事業主向け勤怠管理システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説

個人事業主向け勤怠管理システムを比較!個人事業主ならではの選び方も解説

個人事業主でも、従業員を雇えば労働時間の把握や勤怠記録の保存が必要です。紙やExcelでの管理は、給与計算への転記や残業時間の集計に手間がかかる場合があります。この記事では、個人事業主におすすめの勤怠管理システムを比較します。少人数向けの比較ポイントと選び方として、料金体系や打刻方法、法律上の義務、導入時に決めておきたい運用ルールも解説します。

この記事は2026年10月時点の情報に基づいて編集しています。
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目次

    ITトレンドがおすすめする製品・サービス

    ■打刻方法別
    ■連携・付帯機能別
    ■料金体系別

    個人事業主でも従業員を雇えば勤怠管理が必要

    勤怠管理の義務は、会社か個人事業かではなく、人を雇っているかどうかで決まります。まずは、どのような場合に労働基準法の対象となり、誰の勤怠を記録する必要があるのかを確認しましょう。

    1人でも雇えば労働基準法が適用される

    労働基準法は、同居の親族だけを使用する事業には原則として適用されません。一方、親族以外の人を1人でも雇えば、個人事業主も労働時間や休日、賃金などのルールを守る必要があります。

    パートやアルバイトも労働者に含まれるため、短時間の雇用でも対象です。同居の親族であっても、ほかの従業員と同じように働いている場合は労働者と扱われることがあります。判断に迷う場合は、労働基準監督署や社会保険労務士に相談しましょう。

    関連記事 【3分でわかる】勤怠管理システムとは?メリット・デメリットも紹介

    始業・終業時刻は客観的な方法で記録する

    厚生労働省のガイドラインでは、使用者は労働者の始業・終業時刻を確認し、記録するものとされています。原則は、使用者が自ら確認する方法か、タイムカードやICカード、パソコンの使用時間など客観的な記録を基礎にする方法です。

    自己申告で記録する場合は、正しく申告するよう説明し、実際の労働時間と合っているかを必要に応じて調べる措置が求められます。事業主が現場にいない時間が長い場合は、客観的な記録を残せる勤怠管理システムが役立ちます。

    参考:労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン|厚生労働省

    事業主本人や業務委託先は対象にならない

    勤怠管理の対象は雇用している労働者で、個人事業主本人の労働時間を記録する義務はありません。また、業務委託契約で仕事を依頼しているフリーランスも、原則として労働者ではないため勤怠管理の対象外です。

    ただし、労働者に当たるかどうかは契約の名称ではなく、指揮命令の有無や働き方の実態で判断されます。時間や場所を細かく指定して働いてもらう場合は、雇用契約が適切でないかを専門家に確認しておくと安心です。

    従業員を雇ったら残す勤怠の記録と保存期間

    従業員を雇うと、勤怠に関わる記録を作成し、一定期間保存する必要があります。勤怠管理システムを使うかどうかにかかわらず、どの記録をいつまで残すのかを把握しておきましょう。

    労働者名簿・賃金台帳と出勤記録の作成

    労働基準法では、労働者名簿と賃金台帳の作成が使用者に求められています。賃金台帳には、労働日数や労働時間数、時間外労働の時間数などを記入する欄があり、日々の勤怠の記録をもとに作成します。

    タイムカードや出勤簿などの出勤記録も、労働関係に関する重要な書類として保存の対象です。勤怠管理システムで記録したデータも、必要なときに書き出せる形で残しておくと、帳簿の作成や確認に使えます。

    記録の保存期間

    賃金台帳など労働関係の記録の保存期間は、2020年4月の法改正により原則5年となりました。ただし、経過措置として当分の間は3年とされています。保存期間の起算日は書類によって異なるため、厚生労働省の案内で確認しましょう。

    クラウド型の勤怠管理システムを使う場合は、データの保存期間や、解約後にデータを書き出せるかを確認しておくことが大切です。契約を終えた後も記録を保存できるよう、定期的に書き出す運用を決めておくと安心です。

    参考:事業者・労務管理担当の方のQ&A|厚生労働省

    関連記事 勤怠管理はなぜ必要?目的や必要性、よくある課題と解決策を解説

    年次有給休暇管理簿の作成

    年10日以上の年次有給休暇が付与される労働者には、年5日を取得させることが使用者に義務付けられています。あわせて、基準日や取得日、取得日数を記録した年次有給休暇管理簿の作成と保存も必要です。

    パートやアルバイトでも、勤務日数や勤続期間によっては年10日以上付与される場合があります。勤怠管理システムに有給休暇の付与日数や残日数を管理する機能があれば、取得状況を把握しやすくなります。

    参考:働き方改革関連法のあらまし (改正労働基準法編)|厚生労働省・都道府県労働局・労働基準監督署

    個人事業主が紙やExcelで勤怠管理を続ける負担

    従業員が少ないうちは、紙のタイムカードやExcelでも勤怠を管理できます。ただし、人数や勤務パターンが増えると、集計や確認に事業主自身の時間が取られやすくなります。

    給与計算への転記と集計の手間

    紙のタイムカードでは、毎月の締め日に打刻時刻を読み取り、労働時間や残業時間を計算して給与計算に転記する作業が発生します。深夜や休日の割増賃金がある場合は、計算の区分も増えます。

    手作業で集計すると、転記ミスや計算ミスが起こる可能性があり、未払いや払い過ぎにつながるおそれもあります。勤怠管理システムを使えば打刻データから労働時間を自動で集計できるため、確認作業に時間を充てやすくなります。

    関連記事 勤怠管理システムの機能を従業員・管理者視点で解説

    残業時間と36協定の上限の確認

    法定労働時間である原則1日8時間・週40時間を超えて働いてもらう場合や、法定休日に働いてもらう場合は、36協定を締結し、労働基準監督署へ届け出る必要があります。個人事業主も対象です。なお、常時10人未満の労働者を使用する商業や接客娯楽業など、一部の業種では週44時間の特例が認められています。

    36協定を結んだ後も、時間外労働には上限があります。紙やExcelでは、月の途中で残業時間がどこまで積み上がっているかを把握しにくい面があります。上限に近づいた際に知らせる機能があるかも、勤怠管理システムの確認項目です。

    参考:労働時間・休日|厚生労働省


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    個人事業主に向く勤怠管理システムの選び方

    個人事業主が勤怠管理システムを選ぶ際は、機能の多さより、少人数で使い続けられる料金と、働く場所にあう打刻方法を優先すると判断しやすくなります。給与計算との連携もあわせて確認しましょう。

    少人数でも割高にならない料金体系

    クラウド型の勤怠管理システムは、利用人数に応じて月額料金がかかる料金体系の製品があります。ただし、最低利用人数や最低月額料金が設定されている場合、少人数では1人あたりの負担が大きくなることがあります。

    初期費用や打刻用の機器の費用、オプション機能の料金も含めて、年間でいくらかかるかを試算しましょう。無料プランや無料トライアルがある製品なら、実際の勤務パターンで集計が正しくできるかを試してから契約できます。

    働く場所にあう打刻方法

    店舗や事務所で働く従業員が中心なら、出入口付近にタブレットなどの共用端末を置き、そこで打刻する方法が使えます。打刻者の確認方法として、ICカードや顔写真の撮影に対応した製品もあります。

    訪問先や現場へ直行直帰する働き方なら、スマートフォンから打刻できるかが重要です。位置情報を記録できる製品もありますが、取得の目的と範囲を従業員に説明し、同意を得たうえで使うことが望ましいでしょう。

    関連記事 ICカード勤怠管理を始めるには?メリットと人気製品を徹底解説

    給与計算ソフトやシフト作成との連携

    勤怠データを給与計算ソフトに取り込めると、毎月の転記作業を減らせます。現在使っている給与計算ソフトや会計ソフトに、CSVファイルや連携機能でデータを渡せるかを確認しましょう。

    飲食店や小売店のようにシフト制で働く場合は、シフト作成機能があると、予定と実績の差を確認しやすくなります。給与の支払い記録は確定申告で必要経費を計上する際の資料にもなるため、データを整理して残せるかも確認しておくと安心です。

    従業員を雇う前後に決めておく勤怠ルール

    勤怠管理システムを入れても、勤務のルールが決まっていなければ正しく記録できません。雇用を始める前後に、労働条件と打刻の運用ルールを決めて、従業員と共有しておきましょう。

    労働条件と打刻のルールを決める

    雇用する際は、始業・終業の時刻や休憩時間、休日、賃金などの労働条件を書面などで明示する必要があります。これらの条件を、勤怠管理システムの勤務設定に登録しておくと、製品によっては残業や遅刻を自動で判定できます。

    あわせて、着替えや準備などが労働時間に該当するかを確認し、実際の労働時間を正しく記録できる打刻ルールを定めましょう。判断に迷う場合は、労働基準監督署や社会保険労務士へ相談すると安心です。

    参考:2024年4月から労働条件明示のルールが変わります|厚生労働省

    打刻漏れや修正の手順を共有する

    打刻を忘れた場合の修正方法や、残業が必要になったときの申請方法を決めておくと、記録の抜けや後からの食い違いを防ぎやすくなります。修正はシステム上で申請し、事業主が承認する流れにすると、変更の履歴も残せます。

    運用を始めた直後は、毎週記録を確認して、打刻漏れが続く従業員には操作方法を改めて説明します。事業主が不在の日に備えて、確認の手順を書き残しておくと、従業員が増えたときにも運用を続けやすくなります。

    関連記事 導入企業の失敗体験から学ぶ!勤怠管理システムの選び方

    個人事業主向け勤怠管理システムを比較するポイント

    料金や打刻方法のほかにも、個人事業主が勤怠管理システムを比べる際に見ておきたい点があります。扱える勤務の形、設定と運用の手間、事業が広がったときの対応を確認しましょう。

    集計できる勤務形態と休暇の範囲

    アルバイトの時給制や短時間勤務、シフト制など、自分の事業所の働き方を集計できるかを確認します。残業や深夜の割増の自動計算、有給休暇の付与と残日数の管理に対応しているかも比べる点です。あわせて、日をまたぐ勤務や休憩時間の自動控除に対応しているかも見ておくと、集計結果の修正にかかる手間を減らせます。

    対応できない勤務形態があると、結局は手計算が残ります。無料トライアルで、実際の勤務表を入力して結果を確認しましょう。

    事業主が一人で設定と運用を続けられるか

    個人事業主は、設定も日々の確認も事業主本人が担います。初期設定が複雑だと、導入の段階で手が止まります。画面の分かりやすさや、設定の手順を示す資料、問い合わせ窓口の対応時間を比較してください。個人事業主は専任の担当者を置けないため、事業主が操作に迷わず続けられるかは、料金と同じくらい大切な比較点です。

    打刻漏れの通知や修正の申請を従業員が自分で行える機能があると、事業主の確認作業を減らせます。

    従業員が増えたときの拡張性

    今は従業員が1人でも、事業が広がれば人数や拠点が増える場合があります。人数が増えたときに料金がどう変わるか、上位のプランへ移れるか、蓄積した勤怠データを引き継げるかを確認します。将来の増員を見込んで、最初から機能の多い製品を選ぶ必要はありません。

    将来の増員を見込んで、最初から機能の多い製品を選ぶ必要はありません。必要になった時点で切り替えられる製品かを見ておくと、無駄な費用を抑えられます。

    少人数でも始めやすい勤怠管理システム一覧

    従業員が少ない個人事業主でも使いやすい料金体系や、店舗・外出先にあう打刻方法を備えた製品を一覧にまとめました。料金や無料プランの条件は、各製品の詳細ページで最新の情報を確認してください。

    製品名特徴
    ジョブカン勤怠管理無料プランあり。GPS打刻やICカード打刻、シフト作成に対応
    KING OF TIME 勤怠管理スマホのGPS打刻やiPadの顔認証打刻、ICカード打刻など打刻手段を選べる
    タッチオンタイム最低利用期間や最低利用人数の縛りなし。ICカードやGPSでの打刻に対応
    CLOUZA基本料金・最低料金なし。タブレットやスマホを打刻端末として使える
    レコル1人月額100円(税抜)、最低利用料金3,000円(税抜)。共用タブレット打刻に対応
    弥生給与 Next従業員300名未満向け。勤怠から給与計算・年末調整までシリーズで連携
    ハーモス勤怠少人数向けの無料プランを用意。スマホ打刻やシフト管理にも対応
    フリーウェイタイムレコーダー少人数向け無料プランあり。PC・スマホ・タブレットやICカードを使った打刻に対応
    KINPIRACLOUD無料プランを用意。交通系ICカードやスマホからの打刻に対応
    ジョブルポ小規模企業向けのクラウド勤怠給与ソフト。勤怠・給与・年末調整を1つで管理
    OFFICE CLOCLINEを活用して出退勤を打刻できる勤怠管理システム。少人数向け無料プランを用意
    オツトメ!初期費用・月額費用無料で利用できる勤怠管理システム。メール登録で利用を開始できる

    個人事業主が従業員の勤怠管理に使えるシステム

    無料プランや最低料金のない料金体系、スマートフォンや共用端末での打刻など、少人数の事業所で使い始めやすい勤怠管理システムを紹介します。

    ジョブカン勤怠管理

    株式会社DONUTS
    《ジョブカン勤怠管理》のPOINT
    1. 基本プラン無料!2010年のサービス開始以来、値上げなし!
    2. ジョブカン給与計算や他シリーズ連携でさらに効率化!
    3. 導入実績100,000社以上! あらゆる業界、企業規模に対応可能!

    株式会社DONUTSが提供する「ジョブカン勤怠管理」は、出退勤やシフト、休暇申請などを管理できるクラウド型の勤怠管理システムです。製品ページの料金プランでは無料プランと無料トライアルが用意されています。打刻はパソコンのクリック、Suicaなどの交通系ICカード、スマートフォンのGPSから選べ、事業所や従業員ごとに使い分けられます。曜日ごとの必要人数を設定してシフト表を作成でき、従業員はスマートフォンからシフトの申請や確認が可能です。勤怠データは給与ソフトにあわせた形式のCSVで出力できます。

    KING OF TIME 勤怠管理

    株式会社ヒューマンテクノロジーズ
    《KING OF TIME 勤怠管理》のPOINT
    1. 20年以上要望に応え続けた圧倒的信頼性。細かな要望に応えます。
    2. 導入から運用後も。豊富なノウハウと体制万全のサポート。
    3. 2019年4月からの「働き方改革関連法」にもバッチリ対応。

    株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する「KING OF TIME 勤怠管理」は、多彩な打刻手段を選べるクラウド勤怠管理システムです。パスワード認証やブラウザ打刻、位置情報付きのモバイル打刻など無料で使える打刻方法のほか、ICカードリーダーやiPadの顔認証にも対応しています。変形労働時間制の設定や、残業時間の上限規制に関するアラートを利用できるため、少人数の事業所でも法令にそった管理を進めやすい製品です。製品ページの料金プランでは無料トライアルありと案内されており、実際の勤務パターンで試してから検討できます。

    タッチオンタイム

    株式会社デジジャパン
    《タッチオンタイム》のPOINT
    1. 勤怠管理システム シェアNo.1 / 利用者数440万人突破!
    2. 働き方改革で義務化となる 有給休暇、残業時間の管理ができる!
    3. 初期費用0円、300円 /人の従量課金制で導入しやすい

    株式会社デジジャパンが提供する「タッチオンタイム」は、タイムカードで行っていた勤怠管理をクラウドに置き換えられる勤怠管理システムです。料金は初期費用0円、月額300円/人で、最低利用期間や最低利用人数などの契約の縛りはありません。打刻は、指紋認証やICカード認証に対応した専用レコーダー、パソコンやタブレットのWebブラウザ、携帯電話のGPS打刻から選べます。シフト作成や有休管理の機能も備え、勤怠データはCSV形式などで各社の給与ソフトに連動できます。

    CLOUZA

    アマノビジネスソリューションズ株式会社
    《CLOUZA》のPOINT
    1. パソコン・スマートフォン・タブレットがタイムレコーダーに!
    2. 時間と場所も自由自在。リアルタイムに勤怠管理!
    3. 分かりやすい!使いやすい!少人数でも始めやすい!

    アマノビジネスソリューションズ株式会社が提供する「CLOUZA」は、初期費用や基本料金がかからず、打刻した人数分の月額料金で使えるクラウド勤怠管理サービスです。製品ページでは最低料金や最低利用期間の設定がないことも案内されており、パソコンやスマートフォン、タブレットをタイムレコーダーとして使えます。1台のiPhoneで交通系ICカードなどを読み取る打刻や、スマートデバイスでの位置情報の取得に対応しています。弥生給与やfreee人事労務など主要な給与ソフト向けに勤怠データを出力できます。

    レコル

    中央システム株式会社
    《レコル》のPOINT
    1. 業界最安の価格帯!月額1人100円のみで初期費用等は一切不要
    2. 有休管理・申請承認・法令遵守チェックなど充実した機能
    3. メールサポート・電話サポート・チャットサポートも無料

    中央システム株式会社が提供する「レコル」は、勤怠管理のみなら1人あたり月額100円(税抜)で使えるクラウド型勤怠管理システムです。最低利用料金は3,000円(税抜)で、30名以下でも利用できます。打刻は、ICカード、顔認証、共用タブレット・パソコンなどから選べるため、店舗や事務所の出入口に端末を置く運用にも向いています。有休管理や申請承認の機能を備え、集計した勤務データはCSVやAPIで給与ソフトへ連携できます。30日間の無料お試しも用意されています。

    弥生給与 Next

    弥生株式会社
    《弥生給与 Next》のPOINT
    1. 勤怠・給与・労務をシームレスにつなげて一元管理
    2. Web明細や申告書回収で給与業務をペーパーレス化
    3. eGov連携で社会保険や労働保険の電子申請が可能

    弥生株式会社が提供する「弥生給与 Next」は、勤怠から給与計算、年末調整までのデータをシリーズで連携できるクラウド給与サービスです。従業員300名未満の企業向けで、弥生勤怠 Nextや弥生労務 Nextとの連携により、打刻や勤怠集計から入退社手続きまで一連の業務を管理できます。給与明細のWeb配信や、社会保険・労働保険の電子申請にも対応。弥生会計 Nextなどの会計サービスとも連携できるため、給与や労務、会計業務をまとめて効率化したい個人事業主の選択肢です。

    ハーモス勤怠 (株式会社ビズリーチ)

    《ハーモス勤怠》のPOINT
    1. 無料から使える勤怠管理システム!価格で比べてみてください。
    2. 10万社以上が利用/評価ランキング第1位!
    3. 完全スマホ対応で、誰でもカンタンに使いこなせます。

    フリーウェイタイムレコーダー (株式会社フリーウェイジャパン)

    製品・サービスのPOINT
    1. 圧倒的なコストパフォーマンスを実現
    2. パソコン、スマホ、タブレットでの打刻に対応
    3. リアルタイムでの勤務実績確認が可能

    KINPIRACLOUD (SCAVE)

    《KINPIRACLOUD》のPOINT
    1. 交通系IC、スマホやブラウザからのモバイル打刻にも対応。
    2. 残業時間・有休失効・打刻忘れなどを通知するアラート機能。
    3. 登録30人まで無料で使えるプランを備え、初期費用も0円。

    ジョブルポ (アーバン・コーポレーション株式会社)

    《ジョブルポ》のPOINT
    1. 勤怠・給与・年末調整を1つのソフトで管理可能。
    2. 打刻データから給与計算を自動化し、明細もアプリで確認。
    3. 1人あたり月額98円(税別)から利用可能。

    OFFICE CLOC (OH MY GOD 株式会社)

    《OFFICE CLOC》のPOINT
    1. LINEで出退勤の打刻・管理を簡単に。
    2. 勤務時間の変更や承認が可能
    3. 10人まで無料、11人以上は有料。

    オツトメ! (ネクストライブ株式会社)

    《オツトメ!》のPOINT
    1. 初期費用・月額費用無料で、全機能を利用可能
    2. メール登録のみで即日利用可能な簡単導入
    3. PCやスマホなど複数端末で利用可能。

    まとめ

    個人事業主であっても、従業員を1人でも雇えば、労働時間を客観的な方法で把握し、賃金台帳などの記録を保存する必要があります。紙やExcelでも管理はできますが、集計や残業時間の確認に手間がかかる場合は、勤怠管理システムが有効な選択肢です。少人数向けの料金や打刻方法、給与計算との連携を基準に、勤怠管理・就業管理の製品を資料請求で比較してみてください。

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